Пограничные войска входили в отдельные пограничные округа: Азербайджанский, Армянский, Белорусский, Грузинский, Забайкальский, Казахский, Камчатский, Карело-Финский, Киргизский, Ленинградский, Литовский, Молдавский, Мурманский, Прикарпатский (позже Закарпатский), Приморский, Сахалинский, Таджикский, Тихоокеанский, Туркменский, Украинский, Хабаровский, Черноморский, Эстонский, Юго-Западный.

Из них Азербайджанский, Армянский, Грузинский, Приморский, Таджикский, Туркменский и позже Киргизский являлись смешанными округами, т. е. округами пограничных и внутренних войск НКВД.[160]

Пограничные округа Латвийский, Литовский и Эстонский впоследствии были объединены в один Прибалтийский округ, то же самое Таджикский, Туркменский, Узбекский и Киргизский — в один Средне-Азиатский округ.

Все указанные выше изменения в системе НКВД СССР и последняя реорганизация свидетельствовали, что органы госбезопасности и внутренних дел прошли сложный путь своего развития. Разумеется, постоянные реформы аппарата, смена руководителей, чистки сотрудников не способствовали их планомерной подготовке и отрицательно сказывались на мобилизационной готовности к будущей войне. Вместе с тем нельзя не отметить, что работа по усовершенствованию всех структур, учреждений и спецвойск в конечном счете была нацелена на главную задачу — укрепление безопасности страны. После неудачной финской войны и прекращения переброски кадрового состава были сделаны правильные шаги в сторону укрепления работы Наркомата и всех его подразделений. Офицерскому корпусу НКВД удалось сохранить боевой опыт прошлых лет, лучшие традиции, заложенные Ф.Э. Дзержинским в годы его руководства ВЧК-НКВД и ОГПУ.

Оперативным обслуживанием были охвачены все стратегические объекты и военная промышленность, выделены главные линии оперативно-разыскной работы, в том числе и за рубежом. Спецслужбы неоднократно информировали руководство страны о внешних угрозах, успешно пресекали все попытки активного шпионажа главного противника на территории страны.

18 декабря 1940 г. А. Гитлер утвердил окончательный вариант плана «Барбаросса», и Германия начала непосредственную подготовку к нападению на СССР. Тщательно спланированные дезинформационные мероприятия, имитировавшие подготовку германских войск к вторжению на Британские острова, порождали у И.В. Сталина недоверие к информации советской разведки и контрразведки о действительных планах Гитлера, а также к предупреждениям западных спецслужб, поступавшим по неофициальным каналам политическому руководству СССР.

Недоверчивое, а порой и резко отрицательное отношение И. В. Сталина к такой разведывательной информации оказывало негативное влияние на советских высших политических и военных руководителей. Многие из них подлаживались под настроение И.В. Сталина и, выполняя его установку не давать Германии поводов для военных акций на границе, не принимали необходимых мер для повышения боеготовности войск, запаздывали с принятием крайне важных решений, диктуемых обстановкой.

Высшее политическое руководство страны и лично И.В. Сталин знали о неготовности СССР к войне. Опыт военного конфликта с Финляндией (ноябрь 1939 г. — март 1940 г.) убедительно показал несоответствие уровня боевой подготовки войск условиям ведения современной войны, так как даже численно превосходящие противника силы Красной Армии в течение нескольких месяцев не могли преодолеть оборону финской армии.

Советская разведка, несмотря на потери, вызванные репрессиями, вела целенаправленную работу по добыванию информации о приготовлениях Германии к войне против СССР, постоянно наращивая после августа 1939 г. разведывательные усилия и приобретая новые агентурные позиции.

Ценная информация добывалась радиоконтрразведывательной и дешифровальной службами органов государственной безопасности. Перехватывалась и расшифровывалась дипломатическая переписка диппредставительств Японии, Турции и некоторых других государств, содержавшая сведения о подготовке агрессии против СССР.

Своевременные предупреждения внешней разведки, подкреплявшиеся сообщениями контрразведки и пограничных войск, не привлекали должного внимания. Сказывалась специфика тоталитарной системы. Правом окончательной оценки информации и принятия по ней решения обладал только один человек — И.В. Сталин, мнение которого было непререкаемо, даже если он и неверно оценивал обстановку. Как свидетельствуют документы, в то время внешняя разведка выполняла в основном информационные функции, аналитическая работа — необходимая часть разведывательной деятельности — не велась. Руководство внешней разведки в канун войны подготовило календарь сообщений зарубежных агентов, работавших в высших военных и государственных учреждениях Германии и информировавших Центр о готовящемся нападении Германии на СССР. Выдержки из агентурных донесений убедительно свидетельствовали о неизбежности близкой войны. И хотя этот документ не содержал разведывательного анализа, но даже в этом виде он не был подписан наркомом госбезопасности СССР В. Н. Меркуловым, знавшим о негативной реакции И.В. Сталина на доклады подобных материалов.

Активная разведывательная работа по добыванию информации о военных приготовлениях Германии велась с территории СССР и органами госбезопасности Украинской, Белорусской, Молдавской, Латвийской, Литовской, Эстонской ССР и Ленинградской области, а также разведывательными подразделениями погранвойск, охранявших западную границу Советского Союза. В Центр постоянно шла информация о концентрации войск на сопредельной с СССР территории, оккупированной немцами. Имеются документы, свидетельствующие о симпатиях населения этих регионов к нашей стране и об их помощи в сборе и передаче разведывательных сведений через границу.

Значительно активизировалась в предвоенный период и контрразведка, основные усилия которой были направлены на предупреждение и пресечение разведывательно-подрывной деятельности спецслужб Германии и Японии.

После заключения в 1939 г. договоров о ненападении и дружбе между СССР и Германией и последовавшего затем присоединения к СССР западных регионов и Прибалтики германские спецслужбы резко расширили подрывную работу против Советского Союза, используя имевшиеся ранее и вновь приобретенные агентурные позиции в государственно-административном аппарате, профашистских партиях и движениях.

Активную подрывную работу против СССР в эти годы вела японская разведка. Свои усилия она концентрировала в Дальневосточном регионе и Забайкалье. Наиболее интенсивно действовали японские спецслужбы, дислоцировавшиеся в Маньчжурии и возглавлявшиеся японской военной миссией в Харбине.

Возрастание угрозы войны потребовало от руководства внешней разведки более активно приобретать новые и укреплять имеющиеся оперативные позиции в органах высшего военного управления и спецслужбах фашистской Германии и ее союзников, других иностранных государств.

Советская разведка и контрразведка, используя расширившиеся в предвоенные годы экономические и другие международные связи СССР, а также репатриацию немцев, проводили мероприятия по агентурному проникновению на территорию фашистской Германии и оккупированных ею государств; осуществляли долгосрочные мероприятия по подготовке агентов для вывода их за границу; вели контрразведывательную работу среди сотрудников дипломатических и консульских представительств, других категорий иностранцев, приезжавших в Советский Союз. Органами госбезопасности были разработаны указания о разведывательном и контрразведывательном опросе перебежчиков и организации среди них контрразведывательной работы.