Сам браунинг, якобы выброшенный Каплан в суматохе в толпе, работавшая на месте покушения группа чекистов во главе с Юровским (палачом царской семьи в июле того же года) и следователем ЧК по этому делу Кингисеппом так и не нашла, но в той давке его могли легко подобрать. Потом браунинг вроде бы появится, его принесет в ЧК днем позже сознательный рабочий Кузнецов, но нет никакой уверенности, что это то самое оружие Каплан. В следующем протоколе допроса Каплан Петерсом от 31 августа 1918 года Каплан сама опровергает и версию о своей почти полной слепоте: «Весной 1917 года ко мне после освобождения в Харькове полностью вернулось зрение». Да и, строго говоря, спокойно ходившая без чужой помощи по улицам женщина, стреляя в упор, вполне могла не промахнуться и при отдельных дефектах зрения. Так что, когда говорят о «слепой Каплан, жертве провокации чекистов», это выглядит явной натяжкой.

Все это свидетельствует в пользу того, что Каплан все же была одной из участниц покушения. Второго стрелявшего, мужчину, видели несколько очевидцев покушения, но его так никогда и не нашли. Есть очень веское предположение, что это был эсер-матрос Протопопов, вскоре арестованный и очень поспешно расстрелянный ЧК. Он до 6 июля 1918 года тоже недолго сам был среди эсеров-чекистов и в истории с восстанием левых эсеров известен тем, что в момент ареста Дзержинского в отряде Попова именно этот лихой моряк отобрал у своего бывшего начальника по ВЧК револьвер и крутил ему руки. Это вполне возможно, ведь некоторые свидетели покушения сразу после выстрелов в Ленина характеризовали второго стрелявшего как «матроса». Семенов позднее в своих показаниях на процессе 1922 года называл вторым активным участником покушения члена своей боевой группы Новикова. Но сам Новиков, тоже бывший матрос-эсер из разбитого отряда Попова, себя признавал лишь подавшим сигнал о приезде Ленина на завод Михельсона, указавшим на Ленина не знавшей его в лицо Каплан и специально устроившим в дверях давку для отхода стрелков. Позднее в 1937 году Новиков опять «чистосердечно» признает в НКВД себя участником стрельбы в Ленина и будет расстрелян, но для истории такие признания не аргумент. По показаниям Семенова, кроме этого Новикову отводили и роль добивающего, если выстрелы Каплан и Протопопова не убьют Ленина, но Новиков приказа не выполнил и в раненого Ленина стрелять не стал, предпочтя скрыться с места покушения.

Семенов утверждал также, что его группа действовала в Москве если не по поручению всего ЦК партии правых эсеров, то хотя бы с ведома его членов, Гоца и Донского. А затем якобы Гоц с Донским отказались признать причастность партии к акции на заводе Михельсона, объявив Семенову партийный выговор за излишнюю инициативу, а попавшую в руки ЧК Каплан постановили считать непричастным к партии частным лицом. Хотя, как показывал Семенов, член партийного ЦК Анастасия Биценко вместе с ним и Коноплевой приезжала в тот день к заводу Михельсона, и у ворот завода они устроили сходку всей боевой группы, разогревая друг друга речами о предстоящем им великом деле. После чего Биценко забрала у Каплан предназначенную изначально для покушения бомбу, которую решили не использовать из опасения больших жертв случайных людей в заводском дворе, и покинула место покушения, дав приказ группе Семенова действовать. Все это выглядит очень правдоподобно, если учесть, что глава Московского отделения партии эсеров и опытная террористка Биценко организовала не одну подобную акцию, что из ее рук и Блюмкин получал бомбу, идя убивать посла Мирбаха. Но эти показания оказались очень удобными для ЧК тогда, да и позднее, когда бывшая эсерка Биценко после второго ее ареста по этому делу расстреляна в 1937 году вместе с Семеновым и Коноплевой.

А вот дальше спор между лидерами большевистского правительства и ведшими следствие руководителями ЧК и быстрый расстрел Каплан до выяснения всех обстоятельств покушения говорят в пользу того, что ни в каком детальном расследовании дела власть не была заинтересована. А получила из личности Каплан улики против эсеров и торопилась объявить назревший с ее точки зрения «красный террор». Советская спецслужба в лице всероссийской ЧК здесь еще выступала в нехарактерной для нее затем роли жесткого поборника законной процедуры, требуя отложить казнь и продолжать расследование. Слишком много в ее руководстве поначалу было искренних фанатиков революции, верящих еще в своеобразную, но все же этику своего дела, в ущерб «политической целесообразности», о которой им твердили в те дни Свердлов с Троцким. Дзержинский с Петерсом в чистом виде олицетворяли тогда именно класс этих революционных романтиков.

Именно об этой первой касте чекистов английский автор книги «Большой террор» Роберт Конквест справедливо заметил, что они действительно были похожи на российских Робеспьеров, что это «люди, у которых при всей их беспощадности можно найти некоторые своеобразные черты извращенного благородства». Многие искренние противники советской власти, ужасавшиеся «красному террору» первых чекистов, возмущались и обрушивались на Конквеста с критикой за такую характеристику. Но он попал практически в точку, уловив этот парадокс, к тому же словосочетание «извращенное благородство» вряд ли можно отнести к комплиментам в адрес дзержинскому племени, как и сравнение с такой небесспорной исторической фигурой, как якобинский вожак Максимилиан Робеспьер.

Когда руководивший в те дни всей властью в Кремле при раненом Ленине Свердлов уже 31 августа после первого же допроса Каплан потребовал у Петерса завершать расследование, чтобы дать официальное заявление ВЦИК о том, что стреляли правые эсеры из партии Чернова (повод для «красного террора»), Яков Петерс категорически воспротивился. Судя по дневниковым записям самого Петерса, дошедшим до историков после их изъятия при аресте в 1938 году, зампред ВЧК дал второму после Ленина человеку в Советской стране настоящий революционный отлуп с точки зрения законности: «Никаких ее связей с партией пока не выявлено, что она правая эсерка – говорит пока лишь она сама. А таких дилетантов, как мы, самих надо сажать!» Если верить запискам Петерса, опубликованным позднее в «Известиях», Свердлов на это раздраженно отвечал: «Ну так посадите самих себя, а эту даму выпустите!» – и поначалу уехал с Лубянки ни с чем. У себя в кремлевском кабинете в присутствии подчиненных из ВЦИК Свердлов в сердцах прошелся по ВЧК и лично по Петерсу, обвиняя их в чистоплюйстве и дилетантстве. К неудовольствию сторонников версии о провокации самой ЧК в истории с покушением на Ленина, похоже, что именно руководство ЧК собиралось продолжать детальное расследование и даже поначалу могло оспаривать мнение первых лиц советской власти. Петерс ждал возвращения из Петрограда своего начальника и кумира Дзержинского, уверенный, что будет поддержан Железным Феликсом в своей позиции не допускать преждевременной расправы с Каплан.

При этом никаким гуманизмом действия Петерса в те дни не пахли, он лишь требовал соблюдения советской же законности и детального расследования, а оппонентам постоянно заявлял, что лично-то он Каплан ненавидит и что сам готов ее расстрелять. Вряд ли тут уместно говорить о какой-то попытке Петерса помочь Каплан как старой революционерке-каторжанке, как считают некоторые историки, или уж тем более – из личной симпатии к ней как к женщине, как полагают самые романтичные из них. Петерс таким мотивам явно был чужд.