1 сентября 1918 года, отказываясь форсировать следствие, уже приехавшему на Лубянку члену большевистского ЦК Луначарскому Петерс повторил: «Пока никакой связи Каплан с правыми эсерами, кроме ее дружбы со Спиридоновой на акатуйской каторге при царе». Луначарский даже упрекнул чекиста-законника: «Вам, может быть, жаль ее?», а Петерс в ответ сразу завелся от такого упрека в мягкотелости: «Да мне она омерзительна, шла убивать Ленина, а в голове у нее мыло». Вырванную из контекста их разговора эту фразу можно понять как то, что Каплан пошла стрелять в вождя, не домыв как следует голову, что так оскорбило заместителя главы ВЧК. На самом же деле взрыв эмоций Петерса, ударившего при этом картинно кулаком в стол, вызвало совсем другое мыло: в промежутках между рассказами о деле 30 августа Каплан изливала ему свою душу, в том числе и важными для нее воспоминаниями о бесценном куске мыла, которое ей в тяжелый день дала соратница по каторге эсерка Спиридонова, чтобы она смогла помыться перед встречей с любимым террористом из рядов анархистов Виктором Гарским. По мнению Якова Петерса, переплетение великого злодейства в виде выстрелов в Ленина с мелодраматичными рассказами о каком-то куске мыла из далекого прошлого было оскорбительным для ЧК, хотя для самой партии эсеров такой тип мышления с переплетением террора с романтикой любви очень характерен. А затем Петерс так же упрямо повторял: «Мы ее расколем, не таких раскалывали! Но пока никаких улик против эсеров. Не забудьте, у нее за плечами одиннадцать лет каторги, а это огромный опыт!»

Идеализировать Петерса не стоит даже после этой истории, именно этот яростный «законник» в деле Каплан уже несколько месяцев спустя выступит на коллегии ВЧК со страшной инициативой брать в заложники членов семей офицеров-военспецов в Красной армии, расстреливая их в случае перехода самих военспецов к белым. И он же внесет в ЧК жуткое предложение «брать по телефону»: будучи направлен в 1919 году для зачистки Петрограда при наступлении на город белой армии Юденича, Петерс по-простому предложил арестовать всех находившихся в телефонной книге горожан, поскольку телефон тогда мог быть только у обеспеченных и не последних при царском режиме лиц. А в 1921 году Петерс был направлен Дзержинским руководить от ВЧК подавлением мужицкого восстания Антонова на Тамбовщине, и там он не протестовал против бойни войсками Тухачевского восставших крестьян с помощью химического оружия, а своим чекистам дал команду расстреливать всех захваченных в бою антоновцев мужского пола и старше восемнадцати лет. В том же году при занятии Красной армией Грузии Петерс и там будет возглавлять специальную комиссию ВЧК, вместе с назначенным начальником Тифлисской ЧК Панкратовым возглавляя массовые расстрелы, когда трупы горами валялись на Соборной площади Тифлиса (в 1938 году Панкратова и Петерса расстреляют за «троцкизм»). И везде в годы Гражданской войны проявлявший такое благородство по отношению к Каплан чекист Петерс выглядит уже почти маньяком и садистом. Он на коллегии ВЧК почти маниакально твердит: «За каждое посягательство на власть нужно отвечать так, что прежний «красный террор» перед этим побелеет». Понемногу такие заклинания даже в ВЧК Петерсу создадут славу левого экстремиста, что позднее приведет к потере поста первого заместителя при Дзержинском, а позднее и к выводу за рамки госбезопасности вообще. По свидетельствам очевидцев, во время расстрелов на Дону за стрелявшим лично в обреченных Петерсом бегал его восьмилетний сын и просил: «Папа, дай я стрельну». Знай об этом Конквест, он мог бы поменять свое мнение о личности зампреда ВЧК Петерса. Но против быстрого расстрела Каплан он действительно протестовал яростно и вполне искренне, видимо действительно тянул время и ждал приезда Дзержинского.

Хотя в советские газеты за подписью Свердлова и шла уже информация о том, что Каплан входила в боевую группу партии левых эсеров, в протоколах допросов террористки Петерсом эта связь так четко не прослеживается. Не подтверждалась и выдвинутая чекистами (тоже по намеку с верхов советского олимпа) версия об «английском следе» в покушении на Ленина. Петерс даже водил Каплан в камеру к арестованному послу Локкарту в надежде на невольную очную ставку, но английский дипломат и бывшая анархо-террористка друг друга не узнали и узнать не могли.

Локкарт затем тоже писал о двойственном впечатлении, которое за время ареста на него произвел занимавшийся им Петерс: одновременно чем-то к себе притягивавший и тут же своим железным фанатизмом ужасавший. Вот к Локкарту при допросах на Лубянке не применяли силовых методов, но вряд ли и здесь можно говорить о какой-то гуманности. Петерс его откровенно запугивал, по словам самого Локкарта: «Признавайтесь, Локкарт! Здесь у нас не такие поначалу молчали, а потом признавались, что рыли подкоп под проливом Ла-Манш!» По приказу Петерса, чтобы во избежание дипломатических проблем не трогать самого Локкарта, но сломить его волю и вынудить давать нужные показания, на глазах англичанина чекисты до полусмерти избили какого-то арестованного уголовника, а затем на его глазах увели на расстрел сокамерника – бывшего при царе начальника Департамента полиции (тайного сыска Российской империи) Степана Белецкого. И если опять же верить Локкарту, после всего этого, когда он был выпущен, Петерс спокойно подошел к нему и сказал: «Вы меня проклинаете после всего этого и считаете врагом, а я лишь выполнял свой революционный долг. У меня ведь, Локкарт, жена-англичанка осталась в Лондоне, а почта давно не работает, не передадите ли ей мое письмо?» Вот такой, мягко сказать, неоднозначный человек был Яков Петерс. Пусть уж читатель сам судит, можно ли вслед за Конквестом или Локкартом назвать такую породу людей личностями с извращенными понятиями о благородстве, или речь скорее идет о явной патологии.

Характерно при этом, как метались чекисты в попытках привязать Каплан к какой-нибудь организации. Не подошли англичане, не подошли затем левые эсеры (уже арестованная после событий 6 июля Спиридонова и ее соратники от связей с Каплан сразу отреклись, с «левоэсеровским следом» Свердлов явно поторопился), тогда стали разрабатывать версию правых эсеров. В конце концов, признавшие позднее свое руководство действиями Каплан и организацию самого покушения Семенов и Коноплева входили именно в правую фракцию разветвленной тогда партии эсеров. Когда участников этой группы в 1937 году повторно арестовали и расстреляли, разница между левыми и правыми крыльями партии эсеров, видимо, для советской власти уже окончательно стерлась. Ведь и лидеров левых эсеров, казалось бы реабилитированных в 1918 году по этому делу, в 1937 году тоже повторно арестовывали, и их в НКВД, как Спиридонову и Биценко, тоже заставили признать руководство действиями Каплан летом 1918 года. Но тогда уже шпионы, работавшие сразу на несколько иностранных разведок, никого не удивляли, так же не удивляла и давно казненная террористка, получавшая задание сразу от нескольких независимых друг от друга партийных групп.

2 сентября Свердлов вызвал Петерса в правительство для отчета о расследовании и опять завел свое: «Она же призналась, вношу представление: расстрелять». Петерс вновь уперся: «Одно признание – не доказательство». Свердлов напомнил о целесообразности, и Петерс бросил ключевую в этой дискуссии фразу: «С дела Каплан мы имеем шанс раз и навсегда отказаться от подмены закона какой бы то ни было целесообразностью!» Здесь Свердлов вышел из себя и рыкнул на Петерса: «Мы начинаем в ответ на выстрелы в Ильича «красный террор», а Каплан мы сегодня же у вас заберем, вам это понятно? Тогда идите!»