К концу XIII века в императорском доме возникли две ветви — Дайкакудзи и Дзимёин, называемые по своим резиденциям. Первая ветвь вела начало от императора Камэяма, правившего с 1260 по 1274 годы, а вторая — от императора Го-Фукакуса, правившего с 1246 по 1260 годы.

Император Го-Дайго

В 1317 году бакуфу потребовало отречения императора Ханадзоно. На престол был возведен тридцатилетний император Го-Дайго, а наследным принцем стал Куниёси, сын императора Го-Нидзё, правившего с 1301 по 1308 годы. Оба они были представителями ветви Дайкакудзи. Согласно изданному бакуфу указу, правление каждого императора не должно было превышать 10 лет.

Императора Го-Дайго не устраивала второстепенная роль и ограничение срока правления. Опираясь на поддержку значительной части буддийского духовенства, которую обеспечивал ему сын Мориёси, возглавлявший буддийскую школу Тэндай, Го-Дайго готовил свержение сёгуната. Момент для этого был удобный — в начале XIV века в бакуфу разгорелась ожесточенная борьба за власть, а в государстве расплодились разбойничьи отряды. В 1324 году заговор против бакуфу и дома Ходзё, был раскрыт, но императору удалось избежать ответственности, которая легла на плечи его сподвижников. Как только все утихло, Го-Дайго начал составлять новый заговор, который был раскрыт в 1331 году. Императору удалось бежать из столицы, но его все же арестовали, выслали на остров Оки и принуждали к отречению. Однако, Го-Дайго проявил несвойственную императорам стойкость и, несмотря на все угрозы, так и не отрекся. Но это не помешало бакуфу возвести на престол принца Кадзухито из ветви Дзимёин, который известен под именем императора Когон. Го-Дайго тем временем не сидел сложа руки — он активно привлекал на свою сторону самурайские дома по всей Японии, благо недовольных деспотической политикой дома Ходзё хватало с избытком. В 1333 году Го-Дайго перешел к решительным действиям. Его войска захватили столицу и очистили страну от сторонников сёгуната. Многие представители дома Ходзё покончили с собой. Император Когон отрекся и Го-Дайго вновь сел на престол. Так было покончено с первым сёгунатом. С его падением завершился период Камакура.

Реставрацией Кэмму (1333–1336), по девизу правления, использовавшемуся в 1334–1336 годах, называется трехлетнее самостоятельное правление императора Го-Дайго в промежутке между двумя сёгунатами.

Го-Дайго начал с того, что возродил Ведомство приказов, которое впервые было создано полвека назад императором Сага (809–823). Как ясно из названия, это ведомство готовило и доводило до сведения подданных императорские указы, то есть служило инструментом прямого правления. Также Го-Дайго создал Ведомство наград, которое начало раздавать его сторонникам титулы, земли и должности, Ведомство жалоб, которое рассматривало обращения на несправедливые действия бакуфу и дома Тайра, и Военное ведомство (мусядокоро), которое занималось охраной дворца и столицы. Все эти ведомства напрямую подчинялись императору.

Жалоб на разные несправедливости было настолько много, что императорские чиновники не успевали с ними справляться. Это вызвало недовольство среди подданных. Еще большее недовольство вызвала непродуманная тактика вознаграждения сторонников императора. Осыпая милостями ближний круг лиц, Го-Дайго часто забывал о тех, кто стоял чуть дальше. Более того — награды могли отбираться. Так, например, Акамацу Норимура, присоединившийся к Го-Дайго с большим отрядом и сыгравший важную роль в разгроме дома Ходзё, получил должность военного губернатора (сюго) в его родной провинции Харима, но довольно скоро был смещён. У многих полученное не совпало с ожидаемым. Асикага Такаудзи, создатель второго сёгуната и один из лидеров борьбы против Ходзё, надеялся получить титул сэйи тайсёгун, но император сделал сёгуном своего старшего сына — принца Мориёси, что было вполне логично, ведь если император собирался править самостоятельно, то сёгунами при нем должны были быть полностью подчиненные ему члены императорского дома.

Асикага Такаудзи

У Асикага Такаудзи был противник — Нитта Ёсисада, глава Военного ведомства. Роды Асикага и Нитта вели свое происхождение от императора Сэйва, оба имели крупные владения, но, благодаря женитьбам на женщинах из дома Ходзё, дом Асикага во время первого сёгуната поднялся выше дома Нитта. Го-Тайго считал, что, имея сына-сёгуна и Нитта Ёсисада во главе Военного ведомства, он может не опасаться амбициозного Такаудзи, но вышло иначе.

Дело было не столько в Асикага Такаудзи, сколько в военном сословии, бóльшая часть которого не получила того, на что рассчитывала, когда боролась на стороне Го-Дайго против дома Ходзё. Император, привыкший мыслить узкими придворными категориями, не понимал важности и значимости военного сословия (букэ). Недовольством среди военных не замедлил воспользоваться Асикага Такаудзи, который заранее подготовил условия для своего возвышения. В 1333 году после захвата столицы войсками Го-Дайго, Такаудзи создал в столице управление (бугёсё), которое ведало городскими делами. Император Го-Дайго, занятый делами государственного масштаба, до таких «мелочей», как управление городскими делами, не снисходил. Такаудзи потихоньку расширял полномочия своего управления и даже начал раздавать кое-какие пожалования своим сторонникам, хотя формально не имел на это права.

Соперниками Такаудзи были уже упомянутый выше Нитта Ёсисада, а принц Мориёси, обладавший сёгунским титулом (но не сёгунской властью) и имевший большое влияние при дворе, поскольку многие считали его преемником Го-Дайго.

Для устранения принца Такаудзи использовал древний способ — сообщил Го-Дайго о заговоре, который якобы составил Мориёси, желающий как можно скорее стать императором. Го-Дайго поверил и сослал Мориёси в Камакура, где правил младший брат Такаудзи Асикага Тадаёси. В июне 1335 года Ходзё Токиюки поднял восстание в провинции Синано. В июле войско повстанцев численностью в 5000 человек захватило Камакура. Асикага Тадаёси бежал. Принц Мориёси был убит по его приказу.

Такаудзи выразил готовность отправиться на усмирение восставших и потребовал от императора назначить его тайсёгуном, но осторожный Го-Дайго отдал эту должность своему другому сыну, принцу Нориёси, будущему императору Го-Мураками. Не получив ни вожделенного титула, ни императорского повеления на подавление восстания, Такаудзи самовольно выступил против бунтовщиков и тогда императору, ради сохранения лица и престижа императорской власти, пришлось назначить Такаудзи тайсёгуном. Го-Дайго выбрал из двух зол наименьшее — условно лояльного тайсёгуна Асикага, а не своего смертельного врага Ходзё.