Маленькие деревянные крепости с небольшими, до нескольких сотен человек, гарнизонами стояли в труднодоступных местах — на слиянии рек, мысах, островах, перешейках между озерами. В них размещали вооруженные отряды-разъезды, осуществлявшие власть в регионе. Они контролировали коммуникации, собирали подати, вершили суд и расправу, помогали русским дворянам, получившим земли в Полоцком повете. Вместе с тем крепости не играли значимой военной роли. Их боевых качеств хватало только для устрашения местных крестьян и отражения мелких литовских отрядов, которые периодически делали набеги на Полоцкий повет.

Фактически эта тактика — постановка опорных крепостей и контроль над коммуникациями — предвосхищала действия Российской империи XVIII–XIX веков, например на Северном Кавказе.

В Великом княжестве Литовском понимали, что если Россия закрепится в повете, выгнать ее оттуда будет чрезвычайно трудно. В регионе началась «война крепостей». Стороны соперничали, кто раньше поставит крепость в стратегически важном месте, кто успеет сжечь только что построенное укрепление неприятеля, кто захватит замок, возведенный противником. Верх одерживала Россия. Литовцев подводили две вещи: отсутствие ресурсов и организационная неразбериха. Были планы поставить островные замки на Двине вблизи Полоцка, в Вороначе, Лепеле, Дриссе, Чашниках, Сорице. Литовский воевода Григорий Хоткевич назвал их «шпицей» «в око неприятеля». «Шпицы» не получилось. Паны активно спорили и переписывались и никак не могли решить, с какого замка начать. Было неизвестно, откуда взять вооружение для новых замков. Его планировалось получить от соседних городов Великого княжества Литовского. Из Могилева прислали одно орудие и 20 гаковниц, из Лепеля — два орудия, другие города делиться отказались. С таким арсеналом о строительстве серьезных крепостей нечего было и помышлять. Примерно также заканчивались и другие кампании — вербовка наемников для гарнизонов, наем строителей, сбор продовольственных запасов и т. д.

За спиной русских войск было государство, которое активно помогало строительству новых крепостей. В результате к 1570‐м годам Россия полностью контролировала большую часть повета.

После взятия Полоцка Россией война распалась на множество локальных конфликтов, в которых медленно, но уверенно побеждала Москва. Боевые действия шли в Ливонии, на Псковщине, в Полоцкой, Витебской, Смоленской землях. В Великий пост 1564 года литовцы из Влеха разоряли пригородные волости «по рубежу», а русские воеводы из Невеля и Полоцка совершили удачные нападения на литовцев. В наказе Писемскому сообщается о нападениях русских войск под началом служилых татар — Семиона Касаевича, Ибака и Кайбулы на Дубровну, Оршу, Борисов, Могилев, Мстиславль. В марте литовцы нападают на русские войска в Ливонии под Дерптом-Юрьевым, Нейгаузеном и Алыстом. 20 июля двухтысячный литовский отряд А. И. Полубенского действовал под Юрьевом, после чего вместе с ливонскими войсками ушел к Пернову и воевал со шведами.

В августе отряд псковских детей боярских под псковским пригородом Красногородком разбил литовцев. Из Юрьева Ливонского Д. Кропоткин со своими людьми делал набеги на «невоеванные» соседние земли. В ответ войска Великого княжества Литовского разорили округу Алыста и Юрьева. Тогда громить ливонскую землю были посланы казанские и астраханские татары под командованием В. Бутурлина.

Литовский отряд Станислава Леснивольского совершил успешный набег под Смоленск. В сентябре «…приходили литовские люди к Чернигову, Павел Сапега да литовские ротмистры, а с ними многие люди». Сапега был разбит и даже потерял свое знамя. За победу государь одарил воевод воинской наградой — угорскими золотыми.

В сентябре войска Великого княжества Литовского три недели вяло осаждали Полоцк. Русские просто отсиделись за крепостными стенами. Осаждавшие, не имея тяжелой артиллерии, не смогли нанести им никакого урона. В октябре русские взяли крепость Озерище, «городок взяли огнем». Литовцы пытались атаковать Алыст, но их два дня преследовали по округе русские казаки. Литовские отряды стали разорять русские поместья в Ливонии за рекой Таговесь, но были отбиты. Двигавшиеся от Великих Лук отряды И. А. Шуйского и И. В. Шереметева Меньшого под Велье столкнулись с литовцами, после небольших схваток отступили к Вороначу. Преследовавший их литовский отряд за пять верст до Воронача повернул и устроил погром окрестностей Красногородка, Велья, Острова. Через полторы недели литовцы ушли к Влеху с большим полоном «…и помещиковы и крестьянские дворы жгли, а церквей не жгли».

1 марта 1565 года литовцы осадили Красногородок, «и Бог града не предал», а позже атаковали Озерище. В сентябре они напали на Ржевский и Полоцкий уезды, Усвятскую и Озерищенскую волости. Они «…крестьян бьют, имущество их грабят, и сводят насильно в плен, и рыбу ловят, и бобровые ловли разоряют, и мед с пасек себе забирают и всякие убытки делают».

В 1566 году шли многочисленные бои вокруг пограничных крепостей (Усвята, Невеля), а также в Полоцком повете (вокруг Полоцка, Воронача, Улы). В Ливонии были атакованы занятые русскими Адзель, Ракобор и Феллин. В феврале произошло нападение русского отряда с Озерищ на Усвятские озера под Витебском. В марте литовские войска в Ливонии воевали Говейский повет.

В январе 1567 года состоялся шведский поход на ливонские города, «что принадлежат Литве». В феврале был нанесен ответный удар литовских и ливонских войск по шведам. Во время большого сражения под Ревелем они были разбиты. В том же году под Сушей литовцы победили отряд князя П. С. Серебряного.

В 1568 году Ф. Кмита сделал налет на окрестности Смоленска. Роман Сангушко сжег «московский замок» на Уле, казаки Бирули громили окрестности Велижа, Усвята. Русские ответили нападением на Витебск, но оно было отбито. 2 декабря 1568 года состоялось нападение отряда Г. И. и И. И. Ивашининых из города Юрьева на замок Гермес, 8 декабря — на замок Кашгельм. 11 декабря из Говьи отряд Н. Оничкова разорил повет города Триката, 12 декабря из Говьи отряд казака Лося воевал в волости замка Смелтин, а 15 декабря — захвачен Увитин погост в Трекатском повете. 20 декабря из Говьи отряд И. Киреева воевал под Тырмо. 26 декабря из Говьи Н. Оничков с казаками воевал Смелтинский повет.

В январе 1569 года произошло нападение русского отряда на мызу жителя Смелтина Яна Блюма. 11 января внезапным ударом А. Полубенский взял Изборск, впрочем, скоро отбитый опричными войсками.

4 июля 1570 года поступило известие, что литовцы хотят основать город на озере Гомне между Полоцком и Плюсной. В ответ П. Чихачев и И. Лыков сами первые основали город на этом месте в двадцати верстах от Полоцка. 12 июля Иван IV велел «то место ради перемирия разрушить». 17 сентября, несмотря на перемирие, из Новгорода на Ревель выступили полки под командованием В. И. Умного-Колычева и И. П. Херона. Осенью русские в Ливонии заново отстроили крепость Тарваст. На этом боевые действия были прекращены.