Чернышев с плохо скрываемым восторгом принял новые обязанности. И хотя численность восставших крестьян к середине мая 1820 года значительно увеличилась — бунтовало уже 22 поселения на реках Сал, Миус и в Ростовском уезде соседней Екатеринославской губернии, — императорский генерал-адъютант рассчитывал на быстрое и легкое подавление крестьянских выступлений силой оружия.

Как опытный боевой офицер, Чернышев решил разгромить восставших по частям. Первый удар был направлен на крестьянские слободы, расположенные на берегах реки Сал, — Городищенскую и Орловку. Местные крестьяне уже несколько раз давали отпор небольшим казачьим командам, а чиновников донской администрации с позором выпроваживали из своих деревень. Чернышев не стал искушать судьбу и собрал большой отряд из трех донских казачьих полков при четырех пушках конной артиллерии.

Крестьяне не смогли организовать сопротивление столь крупному отряду. 21 мая правительственные войска взяли Орловку, а уже на следующий день без боя овладели Городищенской. Как сообщал Чернышев в рапорте Александру I: «Внезапное и удачно расположенное появление отряда устрашило безумцев сих и упредило всякое дурное последствие». Но, несмотря на грозную военную силу и присутствие царского эмиссара, крестьяне отказались признать власть своих помещиков и вернуться к работе. Чернышев с чиновниками и священниками уговаривали крестьян добровольно подчиниться на протяжении пяти дней, но все безрезультатно. Уйти ни с чем Александр Иванович не мог, это было равнозначно провалу. И тогда, как писал Чернышев, «правосудие представилось неизбежным», так он обозначил начало репрессий. Временная комиссия из пяти человек под председательством императорского генерал-адъютанта быстро припечатывала обвинительные приговоры. Всего виновными были признаны 50 человек, которых били кнутами и розгами, а 28 крестьян-бунтарей отправили в Сибирь на каторгу и вечное поселение.

Этой показной жестокостью Чернышев надеялся устрашить крестьян, и его расчет оказался верен: «Страх наказания, совершенного над виновными в глазах всех собранных жителей, глубоко тронул заблудившихся и смягчил ожесточение их», — докладывал он императору. Акция удалась, сальские слободы после чернышевской расправы действительно присмирели. Запуганные крестьяне согласились на мировую с помещиками и вернулись к работе.

Но пока Чернышев наводил имперский закон и порядок на Сале, против помещиков восстала большая часть крестьянских поселений Миусского сыскного начальства, население которого более чем наполовину было крестьянским. Здесь центром восстания стала большая слобода Мартыновка (ныне село Куйбышево Ростовской области). Как писал Чернышев царю, «главное и дерзновеннейшее скопище ослушников, мечтающих о вольности, находится в слободе Мартыновке, куда стекаются жители прочих слобод в большом числе, быв возбуждаемы к своевольству чрез разосланных от нее поверенных…».

Чернышев и донская администрация попытались утихомирить крестьян без применения военной силы. От имени императорского генерал-адъютанта распространялось воззвание к миусским крестьянам. Документ был написан в повелительном тоне и, по сути, требовал от восставших безоговорочной капитуляции: «…Предостерегаю вас от пагубного обольщения, в котором теперь вы находитесь, — обращался к крестьянам Чернышев. — Оставьте буйное своевольство и возвратитесь к своим обязанностям». Но крестьяне совершенно проигнорировали красноречие Александра Ивановича, посчитав воззвание подложным — очередной уловкой донской казачьей аристократии. В селениях устанавливалось крестьянское самоуправление — громады (от малороссийского «община, мир, общество») и их канцелярии. Помещики и приказчики изгонялись, а все имущество передавалось в общественное пользование. Крестьяне Миусского начальства наладили связь между слободами и посылали верховых для координации действий. Слободы ощетинились караулами, которые состояли из наиболее крепких крестьян с дубинами, топорами и вилами. Грамотные читали пересказ императорского рескрипта атаману Денисову — главное доказательство столь вожделенной воли. У восстания появились и вожди. В Мартыновке главными организаторами и вдохновителями войны за волю были крестьяне Дмитрий Грушевский, Родион Малюженко, Влас Резниченко и служивший писарем Тимофей Гречка.

Чернышев предполагал, что Мартыновка окажет более упорное сопротивление, чем Городищенская и Орловка. Он собирался нанести массированный удар силами трех казачьих полков. Но атаман Денисов сначала отправил один из казачьих полков, находившийся под началом Чернышева, на Кавказ, а затем разделил силы вновь собранного отряда на три части. На исходе мая к Мартыновке пошел только один Атаманский полк под командой Хрисанфа Кирсанова — пасынка знаменитого донского атамана Матвея Платова.

31 мая 1820 года казаки стояли у Мартыновки. Кирсанов отправил вперед одну сотню. Она вошла в селение, но ее тут же блокировали крестьяне, которых собралось несколько тысяч. Кирсанов попробовал нанести одновременные удары в разных местах обороны восставших и отправил в атаку другие сотни Атаманского полка. Им повезло еще меньше: казаки не смогли проникнуть в Мартыновку, окруженную частоколом и решительно обороняемую множеством защитников. Пытаясь спасти положение, Кирсанов сам выехал вперед и начал уговаривать крестьян покориться. Все было зря: восставшие, угрожая командиру казаков расправой, заставили того поспешно ретироваться. Примеру Кирсанова последовали и его подчиненные, причем крестьяне даже предприняли попытку преследовать отступающих. Узнав о провале Кирсанова, Чернышев вызвал на подмогу Симбирский пехотный полк.

Весть об успехе мартыновских крестьян быстро облетела Дон. В Мартыновку потянулись добровольцы из других слобод, а уже в июне масштабная крестьянская война началась в уездах Екатеринославской губернии: Ростовском, Славяносербском и Бахмутском. Мятеж донских крестьян, казалось, мог превратиться в самое крупное социальное восстание в истории России.

Первые дни июня 1820 года, Ростовский уезд Екатеринославской губернии. Местный земский исправник Палама, призванный по чину следить за соблюдением закона и порядка, получил письма-тревоги от помещиков Варвация и Ковалинского. Они владели селами Лакедемоновка и Ряженое соответственно. Помещики просили помощи против взбунтовавшихся крестьян. Палама думал было ехать в Лакедемоновку, но Ковалинский уже находился в тисках паники, а потому земский исправник поспешил в Ряженое. Здесь он увидел многочисленную толпу крестьян, которые отказались работать и взяли власть в свои руки. В ходе кратких и крайне неудачных переговоров восставшие заявили Паламе, что царь Александр I даровал крестьянам свободу. Исправник попробовал переубедить свободолюбцев, но те в ответ выкинули Паламу из слободы. 6 июня чиновник жаловался в рапорте Чернышеву: «…Совершенно не повинуясь, за всеми моими им внушениями владельцам, [крестьяне] оказывают и мне сверх неповиновения грубость и совершенное неуважение и пренебрежение к должности моей». Крестьяне Ростовского уезда заявили помещику и земскому исправнику, что знают об успехе мартыновцев, который свидетельствует о справедливости начатого дела.

Палама просил у таганрогского градоначальника воинской команды для усмирения непокорных, но тот уже отправил отряд в бунтующую Лакедемоновку, а остальные силы разместил в Таганроге и расставаться с резервом побоялся. Отказался немедленно выслать подкрепление Паламе и Чернышев.