Начиная с 1234 г. госпитальеры сохраняли верность и оказывали постоянную поддержку королям из рода Гогенштауфенов. Эта ветвь иерусалимских правителей прервалась, когда Конрадин был казнен в 1268 г. по приказу Карла Анжуйского. Затем о своих притязаниях на трон заявил королевский дом Кипра, которые в 1261 г. Верховный суд признал законными. Однако права его были оспорены. Король Кипра Гуго II был потомком Алисы Шампанской, второй дочери иерусалимской королевы Изабеллы. Но пятая дочь Изабеллы Мелисенда вышла замуж за князя Антиохийского Боэмунда IV, и ребенок, рожденный в этом браке, был еще жив. Гуго II был представителем старшей линии рода, но Мария Антиохийская принадлежала к более молодому поколению, и она могла заявить о более близкой степени родства с общим предком. Ее притязания поддержали тамплиеры, но Верховный суд отверг их, и 24 сентября 1269 г. Гуго был коронован. По-видимому, госпитальеры были теперь готовы его поддержать, когда линия Гогенштауфенов пресеклась. Возможно также, что здесь сыграли свою роль узы личной дружбы, поскольку Генрих Антиохийский, отец Гуго, был похоронен в Госпитале Тира в 1276 г. Однако тамплиеры выказали явную враждебность королю, в то время как Мария, выразив официальный протест, отправила свое дело на рассмотрение папы. Аргументы обеих сторон были выслушаны на Лионском соборе в 1274 г.

В 1276 г. враждебность между королем и орденом тамплиеров вылилась в открытое противостояние; ситуацию усугубили действия нового магистра Гийома де Божё, которого отличали самоуверенность и гордыня; к тому же он был близок к королевскому дому Франции. Ранее он был администратором, распоряжавшимся имуществом ордена в Апулии. Тамплиеры купили усадьбу Ла-Фоконри вблизи Акры без разрешения короля, получить которое было необходимо, потому что она относилась к разряду городских поселений (borgesie), что освобождало от несения воинских повинностей. Гуго уже столкнулся с тем, что не было никакой возможности контролировать сеньоров в Акре и итальянских колониях, но брошенный ему тамплиерами вызов стал последней каплей, переполнившей чашу его терпения. Он принял решение удалиться на Кипр, заявив в гневе, что он не может править в Святой земле из-за своеволия рыцарских орденов. Госпитальеры, тевтонские рыцари, пизанцы, генуэзцы, представители горожан и священноначалия постарались убедить тамплиеров признать королевские права. Тамплиеры не подчинились, и их поддержали венецианцы. На улицах Акры завязались бои между местными сторонниками тамплиеров и теми горожанами, которые были на стороне госпитальеров. Вместе с патриархом Иерусалимским и другими первыми людьми королевства Гуго де Ревель направился в Тир, где король созвал Верховный суд. Все присутствовавшие просили Гуго вернуться в Акру, но он оставался непреклонным в своем решении отплыть на Кипр, хотя и согласился назначить Балиана Ибелина байли на время свого отсутствия.

На следующий год Мария Антиохийская, которая так и не признала коронацию Гуго, уступила свои права на трон Карлу Анжуйскому, получив согласие папы Григория X, находившегося при смерти. Карл сразу же принял на себя титул короля Иерусалимского и послал в Сирию войско под началом Рожера де Сан-Северино, который вошел в Акру с помощью тамплиеров и венецианцев и предъявил грамоты, подписанные Карлом, Марией и папой Иоанном XXI. Балиан Ибелин не знал, что предпринять. Он не получил поддержки патриарха и госпитальеров, а Кипр молчал. Балиан сдал цитадель Акры анжуйцам. Сеньоры Иерусалимского королевства, не получив никакого ответа от Гуго на свое обращение к нему, подчинились Рожеру, который был признан законным байли князем Боэмундом VII.

Госпитальеры не оказали сопротивления Рожеру. Даже наоборот, оказали некую поддержку. Такой поступок мог быть отчасти объяснен тем, что они потеряли недавно своего магистра: Гуго скончался после 1 апреля, но, вероятно, до 1 июля 1277 г. Опытный брат Никола Лорнь, находившийся в то время в Триполи, был приглашен в Акру. Он был назначен Великим командором, чтобы управлять орденом до утверждения нового магистра. До 4 августа следующего года он был выбран магистром. В его жизни происходило много событий, но карьерный путь ограничился в основном Востоком. Около 1250 г. он мог занимать должность кастеляна Маргата, а затем стал кастеляном Крак-де-Шевалье. Во второй половине 1260-х был назначен маршалом и продолжал им оставаться до 1271 г., когда стал Великим командором. К 7 октябрю 1273 г. он опять был маршалом; но после мая 1275 г. его произвели в командора Триполи. Вероятно, Никола оставался в Триполи до лета 1277 г., когда он снова появляется в должности Великого командора, прежде чем был избран магистром. Никола Лорнь продолжил традицию Гуго де Ревеля проводить частые заседания Великих капитулов. Магистр находился в переписке с королем Англии Эдуардом I и разделял мнение короля о важности союза с монголами: орден направил свой контингент, чтобы сражаться в рядах монгольского войска в битве при Хомсе. Вероятно, Никола умер 12 марта 1284 г., ему наследовал французский брат Жан де Вилье, которого в 1269 г. Гуго де Ревель вызвал в Сирию. В 1277 г. Жан был командором Триполи; а 17 июня 1282 г. уже известен как приор Франции, будучи назначен на этот пост, возможно, в начале этого же года. Он оставался во Франции до своего избрания магистром до сентября 1285 г. Он не сразу отправился в Сирию, но пребывал в Европе по крайней мере до конца 1286 г.

В Святой земле вскоре проявилось недовольство правлением Рожера де Сан-Северино. В 1279 г. король Гуго неожиданно высадился в Тире, где он получил поддержку его сеньора Жана де Монфора. Рыцари-храмовники устроили сбор в Акре, выступив за анжуйцев, и Гуго был вынужден вернуться на Кипр, где он в отместку конфисковал собственность тамплиеров. Однако случившаяся 31 марта 1282 г. Сицилийская вечерня[4] повлекла за собой ряд событий, которые в итоге привели к падению шаткого господства Анжуйской династии в Средиземноморье. Рожера де Сан-Северино отозвали в Италию; вместо него Акрой стал управлять его сенешаль Одо Пуалешьен (Poi-lechien). Несмотря на то что король Кипра Гуго снова отплыл в Тир, он практически не встретил поддержки у подданных Иерусалимского королевства. Он оставался в Тире вплоть до своей смерти в марте 1284 г.; а его сын Иоанн, коронованный в Иерусалиме, скончался в мае 1285 г., признанный королем только в Тире и Бейруте.

Тем временем Карл Анжуйский умер, его преемник принимал участие в Итальянских войнах, а на Кипре был во власти новый король. Королевский посланец прибыл с Кипра в Акру, где остановился в резиденции госпитальеров и начал переговоры с партией анжуйцев. Сеньоры и тамплиеры согласились оказать ему поддержку, хотя тамплиеры сделали это с явной неохотой, и 4 июня 1286 г. новый король Генрих прибыл в Акру. Однако Одо Пуалешьен отказался сдать цитадель. После того как к гарнизону трижды обратились с призывом о сдаче, Генрих уже был готов осадить крепость, но его отговорили от этого магистры ордена тамплиеров и Тевтонского ордена и временный глава ордена госпитальеров. Они объяснили свой отказ помочь ему тем, что, будучи членами монашеских орденов, не могли принять чью-либо сторону в политическом конфликте и что в любом случае приступ мог иметь губительные последствия. Аргумент должен был звучать странно для тех, кто наблюдал, как ордена вмешивались в политику на протяжении последнего столетия. Однако они согласились быть посредниками, и в результате переговоров цитадель капитулировала перед ними, а затем ее передали королю. 15 августа Генрих был коронован в Тире. После торжественной церемонии он вернулся в Акру и остановился на постоялом дворе госпитальеров, где перед ним было разыграно театральное представление: показаны живые картины из британского эпоса «Рыцари Круглого стола» и «Романа о Трое». Это было последнее официальное празднество в Латинской Палестине. Пять лет спустя Акра уже была в руках мамлюков.