Согласно распространенной версии, Тайра Киёмори, узнав о случившемся, хотел укрыться в своих владениях, но его старший сын Сигэмори уговорил отца идти на Киото. Но есть и другая версия, расценивающая «паломничество» Киёмори как уловку, побудившую его противников к открытому выступлению. Но, так или иначе, Киёмори подошел к столице и с помощью государственного советника Фудзивара Корэката, который сначала принял сторону Нобуёри, сумел организовать бегство императора Нидзё. Ночью во дворце устроили поджог, чтобы караульные воины отвлеклись на тушение огня. Император переоделся в женские одежды и в сопровождении Корэката выехал из дворца под видом придворной дамы. Попав в руки Киёмори, император повелел уничтожить мятежников. Войска дома Тайра захватили дворец, очистили столицу от воинов дома Минамото, а отступившие отряды добили в провинции. Минамото Ёситомо был убит собственным вассалом Осада Тадамунэ. Фудзивара Нобуёри выпросить себе помилование у отрекшегося императора Го-Сиракавы, но император Нидзё и Тайра Киёмори не считали, что его можно оставить в живых и Нобуёри лишился головы.

Дом Минамото понес тяжелые потери — одни погибли в сражении, других казнили. Из предводителей дома в конечном итоге остался в живых только Минамото Ёримаса, не принимавший участия в смуте Хэйдзи.

Казалось, что уже никто не в силах угрожать величию дома Тайра. Но для полного спокойствия дома Тайра в императорском роду не должно было оставаться недовольных принцев, которые могли бы стать знаменем нового заговора.

Принц Мотихито

После смерти императора Нидзё, который умер в 1165 году в двадцатидвухлетнем возрасте, престол перешел к его семимесячному сыну Нобухито, известному как император Рокудзё. Это было сделано по воле императора Го-Сиракавы. Малолетние императоры не были новостью, но возраст Нобухито подавал надежды на престол второму сыну Го-Сиракавы принцу Мотихито. Мотихито считал, что императором должен стать он, а не его недавно родившийся племянник. Весной 1168 года Рокудзё, которому на тот момент было три с половиной года, отрекся от престола. Императором стал третий сын Го-Сиракава Норихито (император Такакура), которому на момент восшествия на престол не исполнилось и семи лет. Принц Мотихито снова почувствовал себя обойденным и винил в этом не только своего отца, но и Тайра Киёмори поскольку мать императора Такакура происходила из дома Тайра. Киёмори выдал за Такакура свою дочь Токуко, которая в 1178 году родила сына Котохито. В 1880 году Киёмори принудил восемнадцатилетнего императора Такакура отречься и усадил на престол двухлетнего Антоку, при котором регентом. Принцу Мотихито на тот момент было 30 лет. Можно представить, с каким настроением он наблюдал за непрекращающимся возведением на престол малолетних императоров, служивших ширмами для его отца и Киёмори.

Минамото Ёримаса

Минамото Ёримаса, оставшийся в живых после Смуты Хэйдзи благодаря своей лояльности Тайра Киёмори, в 1179 году изменил свои взгляды и стал противником дома Тайра. Ёримасе в то время было 73 года. В мае 1180 года Ёримаса, заручившись поддержкой принца Мотихито, выпустил воззвание, призывавшее дома Минамото и Фудзивара восстать против дома Тайра. С этого воззвания и началась война Тайра и Минамото. Первым крупным сражением этой войны стала битва при Удзи (город недалеко от столицы, стоящий на одноименной реке) состоявшаяся в июле 1180 года. Войско Минамото, которое возглавлял Ёримаса, было разбито. Раненый в сражении Ёримаса совершил сэппуку в буддийском храме Бёдо-ин. Это самоубийство стало первым документированным случаем совершения самураем сэппуку по причине военного поражения. Первое же в японской истории сэппуку было совершено Минамото Тамэтомо в 1156 году во время смуты Хогэн для того чтобы избежать позорного плена.

Принц Мотихито попытался бежать, но был схвачен воинами Тайра и убит.

После подавления смуты Хэйдзи тринадцатилетний Минамото Ёритомо, сын Минамото Ёситомо, был отправлен в ссылку во владения Тайра на полуостров Идзу. После битвы при Удзи, Тайра Киёмори приказал убить Ёритомо. Узнав об этом, Ёритомо осенью 1180 года во главе небольшого отряда из родственников покинул Идзу и пошел к столице, но в пути его небольшое войско было разбито превосходящими силами Тайра. Ёритомо удалось бежать в провинцию Ава, бывшую владением дома Минамото.

Минамото Ёритомо

Недовольство деспотической политикой дома Тайра было настолько велико, что за несколько последующих месяцев Ёритомо сумел собрать большую армию и провел несколько удачных, но небольших кампаний против Тайра.

Вместо того, чтобы активно вербовать сторонников, Тайра Киёмори сделал противоположное. В назидание непокорным он сжег буддийский монастырь Кофукудзи в Нара. В этом монастыре сгорели заживо более 3000 человек. Такая расправа над безоружными монахами привела к уменьшению числа сторонников дома Тайра и к формированию мощной буддийской оппозиции.

С 1181 по 1183 год масштабных боевых действий не было — обе стороны копили силы. Весной 1181 года умер Тайра Киёмори. По причине засух и наводнений 1181 год выдался неурожайным (в 1180 урожай тоже был плохим), а следом за голодом пришла эпидемия чумы. От бедствий больше пострадали внутренние провинции, где находились многочисленные владения дома Тайра, а окраинную провинцию Ава, в которой находилась ставка Ёритомо, голод и мор обошли стороной, что было истолковано в пользу дома Минамото — боги давали понять, что они недовольны домом Тайра и благоволят дому Минамото.

Однако в доме Минамото тоже не все было благополучно. Ёритомо сильно беспокоил его двоюродный брат Кисо Ёсинака, взявший себе фамилию по местности, в которой он вырос. Весной 1183 года неприязнь между братьями едва не вылилась в вооруженное столкновение, но в последний момент благоразумие одержало победу над амбициями. В августе того же года войска Минамото заняли столицу, из которой бежали император Антоку, его мать Тайра Токуко, и сохранившие верность дому Тайра придворные. Отрекшийся император Го-Сиракава благоразумно принял сторону дома Минамото. В конечном итоге Антоку и его двор нашли прибежище в Ясима на острове Сикоку (ныне Ясима является районом города Такамацу в префектуре Кагава). У дома Тайра было несколько укрепленных владений на побережье Внутреннего моря и большой флот, так что Ясима казалась надежным укрытием.

Столицу заняли войска под предводительством Ёсинака и Минамото Юкииэ, которые вели себя крайне плохо по отношению к жителям. Это не нравилось Ёритомо. Амбиции Ёсинака дошли до того, что он арестовал отрекшегося императора Го-Сиракава и предложил дому Тайра заключить союз против Ёритомо (Юкииэ к тому времени покинул столицу вместе со своими самураями). В феврале 1184 года войско под предводительством Ёритомо разгромило войско Ёсинака и захватило столицу. Раненый Ёсинака был убит в тот момент, когда собирался совершить сэппуку. Вся власть перешла к Минамото Ёритомо, которому оставалось завершить разгром дома Тайра.