Как не бесспорно мнение Вазари, разделяемое многими исследователями, неопровержимым фактом является то, что юный Рафаэль повстречался с Перуджино, уже будучи вполне сложившимся художником с собственным видением мира и неукротимым желанием постоянно совершенствовать мастерство, не гнушаясь брать и переосмысливать всё лучшее, достигнутое к тому времени другими. Уж если говорить об «ученичестве», то уместно прежде всего вспомнить об отце Рафаэля, сыгравшем первостепенную роль в становлении сына как художника.

Настал день, когда Джованни Санти понял, что не может дать больше того, что было вложено им в подрастающего Рафаэля. Отец видел, как сын схватывает всё новое на лету и уже не довольствуется достигнутым. Набиравшему силу и страстно влюблённому в искусство подростку требовалось нечто большее. Нужен был более сильный и знающий наставник. В своей стихотворной хронике он на первое место среди известных мастеров поставил рядом Леонардо и Перуджино: pard’etade е par d’amori — равных по положению и обожанию людей. Но к Леонардо он не смог тогда обратиться, так как тот работал в Милане при дворе Лодовико Моро. Поэтому Санти решил пристроить Рафаэля к другу Перуджино, с которым, видимо, последний раз встретился и поговорил о сыне во время своей злополучной поездки в Мантую летом 1494 года. Выбор Санти был более чем закономерен. Слава друга была очень велика, и из его мастерской вышло немало даровитых художников. У самого Санти учеников как таковых не было, ибо всё его внимание было безраздельно посвящено сыну. Судьба Джованни Санти в какой-то мере напоминает судьбу Леопольда Моцарта, угадавшего в сыне гения.

Перуджино успел поработать в Риме, где его выделил папа Сикст IV, поручив ему руководство группой флорентийских и умбрийских художников, расписывавших фресками стены построенной им Сикстинской капеллы. Среди них были Боттичелли, Гирландайо, Пинтуриккьо, Росселли, Синьорелли и другие мастера. Бесспорным шедевром Перуджино является фреска «Вручение ключей». На ней изображена широкая городская площадь, заполненная множеством людей, с возвышающимся храмом Соломона, а по бокам триумфальные римские арки Тита и Константина. На переднем плане Христос вручает ключи коленопреклонённому Петру. Картина залита ярким светом, обволакивающим фигуры главных персонажей, и среди них узнаваем сам Перуджино. Глядя на его волевое лицо, становится понятно, почему Сикст IV остановил свой выбор именно на нём, а не на задумчивом поэтичном Боттичелли или на грубоватом увальне Гирландайо. Склонность Перуджино к диктату и навязыванию своей воли с годами стала проявляться сильнее, а работа в Сикстинской капелле принесла ему громкую славу.

В 1485 году за заслуги в искусстве он был избран почётным гражданином Перуджи. Через его мастерскую прошло немало учеников, чьи имена известны, так как на их количество устанавливались квоты, выдаваемые влиятельным Цехом живописцев. Во избежание неприятностей хозяева мастерских строго придерживались правил. Архивы сохранили почти все имена учеников мастерской Перуджино: Эузебио из Сан-Джорджо, Бартоломео ди Джованни, Джакомо из Перуджи, Джованни Чамбелла и самый верный ученик и последователь Джованни ди Пьетро по прозвищу Спанья. Не исключено, что Санти, обладавший определённым весом в руководстве Цеха, сумел заполучить такую квоту для малолетнего сына. Однако ни в одном архивном документе не говорится ни слова о пребывании мальчика Рафаэля в мастерской Перуджино. Да и как он мог там оказаться? Ведь после смерти отца одиннадцатилетний Рафаэль из-за судебной тяжбы, затеянной мачехой, был вынужден присутствовать на каждом судебном заседании вплоть до 13 мая 1500 года, пока не покинул Урбино в поисках работы.

Приведём один из последних примеров ошибок, которые допускаются некоторыми авторами, пишущими о Рафаэле. На состоявшейся в Урбино в апреле-июле 2009 года выставке, посвящённой раннему периоду творчества художника, была показана небольшая работа на доске. Это так называемая predella, на которой изображена сцена «Рождение Девы Марии», и вместе с другими четырьмя житийными клеймами она является составной частью большого полиптиха кисти Перуджино для церкви Санта-Мария Нуова в городе Фано.

Заказ на его написание именитый мастер получил в 1488 году, а завершил работу лишь в 1497-м. У Перуджино был непростой характер, но Вазари, который не мог его знать лично, настаивает на обратном. Известно, что у мастера нередко возникали трудности с помощниками и трения с заказчиками, чем, возможно, и объясняется почти десятилетняя задержка с завершением работы над упомянутым алтарным образом. Говорят, из-за отказа заказчика увеличить гонорар разгневанный мастер бросил начатую работу и уехал. В 1490 году в Фано побывал Джованни Санти, приступивший к написанию в левом приделе той же церкви Санта-Мария Нуова алтарной картины «Сретение», в которой сильно влияние его прославленного друга. Однако нет никаких сведений, что он побывал там с семилетним Рафаэлем, хотя известно, что ему не раз приходилось брать подросшего сына с собой, чтобы не оставлять его дома одного с мачехой.

Следует также иметь в виду, что в указанный временной отрезок, помимо Фано, Перуджино побывал в Сиене, Флоренции, Лукке и Кремоне, где его ждали новые заказы. Он редко отказывал заказчикам, сколь бы ни был перегружен делами, проявляя завидную всеядность и работоспособность. С годами его мастерская стала напоминать фабрику по изготовлению картин, по поводу которых исследователи до сих пор ломают голову над их атрибуцией. Будучи в летах, Перуджино 1 сентября 1493 года между делом выгодно женился на юной Кларе, дочери архитектора Луки Фанчелли, работавшего на мантуанское семейство Гонзага. О женитьбе имеется упоминание на одной из его картин в церкви Сан-Доменико во Фьезоле под Флоренцией, где прошло венчание и была отпразднована свадьба. Вскоре он отправил в Фано одного из помощников, дабы успокоить заказчика, выдавшего ранее аванс, и завершить работу. Но вряд ли им мог быть четырнадцатилетний Рафаэль — в таком возрасте подмастерьями не становятся.

На упомянутой доске алтарного образа, показанного на выставке в 2009 году в Урбино, одна из женских фигур с новорождённой на коленях изображена в профиль, как и на фреске «Мадонна с Младенцем», написанной отроком Рафаэлем в родительском доме. Именно это удивительное стилистическое сходство сподвигло некоторых исследователей и организаторов выставки представить «Рождение Девы Марии» как работу Рафаэля. Но остаётся загадкой, как мальчик-сирота мог оказаться в Фано? Ведь ни в одном архивном документе нет упоминания о посещении им этого городка на Адриатике, до которого от Урбино более 50 километров по дорогам, где рыскали отряды бандитов Цезаря Борджиа. Поэтому речь может идти только о предположении, хотя многое указывает на то, что каким-то совершенно неведомым образом пути юного Рафаэля пересеклись тогда с Перуджино, но никак уж не в детском возрасте, и вопрос так и остаётся без ответа.

Когда в апреле 1501 года Рафаэль впервые робко переступил порог мастерской Перуджино, которая временно располагалась тогда почти в самом центре Перуджи на улице Делициоза, мастера он не застал. Его неприветливо встретил прыщеватый Бартоломео ди Джованни, узревший в посетителе с папкой под мышкой возможного соперника. В отсутствие хозяина, который часто наведывался к жене и сыну во Флоренцию, всеми делами ведал этот завистливый подмастерье. Разговора с ним не получилось, и Рафаэль собрался было уходить, как вдруг на пороге появился сам хозяин мастерской. Услышав его имя, Перуджино воскликнул: