Русский посланник в Вене князь А.К. Разумовский направил 23 марта 1799 г. письмо Ф.Ф. Ушакову с сообщением просьбы австрийского правительства о выделении части флота для наблюдения за Анконой и охраны морских коммуникаций в Адриатическом море. Днем раньше подобное письмо Разумовский направил А.В. Суворову.

А.В. Суворов написал Ф.Ф. Ушакову: «Здешний чрезвычайный и полномочный посол пишет ко мне письмо, из которого ваше превосходительство изволите ясно усмотреть необходимость крейсирования отряда флота команды вашей на высоте Анконы; как сие для общего блага, то я о сем ваше превосходительство извещаю, отдаю вашему суждению по собранию правил, вам данных, и пребуду с совершенным почтением».

Письмо Г. Нельсона Ф.Ф. Ушакову по случаю взятия Корфу и о выходе английской эскадры для блокады Неаполя 23 марта 1799 г.: «С усердием поздравляю ваше превосходительство с победою Корфы, уверяю вас, что слава оружия верного союзника столь же для меня лестна, как и слава моего государя. Я имею великую надежду, что Мальта весьма в скором времени покорится действиям, производимым против оного острова. Флаг его сицилийского величества, равно и великобританский, поднят во всех частях острова, выключая города Ла-Валетта, жители коего с дозволения его сицилианского величества предались под покровительство Великобритании. Завтрашний день отправляется эскадра для блокады Неаполя, которая продолжится с неусыпным старанием до прибытия вашего превосходительства с войсками его величества вашего государя, кои, я не сомневаюсь, восстановят его сицилианское величество на троне. Производя сие доброе дело, за удовольствие почту содействовать с вами дружелюбно и уверить вас лично, сколько я чувствую себя вашего превосходительства и проч.».

25 марта 1799 г. указом Павла I вице-адмирал Ф.Ф. Ушаков за боевые отличия при взятии Ионических островов был произведен в адмиралы. Но ни новое звание, ни награды не могли отвлечь адмирала от повседневных забот, связанных с очень плохим снабжением эскадры. 30 марта Ушаков направил Томаре очередное письмо, в котором сообщал о заболеваниях среди личного состава эскадры вследствие употребления недоброкачественного продовольствия, присылаемого турецкими властями, и о необходимости принятия решительных мер к своевременному снабжению эскадры хорошими продуктами.

В конце марта на рейде Корфу стояли: корабли «Св. Павел» (флаг Ф.Ф. Ушакова), «Захарий и Елизавета», «Богоявление Господне», «Симеон и Анна», «Мария Магдалина», «Св. Троица», «Св. Михаил», фрегаты «Сошествие Святого Духа», «Богородица Казанская», «Навархия», у пристани разоруженный «Св. Петр» и пленный «Леандр». Фрегаты «Григорий», «Счастливый», «Навархия» пошли в порт Гуви на ремонт.

Обстановка в Италии в то время была чрезвычайно сложной. Французы, которых итальянское население, поверив в республиканские лозунги, встречало с радостью, вскоре проявили себя как самые обыкновенные захватчики. Волна народного возмущения росла с каждым днем. Ее умело использовал бежавший неаполитанский король Фердинанд. Антифранцузская борьба набирала силу.

29 марта к Ф.Ф. Ушакову прибыл уполномоченный от короля Фердинанда с просьбой об оказании поддержки наместнику короля кардиналу Руффо, который, встав во главе народного движения в пользу восстановления монархии, уже выступил с ополченцами против французов. При этом неаполитанский король требовал, чтобы Ушаков со всем соединенным флотом и десантными войсками следовал в Неаполь. 31 марта Ушаков отправил донесение Павлу I об этой просьбе и сообщил, что будет ожидать прибытия русских войск, а затем следовать в Неаполь.

Одновременно к Ушакову прибыли депутаты городов Бриндизи и Лечо также с просьбой о поддержке против французов и республиканцев. Корабли союзной эскадры исправлялись после освобождения Ионических островов и штурма Корфу. Поэтому Ушаков отправил к итальянским берегам небольшую эскадру.

В то время как Ушаков освобождал Ионические острова и создавал Республику Семи островов, Франция завоеванное ею Неаполитанское королевство превратила в Партенопейскую республику.

Приказ об оказании помощи в восстановлении королевской власти в Неаполе получил от Павла I и адмирал Ушаков.

В апреле, когда А.В. Суворов начал освобождать от французов Северную Италию, Ф.Ф. Ушаков приступил к изгнанию войск противника из южной части Апеннинского полуострова – из Партенопейской республики. Республика была создана 12 января 1799 г. французами, захватившими континентальную часть Королества Обеих Сицилий (король бежал в Неаполь, где базировалась эскадра Г. Нельсона). Налоги и тяжелые контрибуции вызвали восстание народа против французов. Неаполитанский король, решив использовать народное движение, направил в Италию кардинала Руффо, который в конце января собрал в Милето ополчение и выступил с ним к северу.

Ф.Ф. Ушаков направил к восточным берегам Партенопейской республики в Бриндизи для оказания помощи неаполитанскому правительству отряд капитана 2 го ранга А.А. Сорокина (четыре фрегата, два турецких корвета, четыре канонерские лодки), позже усиленный пятью вспомогательными судами.

15 апреля фрегаты «Св. Михаил», «Счастливый», два турецких корвета, под командованием А.А. Сорокина, снялись с якоря и пошли в Бриндизи. Затем для усиления отряда были посланы шхуна № 1 и четыре турецкие канонерские лодки, позже к отряду присоединились фрегаты «Св. Николай» и «Григорий Великия Армении». Вместе с отрядом шел неаполитанский фрегат, на котором находился неаполитанский военный министр А. Мишеру.

Отряд А.А. Сорокина 22 апреля занял крепость Бриндизи и несколько прибрежных городов, французы оставили их без боя. Простояв у Бриндизи неделю, А.А. Сорокин, оставив там одну шхуну, направился на север, идя вдоль побережья.

1 мая эскадра подошла к городу и крепости Моле. При ее приближении над крепостью был поднят французский флаг. После того как фрегаты сделали несколько выстрелов, французский флаг был спущен и поднят белый.

На следующий день без боя был занят город Барии. Оставив там для обеспечения порядка фрегат «Св. Николай», А.А. Сорокин пошел дальше на север. Следующим городом, освобожденным эскадрой, стала Барлетта. Оставив там фрегат «Григорий Великия Армении», суда пошли далее.

Отряд 8 мая подошел к городу Манфредония. Здесь к А.А. Сорокину прибыла депутация города Фаджио с просьбой освободить город от французов. На военном совете, в котором принял участие и А. Мишеру, решено было отправить на берег десант в количестве около 500 матросов при четырех орудиях. Его возглавил командир фрегата «Счастливый» капитан-лейтенант Г.Г. Белли. Заняв Фаджио, десант начал поход вглубь страны. Хотя к этому времени большая часть побережья была уже в руках неаполитанского короля, столицу королевства Неаполь все еще занимали французы. Десанту предстоял небывалый по сложности поход на Неаполь. 12 мая в поход выступил авангард – 120 матросов с двумя пушками. Через одиннадцать дней – остальные.

Десант Г.Г. Белли (получивший подкрепление из Барлетты – 100 матросов и две пушки с фрегата «Григорий Великия Армении») 25 мая в Ариано соединился с ополчением кардинала Руффо.