После траурной церемонии вдова Наталия Ивановна и три ее взрослых сына собрались, чтобы ревизовать дела фирмы. Оказалось, что касса была пуста, за предприятием числился большой долг, поскольку огромные деньги — 100 тысяч рублей — были вложены в покупку в Бельгии паровой машины и в полное переоборудование завода. Правнук Юрий Бахрушин охарактеризовал плачевную ситуацию так:

Ключевым стал момент, когда выяснилось, что модернизацию предприятия А. Ф. Бахрушин провел, заняв крупные суммы под векселя, и долги превышали стоимость имущества семьи.

Доброжелатели советовали Наталии Ивановне не принимать наследство, а продать производство вместе с неподъемным долгом.

Однако вдова и три ее сына — 29-летний Петр, 25-летний Александр и 16-летний Василий — решили, что отказаться от фамильного завода значило бы опорочить память покойного Алексея Федоровича. Потому было решено договариваться с кредиторами об отсрочке платежей и поставить целью погашение долгов. И тут Наталия Ивановна проявила железный характер, став не только формально, но и фактически руководителем семейной фирмы. Наталия Бахрушина наследовала после смерти мужа уже действовавшее предприятие. Ее разрыв с традиционной практикой, согласно которой женщина включена исключительно в домашнюю сферу, не был явственным, поскольку ряд важных функций в менеджменте взяли на себя взрослые сыновья (в документах указывалось, что на фабрике «мастер — сам хозяин», роль которого исполнял старший сын Петр).

Сохранилось сделанное правнуком Юрием описание ее изображения на старинном портрете:

Примечателен и такой пассаж в размышлениях мемуариста о прабабушке: «При жизни прадеда она, вероятно, играла роль отрезвляющего элемента, удерживающего от увлечения чересчур рискованными фантазиями». Ведь Алексей Федорович, помимо непрерывного занятия бизнесом, имел и другие интересы: был, по словам правнука, «романтиком и фантазером», посылал родственникам и торговым партнерам письма в стиле, не чуждом литературных витиеватостей, «сочинял афоризмы, писал стихи».

Наталия Ивановна происходила из города Зарайска Московской губернии, откуда был родом и ее муж. Она родилась в семье купца Потоловского, переселившегося из Зарайска в Москву в 1798 году, и хорошо представляла себе уклад семейства, все силы которого нацелены на бизнес. Правнук писал, что Наталия Ивановна имела репутацию волевой женщины, была грамотной, что давало возможность разбираться в финансовых документах. Ей удалось расплатиться с долгами и привести фирму в стабильное состояние. Свидетельством этого стало получение в 1851 году семьей Бахрушиных потомственного почетного гражданства.

В 1851 году продукция завода — «сафьяны разных цветов» (десять образцов) и «опойки для сапог» — была успешно представлена в экспозиции России на Всемирной выставке в Лондоне. Продукция «сафьянного завода» (так Наталия Бахрушина называет свое предприятие в документах) неизменно получала призы и на российских промышленных выставках.

Согласно статистике, за четырнадцать лет руководства Наталией предприятием позитивно изменились основные параметры производства — с 1849 по 1861 год количество рабочих возросло со 160 до 290 человек (в 1,8 раза), а стоимость произведенной продукции выросла в два раза — до 367 тысяч рублей в год. В 1857 году вдобавок к имевшимся шести каменным корпусам был построен седьмой двухэтажный каменный корпус.

В книге под названием «Статистические сведения о фабриках и заводах экспонентов, получивших награды на мануфактурной выставке 1861 года» дана характеристика технической оснащенности предприятия Бахрушиных:

Обозреватель выставки, профессор технологии Московского университета Модест Киттары отмечал, что лидерство предприятия Бахрушиных зиждилось на применении новейших технологий:

Бахрушина с сыновьями сумели гибко взаимодействовать с контролирующими органами, в частности с санитарной инспекцией. В 1850 году архитектор Быковский, проверявший завод по поручению Канцелярии московского генерал-губернатора, сделал замечание Бахрушиным, что они загрязняют окружающую местность, сливая жидкие отходы от промывки кож в Москву-реку. Факт был подтвержден в рапорте московского обер-полицмейстера генерал-губернатору А. А. Закревскому. В таких случаях фабрикантов штрафовали, а заводы закрывали.

Чтобы обезопасить предприятие от закрытия в связи с несоответствием санитарным требованиям, Наталия Бахрушина не колеблясь пошла на дополнительные инвестиции в оборудование. И это несмотря на то, что дело было всего через два года после смерти мужа, предприятие находилось в финансовом кризисе и вся прибыль шла на погашение долгов кредиторам. В течение месяца два плота, где промывались кожи на Москве-реке, были уничтожены, а вместо них куплены промывочные машины.

Осмысливая предпринимательскую биографию Наталии Бахрушиной, можно сказать, что важную роль в стабилизации положения фирмы сыграли, во-первых, моральный авторитет матери в семействе, во-вторых, ее стремление продолжать линию мужа на технологические усовершенствования, в-третьих, кредит доверия к ней со стороны покупателей и кредиторов. В избранной ею стратегии переплетались эмоциональная и рациональная мотивация.

Наталии Бахрушиной не только удалось сохранить десятилетиями формировавшийся образ успешной фирмы, но и удержать первую позицию в кожевенной отрасли.

После чего ею вместе с детьми было принято решение, внесенное в устав фирмы, об отказе от сделок в кредит и переходе на расчет наличными. Главенство мудрой и решительной матери в семейной иерархии удерживало детей от конфликтов. В 1868 году сыновья в память о родителях проявили себя в благотворительности и устроили на родине предков в Зарайске богадельню и школу «в память Алексея Федоровича и Наталии Ивановны Бахрушиных». Богадельня предназначалась для «не могущих себя пропитать собственным трудом» и находившихся «в крайней бедности» лиц не моложе пятидесяти лет купеческого и мещанского сословия Зарайска. Школа действовала для двадцати девочек-сирот, приходившихся родственницами тем, кто проживал в богадельне. Для обоих заведений был пожертвован дом «с полным обзаведением» и капитал в 30 тысяч рублей. После смерти Наталии Бахрушиной три ее сына с потомками последующие пятьдесят пять лет не делили семейный бизнес, осуществляя совместное руководство предприятием вплоть до революции 1917 года.