Силы, посланные принцем Коркудом против кызылбашей, были разбиты, а он был вынужден укрыться в крепости Манисы. Теперь восставшим открылась дорога на Бурсу и далее на Стамбул. 21 апреля 1511 года кади (судья) Бурсы написал командиру янычар, что если он и его люди не придут в город в течение двух дней, область погибнет. Казалось, Шахкулу близок к успешному изгнанию османского господства из Малой Азии и установлению собственной власти от имени шаха Исмаила. Проводить кампанию против Шахкулу и его последователей был назначен великий визирь Хадым Али-паша. Около Кютахьи он соединился с силами старшего из оставшихся в живых сыновей Баязида принца Ахмеда, но нагнал восставших только после форсированного марша через Малую Азию в Сивас, где оба, и Шахкулу и Хадым Али, были убиты в сражении. Многие из кызылбашей бежали на восток, в Иран; те, кто попал в руки османов, были высланы в Медон и Корон на Пелопоннесе, захваченные Баязидом в 1500 году в ходе войны с Венецией.

Восстание Шахкулу серьезно отразилось на балансе сил между сыновьями Баязида в их стремлении занять его трон. У пожилого султана (на тот момент ему было около 60 лет) было также множество внуков, еще более осложнявших борьбу за престолонаследие. Логика системы принцев-правителей была в том, что она удаляла принцев от Стамбула, делая для них более затруднительным бросить вызов правящему султану; в то же время назначениями можно было манипулировать таким образом, чтобы тот, кого султан видел своим преемником, был к Стамбулу ближе всех и после его смерти имел бы лучшие шансы прибыть в столицу раньше своих соперников, чтобы захватить трон. Прежде чем покинуть Трабзон в 1510 году, Селим попытался закрепить за своим сыном Сулейманом губернаторство провинции Болу, расположенной менее чем в 200 километрах к востоку от Стамбула, но ему помешал принц Ахмед при поддержке Баязида, который благоволил к Ахмеду. Назначение Селима в Сарухан привело его ближе к столице, чем был Ахмед, который сменил отца на посту принца-правителя в Амасье, и все же Сарухан был недостаточно близок для Селима, и, прежде чем его назначили в эту провинцию, он потребовал губернаторство в провинции Румелия, требование это было также отклонено на том основании, что оно было незаконным.[14]

У Селима не было намерения отправиться в Сарухан. Покинув провинцию Сулеймана Кафу в марте 1511 года, он отправился в поход через Румелию во главе армии. К июню он добрался до Эдирне, где двор Баязида пребывал со времени сильного землетрясения 10 сентября 1509 года, названного в источниках того времени «Малым Судным днем», которое опустошило Стамбул и окрестные территории. Чтобы избежать кровавого противоборства с сыном, Баязид проигнорировал свое прежнее постановление в отношении законности губернаторства за пределами малоазийских провинций и передал Селиму губернаторство в пограничной провинции Семендре (с центром в Смедерево) на Дунае. И самое важное, он пообещал Селиму, что не отречется от престола в пользу принца Ахмеда.

После смерти в бою против Шахкулу своего основного сторонника великого визиря Хадыма Али-паши принц Ахмед осознал, что его позиции в значительной степени ослаблены. Принц Селим, тем не менее сомневаясь в честности отца и не решаясь поверить, что Ахмеда так просто отодвинут в сторону, повернул свою армию на Стамбул и в начале августа вызвал своего отца на бой во Фракии, около Чорлу, между Эдирне и Стамбулом. Когда Баязид приказал своим силам открыть огонь, Селим бежал обратно в Румелию и отплыл на корабле к побережью Черного моря в Килию, расположенную в устье Дуная. Отец приказал ему вернуться в Кафу. Баязид снова поселился в Стамбуле.

Все это время принц Ахмед был занят подавлением восстания Шахкулу, после чего он перебрался из области Сиваса в Афьон в западно-центральной части Малой Азии; услышав о сражении Баязида с Селимом, он отправился маршем к Стамбулу, утверждая, что хочет выразить отцу соболезнование. Собрав силы, включающие контингент племен из провинции Караман, тех самых людей, которые были так восприимчивы к пропаганде шаха Исмаила и теперь надеялись снова извлечь выгоду из междоусобной борьбы, Ахмед написал великому визиру Кодже («Великому») Мустафа-паше письмо с просьбой подготовиться к его прибытию. Вопреки всем его ожиданиям, когда он подошел к Стамбулу 21 сентября 1511 года, его встретило восстание янычар и вынудило остаться в Ускюдаре, на азиатском берегу Босфора, без возможности переехать через пролив в столицу, где он на самом деле собирался провозгласить себя султаном. Великий визирь, который был доверенным послом Баязида к папе на переговорах об условиях заключения Джема в Риме, был убит. Теперь линия фронта была определена: янычары поддерживали Селима, а сторонники шаха Исмаила — Ахмеда.

Ахмед отступил в Малую Азию, намереваясь усилить свою поддержку и взять столицу штурмом. Его планы захватить султанат провалились, он открыто выступил против власти отца, совершив назначения на провинциальные должности от своего имени. Повторное требование посадить его правителем в Карамане — теперь находившимся под властью внука Баязида принца Мехмеда, который унаследовал своему недавно умершему отцу, принцу Шехин-шаху, — было отвергнуто, и он успешно осадил резиденцию принца-правителя Конью. Янычары снова послужили орудием, чтобы расстроить планы Ахмеда, поскольку когда новости о его победе достигли Стамбула, они опять восстали, требуя, чтобы Селим предъявил свои требования на трон султана, и выдвинули ультиматум государственному совету. Их шумная поддержка Селима вынудила Баязида действовать, и, повинуясь обстоятельствам, он назначил Селима главнокомандующим армии. Селим снова выступил из Кафы и направился маршем на Стамбул.

При Ахмеде в Конье и Селиме в Кафе принц Коркуд в свою очередь решил, что может получить трон, добравшисьдо Стамбула первым. Он оставил Манису и приехал тайно, приплыв в город на корабле, просил Баязида простить ему прошлое неповиновение и стал дожидаться приезда Селима. Коркуд надеялся купить поддержку янычар, раздавая им золото; они приняли золото, но когда Селим прибыл в Стамбул в апреле 1512 года, они поддержали свержение отца в его пользу. Впервые янычары послужили инструментом для насильственного отстранения правящего султана от власти; но этот случай был отнюдь не последним: каким бы ни было осуществление османского престолонаследия в теории, именно янычары возводили на престол и свергали с престола султанов.