В 1810 году Франция аннексировала папские владения. Родившийся в 1811 году сын Наполеона был провозглашен королем Рима и наследником императорского престола. Папа Пий VII (1800–1823) был арестован и увезен во Францию, при этом многие члены духовенства, отказавшиеся присягнуть на верность короне, также были арестованы. В рамках доктрины отделения традиционного католицизма от государства закрывались и сносились мужские и женские монастыри, отменялись многие празднества и процессии. Для укрепления нового порядка использовались солдаты, однако эта мера оказалась излишней, поскольку любые попытки объединения пресекались жесткой политикой Наполеона на корню, а общество жило в постоянном страхе.

Наполеон, последний раз посетивший Италию в 1807 году, также приложил руку к культурному мародерству, начатому французскими революционерами. Многие картины и скульптуры были вывезены во Францию, в особенности пострадали Рим и северные регионы Италии, в том числе Венеция. Некоторые из вывезенных объектов культурного наследия до сих пор можно увидеть во многих французских музеях. Более того, Италия была вынуждена предоставлять солдат для французской армии, многие из которых погибли на войне 1812 года.

Несмотря на поражение в этой войне, во время переговоров с Австрией в 1813–1814 годах Наполеон отказался передать ей власть над Итальянским королевством в обмен на разрешение свободно править Францией. Потерпев поражение, в 1814 году он был сослан на Эльбу. В 1815 году Наполеон вернулся во Францию и предпринял попытку захватить власть при поддержке Мюрата, однако оба они потерпели крах.

Наполеон сильно повлиял на развитие Италии. В частности, во время его правления было заметно стремление к национальному единству, укреплялся класс буржуазии. Наполеона восхваляли за строительство дорог, внедрение свободы вероисповедания и права на развод, а также за ряд административных реформ. В 1809 году в качестве официального языка Итальянского королевства был принят тосканский диалект. Когда в 1814 году Габсбурги вновь оказались у власти, они отдали должное наполеоновской системе, в том числе французской централизации и упразднению институтов автономной власти в папских владениях. Данные институты часто ставили под сомнение власть папы римского потому, что папы признавали древние привилегии – часть соглашения, согласно которому данные регионы принимали их верховенство.

Племянник Наполеона, Луи Наполеон (впоследствии Наполеон III), писал в своих «Наполеоновских идеях» (Des Idées Napoleoniennes, 1839): «Наполеон I основал в Италии великое независимое королевство с итальянской армией… “Италия”… столь прекрасное и уже забытое на протяжении многих столетий имя вновь вернулось в разрозненные провинции и объединило их…»

Однако на деле режим Наполеона не обладал широкой народной поддержкой вследствие налогового гнета и смерти 70 000 итальянских солдат. Во многом именно он способствовал созданию и углублению пропасти между государством и народом, последствия подобного разделения можно наблюдать и сегодня. Ирония состоит в том, что со времен Римской империи правление Наполеона было единственным периодом политического единства страны, он даже предпринимал попытки внедрения политической культуры. Однако это единство всячески насаждалось Францией по собственной модели для ее же выгоды и сопровождалось высокими налогами и учреждением жандармерии (военной полиции).

Франция добилась наибольшего успеха в тех регионах, где она полагалась на сотрудничество с местной знатью, особенно в Ломбардии и Эмилии. При этом в южном направлении, особенно в провинциальной Центральной Италии, Франция не могла похвалиться такими же успехами. В Лигурии Наполеон полагался на французскую администрацию и мало уделял внимания местным традициям и взглядам, однако в администрацию Пьемонта он нанимал местное население (как он делал повсеместно), зачастую на высокие должности. В Ломбардии, Эмилии, Циспаданской (впоследствии Цизальпинской) республике Наполеон покровительствовал местному населению и полагался на сильную местную автономию. Таким образом, он выигрывал от степени развития и уровня образованности в данных регионах, особенно в Пармском герцогстве. Не придавая значения нуждам буржуазии, в 1808 году Наполеон ввел дворянские титулы, а в 1811 году он позволил знати «старого режима» (ancien régime) ходатайствовать о получении новых наполеоновских титулов, хотя они и не пользовались такой популярностью, как первые.

Будущая Итальянская социальная республика Муссолини, существовавшая в 1943–1945 годах, напомнит наполеоновскую систему тяжелым налоговым гнетом и насильственным насаждением своих принципов. Прямое сравнение все же нежелательно, но в любом случае тут можно наблюдать попытку переписать прошлое, заслуживающую самого пристального внимания.

По результатам Венского конгресса границы Италии были полностью пересмотрены. Пьемонт получил Геную и Лигурию, которые могли служить своего рода барьером для французской экспансии; барьером, который хотели иметь и Австрия с Великобританией. У Франции еще сильнее спектр возможных средств для давления на Италию сократился после того, как Ломбардо-Венецианское королевство было присоединено к Австрии, а Тоскана стала секундогенитурой Габсбургов. Венеция и Генуя не получили обратно свою независимость, и итальянское республиканство подошло к концу. Парма была возвращена династии Пармских Бурбонов, однако лишь после смерти Марии Луизы, второй жены Наполеона, дочери императора Австрии Франца I. Тем временем династия обосновалась в Лукке, которая обрела статус герцогства. После смерти Марии Луизы в 1847 году династия вернулась в Парму, а Лукка была передана Тоскане. Герцоги Модены теперь происходили из дома Габсбург-Эсте.