Одним из результатов указа 1856 года было то, что в империи активизировали свою деятельность христианские миссионеры. Право всех конфессиональных групп открывать собственные школы стало опасным оружием в руках посланцев западных церквей — католической и протестантской, и вызывало беспокойство как у православных христиан империи, так и у мусульман. Обращение в католичество османских православных (греческого, армянского или сирийского обрядов) давно было причиной для беспокойства, что подтверждают неоднократно встречавшиеся в имперских указах начала XVIII столетия упоминания об «отклонении» православных армян от своих традиционных обрядов. В 40-е годы XIX столетия негативная, антипротестантская реакция балканских православных привела к тому, что протестантам пришлось сосредоточить свои усилия на восточных провинциях, где их активность и почти нескрываемая ими убежденность в своем врожденном превосходстве над восточными церквями (миссионеры пытались познакомить с «более возвышенным и совершенным христианством») в течение нескольких лет крайне досаждали армянским патриархам. Их деятельность вызывала беспокойство и у османских властей, поскольку после 1856 года миссионеры не стеснялись обращать в свою веру не только других христиан, но даже мусульман, и видели в каждом возражении со стороны своих османских хозяев нарушение обязательств, данных в Указе о реформе. После обнародования Указа Гюльхане в 1839 году стало приходить осознание того, что мусульмане могут перейти в христианство, а после 1856 года эта возможность стала реальностью: столкнувшись с потенциальной опасностью того, что христианство заберет себе души живых мусульман и они будут навсегда потеряны, как души тех мусульман, которые погибли защищая империю, правительство было вынуждено отказаться от своего прежнего прагматизма и «взять курс» на то, чтобы обращение в другую веру не разрешалось. Более того, многие обращенные в христианство мусульмане пытались найти покровительство той или иной иностранной державы. Несмотря на то, что великие державы пытались оказывать давление на султана, назойливо добиваясь от него предоставления официальных уведомлений о каждом случае обращения в другую веру, турки сохранили достоинство и право на суверенитет в своих владениях с помощью введения процедур, которым должны были следовать те, кто переходил в ислам, а когда возникали сомнения относительно того, является ли этот акт добровольным или он совершен по принуждению, власти руководствовались практическими соображениями. В тех случаях, когда люди переходили из ислама в христианство, их могли арестовать и подвергнуть наказанию. Во всех случаях обращения в ислам и отступничества от него позиция турок состояла в том, что это их заботы, которые не касаются посторонних.

Вопрос о воинской повинности стал неотложным делом, когда потери в Крымской войне привели к острой нехватке личного состава. В период кризиса лидеры общины османских христиан забыли о своих возражениях и оказали твердую поддержку военным усилиям страны. В октябре 1853 года, то есть еще до официального объявления войны, армянская община заявила о том, что ее члены готовы служить «даже в армии». Являясь союзниками Османской империи, Британия и Франция были осведомлены о потребности в живой силе, необходимой для того, чтобы сражаться с русскими. Поэтому они были рады вполне закономерному отказу от подушного налога, развеявшему имевшиеся у них сомнения и приветствовали призыв на военную службу османских христиан. Однако в 1855 году во время войны тысячи потенциальных новобранцев-христиан сбежали из области Ниш в соседнюю Сербию, и чтобы укрепить границы Османской империи, пришлось усилить полицию. Как только война закончилась власти, понимавшие, насколько нежелательной и для мусульман, и для немусульман является обязательная для всех воинская повинность, приняли компромиссное решение. Уже была сделана оговорка в отношении конкретных случаев, и отдельным немусульманам разрешалось направлять вместо себя замену. Указ 1856 года четко признавал замену как общий принцип и предусматривал покупку освобождения от призыва. Таким образом, отмененный Указом Гюльхане подушный налог фактически продолжали взимать, хотя и под новым названием. Теперь это был налог на освобождение от призыва, который помогал немусульманам, имевшим соответствующее финансовое положение, избежать воинской повинности. Таким образом, была спасена честь мусульман, поскольку сохранялась дистанция между ними и теми, чей статус был ниже, а немусульман никто больше не принуждал нести бремя, которое они считали неприятным. Однако логически рассуждая, такое решение стало частью цены за равенство. Разумеется, это была явная казуистика, хотя и вполне приемлемая для тех, кто был непосредственно заинтересован в том, чтобы она позволила османскому государству получать доходы, которые в виде подушного налога вызывали возражения западных стран (поскольку взимание этого налога производилось на основе неравенства между налогоплательщиками), но от которых государство не могло позволить себе отказаться.

Решид-паша оказался прав в том, что выражал обеспокоенность в отношении Указа о реформе. При всем желании многоконфессиональная, рыхлая в географическом отношении и отсталая в экономическом Османская империя, институты и правовая система которой развивались в соответствии с требованиями своей собственной, особой культуры и ради удовлетворения своих собственных интересов, никак не могла надеяться на то, что она за короткий период времени сможет выполнить обещания, навязанные иностранными державами в условиях, когда империя находилась в крайне тяжелом положении.

Титулы Решид-паши перешли к Мехмеду Эмин Али-паше, которого называли просто Али-пашой, а также к Кечекизаде («Сын валяльщика шерсти») Фуад-паше. С середины столетия эти двое по очереди занимали должности великого визиря и министра иностранных дел. Если не считать перерыва длительностью 46 месяцев, то в период с мая 1855 года по сентябрь 1871 года на посту великого визиря постоянно находился то один из них, то другой. Вместе со своими единомышленниками они монополизировали исполнительную власть. В 1856 году Али-паша был великим визирем, а Фуад-паша министром иностранных дел.

В свое время оба они служили в бюро переводов — государственном учреждении, созданном после того, как Греция получила независимость. До этого функции переводчиков выполняли жившие в Османской империи греки, которым поручали важные государственные заказы, но греческие восстания 1821 года положили конец их доминированию в этой сфере деятельности: многие из них отправились сражаться за независимость, других преследовали как изменников, поэтому в Стамбуле осталось совсем немного переводчиков. К 30-м годам XIX столетия (когда начиналась эпоха прямого участия иностранных держав во внутренних делах империи) новое бюро переводов уже функционировало, и почти все его сотрудники были мусульманами. В разраставшемся учреждении раскрылись таланты многих молодых чиноеников, которые позднее оказались среди тех, кто самым энергичным образом продвигал реформы. Работа переводчиков, главным образом дипломатическая, давала им возможность заглянуть в окружающий мир, чего были лишены их коллеги из других государственных учреждений. Характер служебной деятельности Али и Фуада не требовал от них молчаливого признания традиционных ценностей османского общества. Рациональные ценности идеального бюрократа, на которых оба они были воспитаны, склоняли их к тому мнению, что хорошее правительство разрешит проблемы, вставшие перед великими державами, которые подчинили империю. Они признавали значение религии как «культурной опоры», но считали, что выгоды, которые даст образование и торговля, снизят ее роль в обществе.