По мере преодоления раскола в Голландии уменьшался и авторитет принца. Голландская фракция, которой нужна была помощь штатгальтера и которая относилась к нему с уважением, была обречена быть более слабой группой. Отсюда смена политики в 1633 году. До начала 1630-х годов арминиане были более слабой стороной в Голландии, после 1633 года — более сильной.

В течение 1641 года принц противостоял требованиям дальнейшего сокращения армии. И все равно его попытки сыграть на теперь уже отчаянном положении Испании принесли слабые результаты: в 1641 году он захватил только Геннеп, принадлежавший Юлиху, но захваченный и укрепленный кардиналом-инфантом в 1635 году. Зимой 1641–42 годов Амстердам предпринял в Штатах Голландии новые шаги к сокращению расходов и армии. За исключением рыцарства, которое преданно поддерживало штатгальтера, Штаты почти в полном составе поддержали Амстердам, и принц, хотя и имел серьезную поддержку Зеландии и Утрехта, был вынужден принять сокращение армии с 70000 до 60000 человек. Эта новость вызвала в Париже беспокойство. «Son authorité se diminue beaucoup» («Его влияние сильно уменьшается» (фр.) — прим. пер.), отмечал французский посол в Гааге.

Но растущая требовательность Голландии не ограничивалась расходами и армией. Голландия была теперь более единой, чем в 1630-х годах, и принц никак не мог помешать ей играть значительную роль в делах, даже если бы его ухудшающееся здоровье не мешало ему все сильнее. Его наперсниками оставались те же люди, что и раньше, но с этого момента он пытался избегать или свести к минимуму противоречия, стремясь создать modus vivendi, который бы учитывал растущую роль Голландии, в то же время сохраняя насколько возможно квазимонархический фасад, воздвигнутый в 1630-х годах. Ему помогло согласие участников Тридцатилетней войны в декабре 1641 г. начать мирные переговоры в Мюнстере и Оснабрюке. Теперь существовал официальный формат переговоров — хотя в течение нескольких лет переговоров как таковых практически не было, — который включал Францию, Швецию, Северные Нидерланды, Испанию и императора, что служило штатгальтеру оправданием продолжения блокирования прямых мирных переговоров между Брюсселем и Гаагой. И хотя с 1641 по 1644 год не было каких-то видимых подвижек в сторону мира, Фредерик-Хендрик и его союзники теперь могли утверждать, что обсуждают мир с Испанией совместно с Францией, согласно франко-голландскому договору.

Ключевым шагом в сведении на нет влияния принца стала эрозия тайных комитетов Генеральных Штатов, которая произошла в момент, когда начались обсуждения формы и полномочий голландской делегации на Мюнстерском мирном конгрессе. В августе 1643 года Штаты Голландии разработали новые инструкции для своих представителей в Генералитете, согласно которым им запрещалось отныне обсуждать вопросы войны, мира, перемирия, союзов и отправки дипломатических миссий за границу в Генеральные Штатах и их комитетах в обход инструкций, полученных от Штатов Голландии. Это стало ударом в сердце для системы Фредерика-Хендрика и проложило путь для растущего влияния Штатов Голландии в середине 1640-х годах. Другие провинции вскоре поступили так же относительно своих представителей в Генеральных Штатах.

Прежде штатгальтер был энергичным лидером. Но изменившаяся политическая обстановка и его ухудшающееся здоровье придало последним годам его службы отпечаток желания плыть по течению и нерешительности. Его окружение было очень разрознено, особенно в вопросе о том, как много можно позволить Голландии. В 1643 году основной темой на политической повестке дня были инструкции для делегации Республики на Мюнстерском мирном конгрессе. После длительных размышлений Генеральные Штаты согласились заключить мир с Испанией при условии, что Филипп IV уступит Мейерей целиком, — а эта территория в значительной части была в руках испанских войск, — признает голландские завоевания в Индиях, примет постоянное закрытие Шельды для морских перевозок, удовлетворит Зеландию в вопросах пошлин во фламандских портах и снимет запрет на голландские мореходство и торговлю, при том что Испания уже признала суверенитет и независимость Соединенных Провинций. Генеральные Штаты проголосовали за продолжение военных действий до того времени, когда король Испании ратифицирует будущий договор, имеющий быть заключенным в Мюнстере.

Но всё же по-прежнему существовали разногласия о том, полностью ли эти условия связывали голландских полномочных представителей или они могли быть модифицированы. К марту 1644 года шесть из семи провинций признали, что не все условия должны быть выполнены в полном объеме. Однако зеландцы твердо стояли на том, что полномочных представители должны прервать переговоры в случае, если Испания откажется хотя бы от одного из условий. Они опасались за свою транзитную торговлю с Испанскими Нидерландами, если другие провинции решили бы отменить условие, затрагивающее пошлины во фламандских морских портах. Зеландия напомнила Генеральным Штатам, что в течение Двенадцатилетнего перемирия ее транзитный трафик был переориентирован, и «Брабант, Фландрия и другие провинции снабжались товарами, вплоть до рыбы и сельди, из Соединенных Провинций через фламандские порты», то есть их поставляли голландцы, минуя Зеландию и эстуарий Шельды.

Мюнстерский мирный процесс позволил Фредерику-Хендрику смягчить разногласия с Голландией по поводу отношений с Испанией, Испанскими Нидерландами и Францией в свои последние годы. Гражданская война в Англии вызвала некоторые расхождения между Голландией и принцем, но они не представляли большой сложности. Однако более серьезное столкновение произошло по вопросу датского пролива Зунд и проблем нидерландской торговли в Балтике. В 1638 году король Датско-Норвежского королевства, Кристиан IV начал вести агрессивную антинидерландскую торговую политику, значительно увеличив пошлины, собираемые с иностранных кораблей, входящих и выходящих из Балтийского моря через Зунд (самая большая доля которых, конечно же, принадлежала Нидерландам). В конце концов Генеральные Штаты направили в Копенгаген высокопоставленное посольство, требуя отмены увеличения пошлин, ликвидации нового датского налога на перевозки по р. Эльбе, в Глюкштадте, и решения по давнему нидерландско-датскому спору о правах на китовый промысел около Шпицбергена. Датский король дал категорический отказ, вступил в союз с Испанией и присоединился к испанским эмбарго против Нидерландов, налагая лицензии и проверки на корабли, идущие в Испанию из Гамбурга и с Эльбы. Однако в течение нескольких лет Генеральные Штаты ничего не предпринимали. К 1644 году возмущение распространилось широко среди купцов, шкиперов и моряков северной Голландии. Амстердам настаивал, что необходимо отправить флот, чтобы сломить датчан. Фредерик-Хендрик колебался, утверждая, что война с Испанией гораздо важнее и что необходимо поддерживать голландскую морскую блокаду фламандских портов и каперских баз. Наиболее поразителен в этой ситуации отказ Штатов Голландии в целом придать такой же высокий приоритет торговле на Балтике, как это сделали Амстердам и порты Западной Фрисландии. Южноголландские города, включая Роттердам, не считали Балтику такой уж важной и в этой ситуации согласились с Зеландией, что более важным было поддержание максимального давления на фламандских каперов и морские порты, чем направить флот для разборок с датчанами. Конечным результатом стал компромисс. Большая часть морских сил осталась в Ла-Манше, но импровизированный второй флот, включавший шесть арендованных кораблей Ост-Индской компании, был всё же отправлен в Данию летом 1645 года, что вынудило Копенгаген пойти на унизительную уступку и уменьшение пошлин спустя семь лет после их введения.