Фактически начавшее действовать с июня того же года Разведочное отделение — с 4 июня его возглавил и руководил им до 9 августа 1910 года ротмистр, а впоследствии полковник В. Н. Лавров — насчитывало 13 штатных чинов и 9 внештатных сотрудников.

Уже накануне Русско-японской войны 1904–1905 годов Разведочное отделение вскрыло ряд фактов шпионажа в пользу иностранных государств, в том числе и Японии.

В связи с началом военных действий против Японии к контрразведывательной работе была привлечена и Заграничная агентура Департамента полиции. В частности, ее заведующий Гартинг в 1905 году обеспечивал безопасность прохода вдоль европейских берегов 2-й Тихоокеанской эскадры российского флота под командованием адмирала Рожественского, позже погибшей в Цусимском сражении.

В годы Первой мировой войны Заграничная агентура Департамента полиции также привлекалась к решению некоторых задач по указаниям руководителя миссии русской контрразведки в Париже Н. А. Игнатьева.

В июне — августе 1906 года контрразведывательные отделения стали создаваться при штабах военных округов. Однако, ввиду обнаружившейся явной недостаточности созданной системы контрразведывательных органов и низкой ее эффективности, в декабре 1908 года принимается решение об образовании Межведомственной комиссии по совершенствованию работы против иностранного шпионажа.

В протоколе заседания ее от 28 марта 1909 года отмечалось, что комиссия, «ознакомившись с материалами, имеющимися по означенному вопросу, и с постановкой контрразведки (борьба с военным и морским шпионством) в России в настоящее время, пришла к заключению, что… не говоря уже про японцев, все наши европейские соседи, признавая за военной разведкой первенствующую важность, не останавливаются для достижения своих целей ни перед какими расходами, так как последние есть почти единственное средство для успеха…»

В этом же документе формулировались цели и задачи контрразведывательной службы, остающиеся актуальными (с некоторыми поправками на современные правовые нормы) и для сегодняшнего дня: «Контрразведка (борьба со шпионством) заключается в своевременном обнаружении лиц, занимающихся разведкой для иностранных государств, и в принятии мер для воспрепятствования разведывательной работе этих государств в России. Конечная цель контрразведки есть привлечение к судебной ответственности уличенных в военном шпионстве лиц на основании статей 108–119 Уголовного уложения 1903 года, или прекращение вредной деятельности названных лиц хотя бы административными мерами».

Комиссией рассматривались различные варианты организации центральной контрразведывательной службы: как в Министерстве внутренних дел (за это ратовал Столыпин), так и в Военном министерстве. В результате 8 июня 1911 года военный министр утвердил «Положение о контрразведывательных отделениях», а также штатные расписания этих отделений и инструкцию их начальникам.

Контрразведывательные отделения были образованы при штабах военных округов в Москве, Вильно, Варшаве, Киеве, Одессе, Тифлисе, Ташкенте, Иркутске и Хабаровске, а Разведочное отделение Главного штаба было преобразовано в Санкт-Петербургское городское контрразведывательное отделение.

Согласно закону от 7 апреля того же года «Об отпуске из государственной казны средств на секретные расходы Военного министерства» для обеспечения разведывательной и контрразведывательной деятельности было выделено дополнительно около полутора миллионов рублей: эта сумма в три раза превосходила предыдущие ассигнования на «секретные расходы».

В отличие от Разведочного отделения, которое действовало негласно, контрразведывательные отделения являлись уже официальными государственными органами. При этом, по предложению министра внутренних дел П. Г. Курлова, Департаменту полиции и подведомственным ему губернским жандармским управлениям и охранным отделениям предписывалось оказывать контрразведывательным отделениям содействие и всяческую помощь. Непосредственно в Департаменте полиции эта задача, а также ведение дел по обвинению в шпионаже и государственной измене были возложены на 4-е отделение Особого отдела.

Необходимость создания контрразведывательной службы и правового обеспечения ее деятельности была связана с происходящими в мире изменениями, в том числе и в плане геополитического соперничества государств.

В годы, предшествовавшие Первой мировой войне, вопросы организации разведывательной работы также активно изучались и за рубежом. Так, Военным министерством Российской империи были изданы переведенные с французского языка труды: Роллэ Н. «Военно-разведывательная служба в мирное и военное время» (1909); Лянуар П. «Немецкое шпионство во Франции» (1910); Рюдевель Р. «Разведка и шпионаж. Практические указания строевым офицерам» (1912).

В 1911 году вышла книга видного отечественного военачальника, генерал-майора Генерального штаба В. Н. Клембовского «Тайные разведки. (Военное шпионство)». Это был первый в России научный труд, посвященный вопросам разведки и контрразведки.

Клембовский, уделявший огромное внимание проблемам обеспечения безопасности, писал: «Пока идеи о всеобщем разоружении и всесветном мире не вышли из области мечтаний, каждое государство должно быть готово к войне со своими соседями». А готовность эта выражалась, по его мнению, в том числе и во внимательном изучении средств борьбы сопредельных государств. Он указывал и на «необходимость постоянного осведомления о намерениях и силах, как материальных, так и нравственных, своих соседей», в то же время подчеркивая необходимость скрывать собственный оборонительный потенциал.

Одним из первых Клембовский обращает внимание на особые условия деятельности разведчиков: «Их роль скромна, мало заметна и очень неблагодарна: успехи какой-либо операции всегда и всецело припишут войскам и их начальникам… А что ожидает лазутчика в случае неудачи? — позорная казнь в какой-нибудь глухой деревушке вдали от своих. Чтобы подвергаться такому риску, чтобы среди опасностей сохранить полное хладнокровие и ясность взгляда, нужны высокие нравственные качества и большое самопожертвование». Но также «никакими соображениями нельзя оправдывать гнусных поступков предателей: измена государству составляет гнусное и подлое преступление!»

Книга Клембовского, безусловно, оказывала определенную «академическую» помощь офицерам армии и российских спецслужб. А ее подлинное значение выявилось уже в годы Первой мировой войны.

В совместной «Объяснительной записке к проекту изменений действующих законов о государственной измене путем шпионажа» от 3 марта 1912 года военный министр В. А. Сухомлинов и министр юстиции И. Г. Щегловитов отмечали:

«Ранее государство, интересующееся планами соседей, посылало к ним шпионов и ставило последним задачу проникнуть, главным образом, в политические их замыслы, в предположения относительно возможных с их стороны агрессивных действий самостоятельно или же в союзе с другими державами. В связи с этим и те сведения, которые пытались добыть шпионы, касались, главным образом, государственных тайн в обширном смысле, тайн, имеющих международный характер и находящихся в близкой связи с внешними интересами государства. Сведения же о военных силах собирались шпионами старого времени попутно, наряду с выполнением главных их задач. Отмеченными обстоятельствами обусловливался как случайный характер самого шпионства, так и выбор лиц для этой деятельности.