Хотя медицинская генетика делала самые первые шаги, но то, что многие болезни обусловлены дефектами генов, было уже выявлено. Карликовость или хондродистрофия, гемофилия, аутизм, дальтонизм были обусловлены мутациями генов, и эти заболевания требовали совершенно особых методов для выявления, а лечить их приемом витаминов, гимнастическими упражнениями или даже существовавшими лекарствами было бесполезно. Исследование причин наследуемых заболеваний, выявление их рецессивной или доминантной основы, обнаружение больных генов в хромосомах было большим шагом вперед и питало оптимизм исследователей. Медицинская генетика была фактически уже заложена. Поэтому, когда Кольцов увидел сколь большой интерес проявляют медики к проблемам, поднятым Четвериковым, он в 1927 году предложил основать в России Общество расовой патологии. Его поддержали выдающиеся российские клиницисты, и весной 1928 года Кольцов создал Общество по изучению расовой патологии и географического распределения болезней. Это было воспринято как важное событие. Кольцов стал во главе общества, а крупнейшие медики вошли в состав правления: А. А. Богомолец, Д. Д. Плетнев, С. Н. Давиденков, А. Н. Сысин (вице-председатель), В. В. Бунак (казначей). Александр А. Богомолец (1881–1946) был патофизиологом, директором института, вкоре его изберут академиком Украинской Академии наук и её президентом, потом академиком АН СССР и её вице-президентом. Дмитрий Д. Плетнев (1871–1941) был также директором института и одним из выдающихся клиницистов, известным широко и за рубежом. Алексей Н. Сысин (1879–1956) был гигенистом, профессором Московского университета, избранным вскоре действительным членом АМН СССР.

Таким образом лучшие люди российской науки и медицины намеревались работать с энтузиазмом в обществе. Они не случайно увидели для себя редкую возможность войти в новую сферу знаний, и для них медицинская генетика представлялась захватывающе интересной. Это не была инициатива "отщепенца" и "врага советской науки", как скоро будут представлять Кольцова поддержанные Сталиным лысенки, коштоянцы и презенты.

Но одна личность, навязанная Кольцову в состав руководящего ядра общества, была зловещей. На должность ученого секретаря общества был продвинут некто Григорий А. Баткис. Он называл себя специалистом по санитарному делу и медицинской статистике, хотя научными трудами известен не был. Позднее стало ясно, что он был секретно внедрен к Кольцову, чтобы следить, не исповедуют ли лидеры общества "непролетарские" или "буржуазные" взгляды (или даже более: его наделили полномочиями "фиксировать умонастроения ученых" и доносить о них "органам"). Скоро он начнет использовать демагогические приемы для разваливания Общества изнутри и для плетения политических интриг вокруг Кольцова.

По крайней мере четыре больших собрания Общества были проведены в 1928 и 1929 годах, а затем Кольцов постарался сделать так, чтобы общество тихо исчезло с публичной арены. Что не менее интересно, в 1929–1930 годах без всяких видимых сигналов сверху Кольцов предпринял другой редкий в его жизни шаг. Он прекратил работу не только этого общества, но и других его детищ — Русского евгенического общества и "Русского евгенического журнала". Последний был объединен с "Журналом экспериментальной биологии", где Кольцов также был главным редактором. Ту же процедуру закрытия повторил в Ленинграде Ю. А. Филипченко в отношении "Новостей Бюро по евгенике". Начиная с девятого номера, журнал стал называться "Трудами лаборатории генетики".

Многие события в стране могли послужить тревожными сигналами для столь мудрого человека, каким был Н. К. Кольцов. Сталин в это время убрал из правительства двух наркомов, неизменно поддерживавших Кольцова: А. В. Луначарского в сентябре 1929 года и Н. А. Семашко в январе 1930. В 1929 году был арестован ведущий сотрудник кольцовского института и дальний родственник Кольцова, столь блестяще развивший Отдел генетики в Институте — С. С. Четвериков. Его обвинили в мифических политических деяниях против советской власти (С. М. Гершензон и ряд других генетиков старшего поколения высказывали мне их подозрения, что сразу несколько человек, включая Н. П. Дубинина и А. С. Серебровского и его жены, направили в Органы доносы на Четверикова). Кольцов пытался всеми силами помочь опровергнуть обвинения, но в ГПУ не слушали никого — ни Максима Горького, вставшего на защиту Четверикова, ни Семашко. Четверикова сослали в Свердловск. Развитие популяционной генетики в СССР остановилось, а вскоре британские и американские исследователи повторили слово в слово то, что писал Четвериков, но без упоминания его первоначального вклада в проблему. Имя Четверикова всплыло в западной научной прессе в 1960-е годы, но было уже поздно. Русский приоритет был безнадежно утерян.

Выше уже было рассказано, что, начиная с 1929-го года, пошли волны массовых арестов ученых, обвиненных властями в подпольной подрывной работе против СССР, против сталинских инициатив. Кольцов, уже отсидевший в начале 1920 годов в тюрьме и приговоренный тогда к смертной казни, знал многих осужденных и понимал, чем ему грозят перемены в стране. Поэтому он предпочел сам остановить работы по медицинской генетике. Он информировал Филипченко 17 декабря 1929 года, что в Главнауке готовятся внедрить представителей властей в редакционные советы научных журналов, что, как считал Кольцов, "создаст серьезные затруднения" в их работе (25). Как уже было сказано, Кольцов и Филипченко прекратили издание редактируемых ими журналов. Возможную роль в таких решениях могло сыграть требование чекистов представить в НКВД для перерегистрации полный список всех членов Общества (такие требования были обнаружены в архивах, см. (26), на что ни Кольцов, ни Филипченко не могли согласиться ни при каких условиях.

Александр Сергеевич Серебровский (который был ранее студентом Кольцова в Московском университете) не был врагом советского режима. Напротив, он постоянно приветствовал, с пафосом в голосе, инициативы советской власти, громко провозглашал свою преданность советскому строю, большевистской партии и товарищу Сталину (он даже подавал заявление с просьбой принять его в ряды большевиков, но дальше ранга кандидата в члены партии пропущен не был). Многократно он заявлял, что строит свою работу в генетике "под знаменем марксизма-ленинизма", писал: "Современная моргано-менделевская теория наследственности имеет все основания считаться выдающимся научным завоеванием и… упирается вплотную в повседневную деятельность [советского] государства в его частях и в целом и потому заслуживает самого внимательного и хладнокровного изучения и обсуждения с разных точек зрения". Он отвергал обвинения некоторых большевиков в том, что генетика противоречит марксистским принципам. "Указывается, что эта теория не диалектична… не материалистична, и указывается на её контреволюционность", — писал он и и с пафосом отвергал нападки.

Он не мог не обратить внимания на то, что многие большевики с предубеждением относятся к термину "евгеника" и пошел на явное лукавство. Чтобы отвести от своих занятий негативное восприятие этого термина партийными начальниками, он решил реже использовать слово "евгеника" для своих чисто евгенических занятий, а ввести новое словечко, практически синоним, но не несущее ненужного привкуса — "антропогенетика".