Большая вовлеченность университетов и латинских школ в городскую и провинциальную жизнь сделала их центром противостояния между арминианцами и гомаристами. Практически всем основным гуманистам и теологам в традиции Эразма и Липсия не нравился растущий догматизм и фанатизм кальвинистов вокруг. Даже Хейнсий, впоследствии резко критиковавший ремонстрантов, в частности Епископия, и служивший латинским секретарем синода в Дордрехте, не был открытым гомаристом до 1618 года и впоследствии подвергся критике Гроция, Воция и Барлеуса, но не как приверженец кальвинизма, а как предатель друзей и подлый приспособленец, которого они объявили лицемером, пьяницей и «бегуном за шлюхами». Скалигер, их общий учитель и предводитель в научном мире, который долгое время почитал Эразма, в последние годы своей жизни признался в своем восхищении арминианцами и презрении к Гомарусу.

После падения Олденбарневельта, в феврале 1619 года новые Штаты Голландии сменили кураторов Лейдена, а в июле создали комиссию для истребления ремонстрантизма с факультетов. Часть ведущих профессоров попали в их поле зрения. Петрус Бертиус, ремонстрантский регент Государственного Колледжа до 1615 года, был тут же освобожден от обязанностей. Барлеус был смещен с поста помощника ректора Государственного Колледжа в июле, а в августе и с должности профессора. Епископий сбежал из республики, тем самым уволив себя. Воция заставили покинуть должность регента Государственного Колледжа, но он смог удержать место, хотя его работы и находили под следствием в синоде южной Голландии. Новые кураторы в письме к Штатам Утрехта в августе 1619 года утверждали, что они очистили свой университет от «прежнего беспорядка», и просили провинцию возобновить отправку студентов на обучение в Лейден.

Латинские школы Голландии и Утрехта также подверглись чистке. В известной школе Хиеронимуса в Утрехте, которую посещало около 300 учеников, были уволены ректор и сотрудники; среди новых учителей был молодой ученый и фанатичный контрремонстрант Исаак Бекман, назначенный помощником ректора в ноябре 1619 года. Подобные чистки были проведены в Харлеме, Лейдене, Гауде и Роттердаме. В результате увольнений в Роттердаме брат Бекмана, строгий кальвинист, был назначен ректором роттердамской латинской школы.

Однако чистки 1618–20 годов не прекратили междоусобицу среди интеллектуальной элиты республики. Встречные обвинения и злость по-прежнему наводняли культурную жизнь Нидерландов до 1630-х годов и далее. Однако с приходом Фредерика-Генриха к штатгальтерству в 1625 году, стало больше возможностей для примирения и взаимодействия. Всё же контрремонстранты могли оценить аспекты гуманистских вопросов в случае, если они избегали щепетильных религиозных вопросов. Константейн Гюйгенс, опора контрремонстрантской фракции при дворе штатгальтера и значимая фигура в образованных кругах, был одним их тех, кто больше всего хотел заживить раны и создать интегрированную, оживленную нидерландскую культуру, известную своей образованностью и эрудицией. Вскоре после смерти Морица он помог Барлеусу, чьей новолатинской поэзией он восхищался и который жил в стесненных условиях, давая частные уроки в Лейдене, получить заказ на написание придворных стихов, первым из которых стал Britannia Triumphans (1625 г.) в честь женитьбы короля Англии Карла I.

Гюйгенс, Хофт, Барлеус, Воций и другие трудились, чтобы прекратить научный и культурный застой и переступить теологические границы. В этом отношении большую значимость имело литературное и интеллектуальное сообщество, известное как Мюйденский кружок, культурный феномен, в центре которого находился влиятельный поэт, драматург и историк Хофт. Будучи дростом Мюйденской крепости около Амстердама, он имел возможность проводить регулярные собрания писателей и ученых, а также был одним из главных влиятельных персон, который оставался вне религиозного конфликта и сохранил дружеские отношения с обеими сторонами. В течение многих лет Хофт стоял во главе уникального кружка, в котором состояли Гюйгенс, Барлеус и Воций, и стремился вывести нидерландскую литературную и интеллектуальную культуру из засухи прежней полемики к новым мирам интеллектуальных, метафизических и поэтических вопросов. Они многого избегали и специально культивировали атмосферу утонченного легкомыслия, но также заменили разногласия идеалом уединенных обсуждений и поиском правды в литературе. Гюйгенс, восхищавшийся метафизическим слогом Джона Донна, стремился привнести подобную глубину в нидерландскую поэзию. Хофт, наоборот, в годы существования Мюйденского кружка забросил поэзию и в 1630-х и 40-х годах сконцентрировался на внутренней борьбе с политическими и этическими проблемами, которые так долго его поглощали, и на написании своей истории голландского восстания, ставшей кульминацией прозы голландского Золотого века.

И с интеллектуальной, и с культурной точки зрения противостояние арминианцев и гомаристов зашло в тупик, из которого, начиная с 1630-х годов, одинаково искали выход и поэзия, и историческая проза, и теология, и гуманитарные науки. Воций с большой осторожностью продолжал свои исследования. В целом в проблемах голландского гуманизма акцент сместился в 1620-х годах в сторону поиска более детального понимания специфического исторического, лингвистического и религиозного контекста Священного Писания и раннего христианства, при этом избегая прежних спорных вопросов.

Новая восприимчивость, возврат к рассудительности Липсия, Друсиуса и Скалигера, появились на обеих сторонах теологического конфликта. В 1627 году гугенотский профессор Луи Дедье — одна из ортодоксальных замен, произведенных в Лейдене в 1619 году — опубликовал свою сирийскую версию и латинский перевод Откровения Иоанна Богослова, основанные на рукописи, найденной Хейнсием среди бумаг Скалигера, при этом он не оставил никаких спорных комментариев. Затем Дедье опубликовал в трех томах (1631, 1634 и 1646 гг.) свою работу Animadversiones, основанную на Новом Завете, где он опять обошел стороной все потенциально спорные теологические вопросы и разъяснял непонятные моменты исключительно по методу Скалигера, сравнивая древние версии с родственными текстами на иврите, сирийском, арабском, эфиопском и греческом языках. Аналогично, главным вкладом Хейнсия после 1618 года стала его работа Exercitationes (1639 г.), также основанная на Новом Завете, где он также обошел стороной вопросы доктрины, рассуждая исключительно в рамках филологии и истории и тщательно маскируя критику официального голландского перевода Евангелия в официальной Библии.

Надо сказать, что осмотрительность Хейнсия не уберегла его работу от яростных атак Воция, Гроция и его нового лейденского коллеги, гугенотского преподавателя Клода Сальмасия. Но их острая язвительность исходила скорее из личной, нежели религиозной, враждебности, хотя на кону стояли и некоторые филологические вопросы. В ставшей легендарной академической вражде Сальмасий утверждал, что Новый Завет был написан на классическом греческом языке эллинистической эры, с пренебрежением относясь к мнению Хейнсия, что это был иудейский греческий, смешанный с конструкциями из иврита и других ближневосточных языков. Воций, обвинявший Хейнсия в тайном присвоении неопубликованных записей Скалигера, яро поддерживал Сальмасия.

Тем временем Гроций улучшал свое толкование библейских текстов, а его главной работой в этой сфере стала Annotationes на основе Ветхого и Нового Завета, появившаяся, опять же, в 1630-х годах. Записки Гроция о Новом Завете (1641 г.) несомненно, превзошли и Дедье, и Хейнсия по глубине, эрудиции и оригинальности. Но и здесь можно найти то же стремление разъяснить сложности и непонятные моменты Священного Писания с использованием филологических методов, избегая вопросы догмы и рассматривая тексты почти так же, как работы классической античности.