Ответ на вопрос, почему Иван Грозный начал наступление именно на Полоцк, на самом деле не очевиден. Большинство ученых писали о богатстве этого города, о его месте на западнодвинском торговом пути, о сакральных мотивах — утверждении царского титула и возвращении церковных реликвий. Однако верно заметил историк Андрей Янушкевич, что «…выбор Полоцка противоречил правилам военно-стратегической целесообразности. Увидеть в нем рациональные мотивы достаточно тяжело». Поскольку обладание Полоцком России особого геополитического или военного преимущества не давало, то он склоняется к версии о преобладании религиозных мотивов.

В посланиях, сопровождавших кампанию, Иван Грозный в самом деле упирает на религиозные мотивы. Он предстает защитником православия от протестантской «ереси», которая хочет проникнуть в Полоцк и отравить религиозную чистоту его православного населения. Царь считал, что выполняет богоугодную миссию. В августе 1561 года русская митрополия получила грамоту от константинопольского патриарха Иоасафа, обличавшую «люторскую ересь» «…в ваших странах в Малой Руси». Ссылка на данную грамоту в летописи служила официальным обоснованием похода на Полоцк. Иван IV как бы исполнял волю владыки православного мира, константинопольского патриарха.

Однако помимо религиозной мотивации, в действиях России проглядывал и сугубый прагматизм. Если мы посмотрим на изменения границы Великого княжества Литовского и России в ХVI веке, то обнаружим, что район Полоцка — Витебска — Себежа остался единственным неурегулированным участком: на юге Россия отвоевала Северские и Верховские земли, в верхнем бассейне Днепра — Смоленские, а на полоцко-псковском пограничье с начала ХVI века продолжались постоянные конфликты. Основание здесь российского Ивангорода-на-Себеже в 1535 году продемонстрировало серьезность намерений Московского государства. После потери Себежа часть литовских землевладельцев переселились под Полоцк и получили там земли взамен утраченных, а Полоцк стал центром противостояния Ивангороду-на-Себеже. С 1542 года начались взаимные нападения себежских и полоцких дворян и казаков, сопровождавшиеся разорением хозяйства, угоном скота и «свозом» крестьян. Перевеса никто не добился. Потребовалось вмешательство государства, чтобы переломить ситуацию. Нападение на Полоцк армии Ивана Грозного и стало таким вмешательством.

30 ноября 1562 года в московских храмах звучали прощальные молебны — государево войско выступало в поход. Войска собирались в Можайске, Старице, Звенигороде, Пскове, Вязьме и других городах и потом сходились к Великим Лукам. Здесь прошли смотры войска, были назначены воеводы, отданы последние распоряжения. Войскам строго-настрого запрещалось в походе грабить местное население. Всю еду и фураж для лошадей было приказано везти с собой из России. Подобное решение диктовалось не благородством или гуманизмом, а простым расчетом, что если войска будут грабить и кормиться за счет местного населения — то известие о русском вторжении распространится очень быстро. А так был шанс какое-то время сохранять цели наступления в тайне.

Решение царя серьезно усложняло организацию похода. Помимо 30 тысяч воинов, войско включало пушкарей, обоз, «чернорабочих войны» — посоху (их было около 9 тысяч) и т. д. Дневное пропитание для 40 тысяч человек весит не менее 40 тонн, а значит, в 40-дневный поход надо было тащить не менее 1600 тонн. Армия была в основном конной. Русский конный воин в ХVI веке кроме основной лошади имел еще одну-две (сменный конь, вьючная лошадь). Кроме того, нужно было везти доспехи, оружие, боеприпасы, порох и т. д. То есть имеем не менее 60 тысяч лошадей. Каждая лошадь в день ест 5 кг овса и 10–12 кг сена. Получаем еще 12 000 тонн овса и 24 000 тонны сена.

Этот груз везли частично на лошадях, частично на подводах. Учитывая, что грузоподъемность одной подводы около 200–250 кг, получаем обоз чуть ли не в несколько тысяч подвод. Как он мог пройти в зимнюю пору по псковским и полоцким лесам и бездорожью?

Полки с обозом должны были выходить из Великих Лук с интервалом в один-два дня. Считалось, что за это время подводы успеют пройти начало пути и освободят дорогу. На практике получилось, что 14 января на выходе из Великих Лук образовалась гигантская пробка, в которой перепутались обозы большого полка, передового полка, государева полка и полка правой руки. Пробка рассасывалась четыре дня, до 18 января. Трудности продолжались и дальше. Иван Грозный лично со свитой метался среди обозников и воинов, ругался, колотил их, требовал быстрее двигаться. О накале страстей говорит то, что под Невелем ударом булавы царь убил князя Ивана Шаховского, который, видимо, подвернулся под горячую руку при очередном заторе.

30 января 1563 года основные силы русской армии, преодолев за 21 день более 150 км от Великих Лук до Полоцка (в среднем получается около 7 км в день), подошли к стенам крепости. 2 февраля стрельцы приказов Василия Пивова и Ивана Мячкова первыми начали стрелять по городу. 3–4 февраля вокруг крепостных стен ставились легкие осадные укрепления — туры (плетеные цилиндрические емкости, вроде гигантских корзин, которые наполнялись землей). С русской стороны это сопровождалось игрой большого военного оркестра. Полочане стреляли со стен в осаждавших, но малоуспешно. 6–8 февраля в боевых действиях была взята пауза, во время которой прошли вялые переговоры о сдаче города, а русские устанавливали тяжелые осадные орудия. После безуспешных споров началась бомбардировка. Как писали современники, стоял такой орудийный гром, что «казалось, небо и вся земля обрушились» на Полоцк.

9 февраля огнем пожара был уничтожен посад. Неизвестно, загорелся ли он от русских ядер или был подожжен по приказу воеводы Ст. Довойны. Население попыталось укрыться в замке, но в нем не могли все поместиться, и более 11 тысяч человек (в основном беженцев из окрестных сел) по приказу воеводы были выгнаны в сторону осаждавших. Судьба несчастных была незавидной: пленных царь велел раздать воинам в качестве трофеев.

11 февраля осадная артиллерия, передислоцированная ближе к крепости, открыла огонь. Некоторые ядра, пробивая переднюю стену замка, пролетали его насквозь и ударялись в противоположную стену. Артиллерийским огнем было разрушено 40 укрепленных участков стены («городен») из 204. Стало ясно, что сопротивление бесполезно. 12 февраля отряд в 800 человек во главе с Довойной попытался пойти на прорыв, но был отброшен.

В ночь с 14 на 15 февраля стрельцы в нескольких местах подожгли стену замка и началась массовая бомбардировка из «пушек верхних» — мортир. Тогда полочане прислали гонцов с известием, что они сдаются. Утром 15 февраля из замковых ворот первой вышла процессия православных священников во главе с епископом Арсением. Они молили царя не трогать горожан. Царь дал слово, но сдержал его частично. Героически сражавшийся польский гарнизон был отпущен с развернутыми знаменами и оружием в руках. Польские командиры-ротмистры Мархель Хелмский, Альбрехт Верхлинский и Ян Варшевский получили от Ивана IV богатые дары — соболиные шубы, подшитые драгоценными тканями. А вот остальным жителям Полоцка впоследствии пришлось испытать прелести депортации. Кроме того, есть сведения, что после штурма были разысканы и убиты монахи-бернардинцы и евреи. Другими источниками эти убийства не подтверждаются. Мы здесь навсегда останемся в области предположений: в только что захваченном городе могло случиться всякое, равно как и могли появиться самые страшные слухи, не имевшие реального основания.