Университеты — которых, включая основанный в 1648 году Хардервейк, было пять — существовали только в провинциях, а не на землях Генеральных Штатов. Но академические гимназии создавались и на этих территориях, частично как гражданские институты, но в то же время они спонсировались Генералитетом через Государственный Совет. Там они были удивительным явлением. Их первоначальной целью была подготовка реформатских проповедников или администраторов для университета, они спонсировались Генералитетом, во главе их стояли значительные ученые-кальвинисты, и им отдавались значительные ресурсы и владения; но в них было мало студентов. Лишь малое количество молодых людей с севера или из-за границы хотели учиться на землях Генералитета, а местное население, в основном католики, остерегались их как оплота протестантизма. В академической гимназии Хертогенбоса, основанной в 1636 году новым реформатским городским советом, первым ректором был известный гугенотский профессор Самуэль Марезиус (1599–1673 гг.) из Седана, впоследствии ставший деканом факультета теологии в Гронингене. Конкурирующий университет в Бреде был торжественно открыт в 1646 году, главным образом по инициативе штатгальтера, который загорелся желанием превратить свой баронский город в интеллектуальный центр северного Брабанта.

Пока большая часть студентов университетов изучала теологию, законы или третью важную профессиональную дисциплину того времени — медицину, — наибольшего академического престижа достигали те, кто достигал превосходства в гуманитарных науках — классической филологии, изучении библейских текстов и философии. Тот, кто приобрел известность в этой сфере, значительно повышал региональный и международный статус университетов и колледжей, что привлекало студентов с отдаленных территорий, в особенности тех, где, как в Скандинавии и лютеранской Германии, голландские факультеты теологии производили небольшое впечатление.

В 1580-х годах Липсий был интеллектуальным светилом Лейдена и всей Голландии. У Франекера имелся ответ на это — Йохан Друсий (15501616 гг.), который, как и Клузий, Барлаус, Стевин и другие знаменитые интеллектуальные личности республики в начале семнадцатого века, был беженцем с юга. Этого известного филолога, изначально профессора в Лейдене, переманили во Франекер в 1584 году, несмотря на попытку Вильгельма Молчаливого это предотвратить, заставив кураторов Лейдена повысить ему зарплату. Знание Друсием греческого, иврита и других ближневосточных языков, особенно сирийского, сделало Франекер известным во всей Европе и привлекало студентов даже из Шотландии и Швейцарии. Как и Липсий, Друсий избегал теологических и религиозных споров, придерживаясь классических учений и филологических исследований.

Кураторы Лейдена, расстроенные уходом Друсия и успехами Франекера, значительно увеличили жалования профессоров. Однако они не смогли предотвратить отъезд Липсия в 1591 году. Чтобы заменить его, они не жалели сил на поиски сравнимого с ним ученого, призвав на помощь Штаты Голландии. Штаты и кураторы положили глаз на известного французского гуманиста Жозефа Жюста Скалигера (1540–1609 гг.) и, чтобы начать с ним переговоры, обратились за помощью к королю Франции. Скалигер описывал, как его в течение двух лет «осаждали», прежде чем он согласился приехать с условием беспрецедентного жалования в 1200 гульденов — Липсий получал лишь 1 000 гульденов в год на момент отъезда — и без необходимости читать лекции. Он был раздражительным человеком, который ненавидел большую часть профессорского состава, любил оставлять ядовитые комментарии на полях книг своих коллег и всегда находил, на что пожаловаться, будь то холод, еда, алкоголизм или непомерная арендная плата. Но для Штатов, университета и города было определенно выгодно размещать Скалигера и его библиотеку в одном из лучших домов на величественном канале, окна которого выходили на университет.

Скалигер не читал лекции. Но обучение маленьких групп специально отобранных студентов привело к возникновению новых стандартов филологических исследований классических ближневосточных текстов, которые превзошли всё, что было открыто до этого в Европе. Он настаивал на широком изучении древних языков и текстов в качестве основы высшего образования, и эта настойчивость стала не менее известной, чем его метод избавления от презираемых им коллег: «Он плохо понял речь». Скалигер был величайшим знатоком Нового Завета своего времени, он выпускал мастерские издания классических авторов, включая Катулла, Тибулла и Проперция, и, помимо легендарного знания латинского и греческого, придал значительный толчок изучению иврита, сирийского, арабского и других языков и литературы, которые он считал связанными с изучением библейских текстов, в том числе коптский и эфиопский. Среди его работ, созданных в Лейдене, истинным шедевром стал Thesuarus Temporum (1614 г.), где были установлены общие хронологические рамки древней истории. Эта работа возникла из попыток установить подлинность работ Евсевия.

Главным наследием Скалигера стало его влияние на круг одаренных студентов. Через них он оказывал длительное влияние (как в республике, так и за ее пределами) на классическое и библейское изучение ближневосточных языков. Наиболее выдающимися среди его студентов были Гроций, приехавший в Лейден в 1594 году в возрасте 11 лет как известный вундеркинд; Петрус Скривериус (1580–1655 гг.); и Даниэл Хейнсий (1580–1655 гг.), который приехал в 1598 году и стал главным протеже Скалигера. В 1605 году в возрасте 25 лет Хейнсий был назначен преподавателем греческого языка в Лейдене. В стремлении превзойти Скалигера он выпускал улучшенные издания многочисленных классических авторов, включая Горация и частично, Аристотеля, хотя он и стал знаменитым по всей Европе, он не представил значительных нововведений, и ему не хватало серьезности его воспитателя.

В ближневосточных дисциплинах лучшим студентом Скалигера был Томас Эрпениус (1584–1624 гг.), которого в 1613 году назначили преподавателем восточных языков. Его Grammatica Arabica (1613 г.) в течение двух веков оставалась в центре изучения арабского языка в Европе и еще в 1771 году была перепечатана на немецком. Он также подготовил арабский Новый Завет, опубликованный в 1616 году. Эрпениус привлекал большое количество студентов и упрочил позицию Лейдена как ведущего центра ближневосточных наук в Европе. После его смерти во время эпидемии чумы в 1624 году его лучший студент Якоб Голиус (1596–1667 гг.) продолжил традицию. Во время поездок в северную Африку, Сирию и Константинополь в 1622–25 годах Голиус собрал около 300 средневековых арабских, персидских и турецких манускриптов, которые стали ядром известной Лейденской коллекции ближневосточных текстов. Голиус, также сделавший многое для развития в Лейдене практической астрономии, развивал интерес к истории науки, изучая средневековые арабские тексты, в которых содержались научные знания греков. Таким образом, он помог создать тесное взаимодействие между естественными и гуманитарными науками, которое было характерным для голландской культуры семнадцатого века. Но главным достижением стал написанный им Lexicon АгаЫсит (1654 г.), который использовался западными ориенталистами вплоть до девятнадцатого века. Его основным последователем был Левин Уорнер из Липпе, Вестфалия, который в конце концов стал жителем Константинополя, где собрал большое количество дополнительных манускриптов для Лейдена.