Дела значительно пошли в гору, как и всё остальное, вместе с изменением военной и экономической ситуации в начале 1590-х годов. Неожиданно республика стала защищенной, и появились средства на новых профессоров, книги и оборудование. Численность студентов быстро выросла. В 1591 году Штаты Голландии открыли «штатский колледж» в Лейдене, чтобы разместить тридцать студентов факультета теологии, обучавшихся за счет грантов Штатов Голландии и Зеландии. Печать и продажа учебной литературы в Лейдене стала стремительно развиваться, и в 1590-х годах университетская библиотека Лейдена стала одной из наиболее значимых в протестантской Европе. И хотя в 1587 году университет решил создать hortusacademicus, или ботанический сад, подобно тому, что был в университете Пизы (где в 1543 году был основан первый в Европе ботанический сад), а также в Падуе, Болонье, Флоренции и Лейпциге, лишь после 1594 года начались посадки, когда были получены редкие виды растений. Карл Клузиус (1526–1609 гг.), уроженец Арраса, ставший самым известным экспертом по растениям в Европе, работал в Вене и Франкфурте в 1570-х и 80-х годах, он согласился стать руководителем сада и прибыл в Лейден в 1593 году. Его книга Rariorum Plantarum Historia (1601 г.) была одной из первых значительных научных работ, опубликованных в северных Нидерландах. Франекер тоже укреплял репутацию, а численность студентов росла каждый год с 1590 года до середины семнадцатого века.

Численность студентов Лейдена увеличилась со 100 в 1590 году до более чем 500 к 1640-м годам. Но хотя Лейден всегда мог похвастаться большим количеством студентов, чем Франекер, если говорить об абсолютных показателях, при этом оба университета расширялись с одинаковой скоростью, проходя схожие стадии, вплоть до 1660-х годов. Количество студентов Франекера составляло лишь четверть студентов Лейдена. К 1609 году Лейден стал одним из крупнейших университетов Европы, а к 1640-м годам — крупнейшим в протестантском мире. За четверть века, с 1626 по 1650 год, в университет Лейдена поступили 11000 человек. Для сравнения, в Кембридж, крупнейший университет Великобритании, поступило 8 400 студентов, а в Лейпцигский университет, крупнейший в Германии, 6 700 человек.

Но еще более удивительным, чем численность студенчества, был его интернациональный состав. В то время как Оксфорд и Кембридж были почти полностью британскими университетами, а Лейпциг и Гейдельберг — немецкими, Лейден, Франекен и, в дальнейшем, Утрехт были многонациональными протестантскими университетами, какие существовали только в начале нового времени и только в северных Нидерландах. В период пиковой четверти века (1626–50 гг.) более половины лейденских студентов происходили не с территорий республики: большая часть из них была из Германии (3 016 чел.), Великобритании (627 чел.) и Скандинавии (621 чел.), хотя в период Тридцатилетней войны в Лейден стекались студенты из Франции (434 чел.), Польши (354 чел.) и Венгрии (231 чел.). Очень мало студентов приезжало из Италии (19 чел.), Испании (3 чел.) и Португалии (3 чел.). Начиная с примерно 1620 года, Франекен также стал интернациональным университетом. Декарт, который провел там незначительное время в 1629 году, был лишь одним из многих. Если в 15901624 годах более 75 процентов Франекерских студентов были нидерландцами (две трети из Фрисландии и Гронингена), то в 1626–50 годах почти половина студентов Франекера были иностранцами, в основном немцами. Многие из этих немцев, а также другие иностранные студенты голландских университетов затем стали известными людьми у себя на родине или в других странах. Андреас Грифиус, один из основных немецких писателей эпохи барокко, провел в Лейдене шесть лет (1638–44 гг.) и написал большую часть своих стихов именно там.

Третий голландский университет, Гронинген, был основан Штатами провинции в августе 1614 года, частично для того, чтобы уменьшить поток студентов во Франекер, и частично, чтобы не дать молодежи Гронингена попасть под влияние арминианцев в Лейдене. И хотя Гронинген никогда не дотягивал до уровня национального престижа Франекера, он привлекал почти такое же количество студентов, в том числе многих с прилегающих немецких территорий. Отец-основатель университета — теолог-историк Уббо Эммиус (1547–1625 гг.), сын восточнофризского лютеранского пастора, который был обращен в кальвинизм Безой в Женеве. К 1580-м годам он стал лидеров кальвинизма в Восточной Фрисландии, а также известным антименнонитским полемистом и выдающимся ученым. После захвата Гронингена в 1594 году новый реформатский городской совет пригласил его для преобразования престижной латинской школы города. Его влияние распространялось на весь регион, он помогал сформировать духовную жизнь и много писал об истории Гронингена, Фрисландии и Восточной Фрисландии. Гронингенский городской совет укреплял его репутацию с целью повышения престижа города, организовав внушительные публичные похороны по случаю его смерти и разместив его портреты в общественных зданиях.

Четвертым голландским университетом по дате создания, но вторым по значению, был Утрехт. Предложения создать там университет обсуждались с 1602 года, но большая часть Штатов хотела разместить его в Амерсфорте, а не в главном городе провинции. Постройку долго откладывали, частично из-за нежелания рыцарства и малых городов видеть, как растет превосходство Утрехта в провинции, и частично из-за подавляющей близости Лейдена. Когда позже, в 1632 году, город обнародовал планы создания так называемой Академической гимназии, или высшей школы, как первый шаг к созданию университета, и попросили у Штатов финансовую помощь, некоторые представители Штатов по-прежнему считали Амерсфорт более подходящим местом. Таким образом, город начал строительство на свои средства, создав высшую школу в 1634 году и затем направив в Штаты запрос на одобрение ее превращения в полноценный университет два года спустя. В результате Утрехт стал единственным голландским университетом, который имел исключительно городской, а не провинциальный, характер. Известный проповедник Гизберт Войт, назначенный профессором теологии, в течение многих лет был главной фигурой среди профессоров.

Быстрый рост университетов создал спрос также и на городские колледжи, новые Академические гимназии для подготовки мальчиков-выпускников латинских школ к университету, в особенности для оттачивания их мастерства в латыни. Создание этих институтов было типичным феноменом в 1630-х и 40-х годах. Среди наиболее заметных школ была Академическая гимназия в Девентере (в провинциях Оверейссел, Зеландия и Дренте университеты так и не появились), которая приобрела особую известность в период ректорства (1642–58 гг.) Яна Фредерика Гроновиуса, немецкого гуманиста и последователя Воция, который стал ведущим классическим филологом республики. Необычно, что из 450 мальчиков, поступивших в Девентер во времена Гроновиуса, более 20 процентов были иностранцами: среди них было пятьдесят восемь немцев, четыре датчанина и не менее двадцати семи венгров. Еще одной значительной гимназией была гимназия в Дордрехте, основанная в 1635 году, первым ректором которой стал ученый Исаак Бекман (1588–1637 гг.). Но наиболее известной — и противоречивой — стала Академическая гимназия, или Атенеум, созданная в Амстердаме в 1630–31 годах. И снова целью создания была подготовка городской молодежи к учебе в университете. Но арминианские городские советы, знающие, что некоторые известные ученые были доступны, поскольку их полностью или частично изгнали из Лейдена за ремонстрантизм, наняли их, тем самым перенося известность из Лейдена в Амстердам. Лейден безуспешно пытался противостоять этой стратегии через голландский суд. Воций был назначен ректором в 1631 году, его заработная плата составляла (ранее неслыханные) 2 500 франков, в то время как ректор университета Утрехта в первый год получил 1 300 франков, а Войт — 1 200. Атеней также пожаловала должность профессора едва ли менее критикуемому Каспару Барлаусу (1584–1648 гг.).