Гражданская война разразилась в Англии вследствие политического кризиса 1641-1642 гг., в свою очередь вызванного восстаниями в Шотландии (1638 г.) и Ирландии (1641 г.). В Уэльсе политика Карла I подвергалась критике в 1620-х и 1630-х гг., а в особенности деятельность Совета Пограничья, но ситуация была в целом менее серьезной, чем в других областях.

В Шотландии поддержка, оказываемая Карлом I епископальной церковной системе и новой литургии, а также его бестактность и самовластное распоряжение шотландскими интересами, проявившееся в том числе и во время его приезда в Шотландию в 1633 г., вызвали ответную реакцию со стороны пресвитерианцев и шотландских патриотов, которые создали Национальный Ковенант (1638 г.), противостоящий любым церковным нововведениям, если они не одобрены Общим собранием. Вместо того, чтобы пойти на компромисс, Карл продолжал свою линию. В Епископских войнах (1639-1640 гг.) за сумасбродными угрозами прибегнуть к насилию, которые он высказывал в 1639 г., в 1640 г. последовало осуществление этих угроз, не обеспеченное реальной силой. Карл не сумел подобрать хороших военачальников, а плачевное состояние финансов не позволило должным образом содержать войска. Английская армия была плохо подготовлена и выстроена, и потому потерпела поражение от шотландских войск, руководимых умелыми офицерами (1640 г.).

Как и в случае с предыдущими военными конфликтами, войнами с Испанией и Францией в 1620-х гг., Епископские войны ослабили позиции Карла, подорвав его финансовое положение и показав его бессилие. Они же изменили отношения между короной и Парламентом в самой Англии. Личное правление Карла оказалось безуспешным. У правителей Англии не было другой возможности вести войну, кроме как обратиться за средствами к Парламенту. Чтобы собрать средства, в апреле 1640 г. Карл созвал Короткий Парламент, но, так как тот отказался выполнить требования короля, пока он не удовлетворит жалобы парламентариев, Парламент был вскоре распущен. Рипонский мир (октябрь 1640 г.), завершивший Епископские войны, оставил северную Англию во власти шотландцев, которые должны были получать от короля ежедневное содержание, пока не будет достигнуто окончательное соглашение. Поэтому Карл был вынужден вновь обратиться к Парламенту, и Долгому Парламенту, собравшемуся в ноябре 1640 г., суждено было заседать, пусть и с многочисленными перерывами и обновлениями состава, до 1660 г., то есть дольше, чем правил сам Карл.

В начале своей деятельности Парламент выступил единым целым за удовлетворение своих жалоб и действовал в национальных интересах, с которыми оказались несовместимы королевские требования и амбиции. Парламент выдвинул обвинения против ненавистных министров Карла. Томас, граф Страффорд, всевластный наместник Ирландии, был лишен прав и казнен (1641 г.) за то, что собирался привести в Англию ирландскую королевскую армию. Лод был заключен в тюрьму (казнен в 1645 г.). Еще большую важность противники короля придавали ограничениям королевской власти. Один из них, лорд Сей, впоследствии писал, что было необходимо оказать Карлу сопротивление, поскольку он решил «уничтожить английский Парламент». Они желали восстановить принципы управления Елизаветы, как они их сами понимали: систему протестантской политики в стране и за рубежом и ведущую роль Парламента и аристократии, действующей через Тайный Совет. Трехгодичный акт провозглашал, что Парламент должен собираться по крайней мере раз в три года. Другими актами запрещалось распускать Долгий Парламент без его на то согласия, отменялись Звездная палата, Высокая комиссия и корабельная подать и ограничивалась финансовая власть короны.

Хотя эти изменения затронули весьма важные предметы, а упрямый Карл занял враждебную позицию после казни Страффорда, они были проведены, не вызывая того раскола, который возник в конце 1641 г. по религиозным вопросам. Сохранение епископальной системы, традиционного порядка и дисциплины в церкви вызвало разногласия, а необходимость набрать войска, чтобы подавить крупное католическое восстание, вспыхнувшее в Ирландии в 1641 г., привело к спорам о том, кто и как будет контролировать эту армию. В условиях набирающего силу кризиса Карл прибег к насилию и 4 января 1642 г. вторгся в Парламент, чтобы захватить своих самых ярых противников, включая Джона Пима, но они уже успели бежать в лондонский Сити, оплот сил, враждебных королю. Так как обе стороны готовились к войне, Карл уехал из Лондона, чтобы набрать армию, и тем самым совершил роковой шаг: как показывает история гражданских противостояний вплоть до якобитского восстания 1745 г., выигрывает в них тот, кто владеет ресурсами столицы и контролирует ее учреждения.

В 1642 г. многие стремились сохранить мир, в отдельных областях заключались пакты о нейтралитете, но решительное меньшинство с обеих сторон сумело расколоть общество. Надежды на возможность примирения и взаимных уступок оказались несбыточными ввиду недоверия к политике Карла I и его очевидных намерений. Хотя в общем опасно прибегать к грубому социально-экономическому или географическому детерминизму для объяснения произошедшего раскола, и хотя очевидно, что обе стороны имели своих сторонников в каждом регионе и в каждой социальной группе, нельзя отрицать и того, что Парламент пользовался наибольшей поддержкой в самых экономически развитых областях страны: в южных и восточных районах Англии, во многих крупных городах, особенно в Лондоне и Бристоле, а также в промышленных регионах; а Карла поддерживали в основном более отсталые области: северная и западная Англия и Уэльс. Таким образом, религиозные и политические различия были связаны с социально-экономическим положением, хотя и не зависели от него. Например, рабочие дербиширских свинцовых рудников разделились на противников и сторонников Парламента. Приверженцы Карла боялись религиозных, социальных и политических перемен и руководствовались понятиями чести и верности престолу. Многим людям, занимавшим умеренные позиции, показалась опасной растущая власть Парламента и требование реформировать Церкви, выдвинутое Парламентов в Девятнадцати тезисах в июне 1642 г.

Вооруженное противостояние началось в Манчестере в июле 1642 г., а в августе Карл, никогда не участвовавший в войне, поднял свое знамя в Ноттингеме. Он пошел на Лондон, выиграл сражение при Эджхилле (23 октября), но не сумел воспользоваться плодами победы и в ноябре 1642 г. был остановлен у Тернем-Грин к западу от столицы. В качестве военачальника Карл не отличался решительностью и не сумел обратить себе на пользу неудачно складывающиеся обстоятельства. Он отступил и обустроил свою штаб-квартиру в Оксфорде. Таким образом, Карл упустил наилучшую возможность победить в войне. В 1643 г. роялисты добились значительных успехов, захватив, в частности, западные графства и взяв Бристоль, но перемирие, заключенное Карлом с ирландскими мятежниками, позволившее ему использовать войска, до тех пор находившиеся в Ирландии, было нейтрализовано Торжественной Лигой и Ковенантом между шотландцами и сторонниками английского Парламента. Роялистская армия превратилась в серьезную силу с умелыми офицерами и хорошей пехотой, и в 1644 г. у Карла еще был шанс заключить мир на приемлемых для себя условиях. Однако в январе 1644 г. в Англию вступили шотландские войска, которые, соединившись с армией Парламента под руководством сэра Томаса Ферфакса и Оливера Кромвеля, 2 июля 1644 г. при Марстон-Муре близ Йорка разгромили роялистов во главе с принцем Рупертом и герцогом Ньюкаслом. Карл потерял северную Англию.