Необходимость перемен в военной деятельности ордена была далеко не единственной проблемой, которая занимала госпитальеров в годы после падения Акры. В Европе все чаще стали раздаваться критические голоса в их адрес, да и на Кипре они почувствовали на себе враждебное отношение короля, в то время как сам орден сотрясали внутренние противоречия.

Духовно-рыцарские ордена подвергались суровой критике с самых первых лет их существования. Значительная часть клира не одобряла их привилегированное положение в церкви. Орденских братьев также осуждали за серьезные прегрешения в мирских делах; и знаменитые писатели и поэты того времени обвиняли их в греховной и роскошной жизни, гордыне, невоздержанности, алчности, во лжи и зависти друг к другу. Эти обвинения выдвигались многими общественными институтами XIII столетия. Но среди них было одно, наиболее серьезное. Было во всеуслышание заявлено, что они преследовали только свои интересы и совершили много ошибок, и в итоге они намеренно помешали отвоеванию Святой земли. Это было широко распространенным убеждением, и в начале XIV в. марсельский трубадур Ростан Беренгье обвинил тамплиеров и госпитальеров в трусости, что позволило сарацинам захватить Акру и удержать под своей властью Иерусалим. С ним солидаризировался трубадур Филипп де Нантёй, попавший в плен к мусульманам после битвы при Газе в 1239 г.

В манускрипте аббата Ротелена, описавшего события, происходившие на Святой земле с 1229 по 1261 г., говорится следующее: «Если бы орден Иоанна и орден Храма и братья-рыцари явили достойный пример ратных дел для наших людей, величайшие наши рыцари не пребывали бы ныне в узилище и не остались бы в живых сарацины. Но они этого так и не сделали, это было большой ошибкой и было похоже на измену». Монах Сент-Олбанского монастыря Матвей Парижский обвинил оба рыцарских ордена в том, что они всячески препятствовали скорейшему завершению крестовых походов. Они якобы опасались того, что в случае окончательной победы крестоносцев отпадет необходимость в их собственном существовании. Хронист также ставил им в вину, что они зачастую шли на сговор с сарацинами в ущерб интересам христиан. Ранее в 1197 г.

германский хронист Оттон Санкт-Блазиенский обвинил орденских братьев в тайных связях с мусульманами и торговых отношениях с ними. После 1291 г. советник французского короля Гийом де Ногаре предположил, что братья утаивали большие суммы денег, которые предназначались для подготовки крестовых походов. В 1274 г. король Арагона Хайме I на Лионском соборе говорил о нежелании обоих орденов участвовать в подготовке больших крестовых походов. Магистр ордена тамплиеров заявил о том, что потребуется призвать от 250 до 300 рыцарей и 500 пеших воинов. Король задал вопрос: «Когда я слышу, как магистр говорит подобное, я не могу воздержаться, чтобы не ответить: „Магистр, если папа намерен послать 500 воинов, то сколько же вы выставите рыцарей под вашим началом?“»

Приведенные ранее факты показывали, как политика, которую проводили оба ордена в Сирии, привела к такому выдвинутому против них обвинению. Сознавая, насколько бедны и слабы франки в Леванте, госпитальеры и тамплиеры постоянно выступали против далекоидущих планов реконкисты, пытались доказать, что после того, как крестоносцы выполнят свой обет и уйдут, они просто не смогут выстоять в одиночестве. Критики в Европе не относились к тем, кто мог беспристрастно оценить сложившуюся в Латинской Сирии ситуацию, и они, как станет ясно из дальнейшего нашего повествования, значительно преувеличивали богатства госпитальеров. Но эта постоянно звучащая критика сильно влияла на общественное мнение. Авторитет орденов слабел также и потому, что они отошли от первоначальных идеалов простоты и аскетизма. К тому же немаловажным фактором было то, что старый эмоциональный призыв к крестоносной войне уступил место иным, более мирным теориям завоевания. Согласно представлениям святого Франциска и Гийома Триполийского, сила теперь должна была уступить место убеждению.

Постоянная критика духовно-рыцарских орденов выдвинула вопрос их объединения на первое место. Во время правления Людовика IX Святого появился целый ряд подобных предложений, которые были представлены на

Лионском соборе в 1274 г. От обсуждения их отказались, когда стало известно, что испанские короли не дадут своего согласия; в противном случае могла бы возникнуть угроза их национальным орденам Сантьяго, Калатрава и Алькантара. Но вопрос продолжал беспокоить теоретиков крестовых походов. Карл II Анжуйский, Петр Дюбуа и Раймонд Луллий мечтали о великом и реформированном ордене, богатом и непобедимом. Некоторые интеллектуалы полагали, что Великий магистр подобного ордена должен будет стать правителем отвоеванного Иерусалимского королевства – Bellator Rex, как его называл Раймонд Лул-лий. В августе 1291 г. папа Николай IV предписал архиепископам христианского мира рассмотреть вопрос об объединении ордена тамплиеров и ордена госпитальеров на своих провинциальных синодах, и одновременно он обратился к французскому королю Филиппу IV за советом в этом деле.

Вопрос был снова поднят папой Бонифацием VIII. А в 1305 г. Жак де Моле, магистр ордена тамплиеров, написал памятную записку о союзе орденов для папы Климента V. Он утверждал, что будет не только бесчестным деянием объединить два древних ордена, но что это приведет к изменениям в их традициях, и в итоге к раздорам в попытках выработать единую точку зрения. Вначале какое-то время будут существовать дублирующие друг друга органы управления. Непременно уменьшится объем пожертвований на нужды бедняков и на проведение церковных служб. Наряду с этим один орден не сможет предоставить в нужном объеме военную помощь, как это могут сделать два. Каждый орден по отдельности сможет собрать больше подаяний с верующих. Он признал существовавшее между орденами соперничество, но оправдал его, приведя в пример не совсем дружеские взаимоотношения францисканцев и доминиканцев. Если между орденами имеется здоровая соревновательность, то они лучше выполняют свои обязанности. Он также утверждал, правда менее убедительно, что чувство зависти никогда не сказывалось на их деятельности и их готовности к взаимной поддержке во время военных кампаний и что братья обоих орденов никогда не допускали насильственных действий в отношении друг друга. В заключение он привел несколько двусмысленных доводов в пользу предложенного плана, и, должно быть, его читатели отнеслись к ним настороженно. Если госпитальеры и тамплиеры объединятся, единый орден будет обладать таким могуществом, что в достаточной мере сможет защитить свои права. Тогда рациональная организация странноприимных домов и упорядочение процесса сбора милостыни приведет к уменьшению расходов ордена. По прошествии десяти лет после написания этой памятной записки намеченный план был выполнен, хотя и довольно необычным способом. Орден тамплиеров был распущен, Жак де Моле был сожжен на костре за преступления, вероятно им не совершенные, и земельные владения тамплиеров перешли в руки госпитальеров, а их магистру было доверено возглавить крестовый поход.

Духовно-рыцарские ордена столкнулись с оппозицией в лице короля Кипра Генриха. Генрих стремился править самостоятельно, и в этом вопросе он пользовался поддержкой пап. Его решительные действия, однако, привели к конфликту с привилегированными орденами. Он попытался ввести подушный налог в два безанта на слуг и рабов всех монашеских орденов, включая тамплиеров и госпитальеров. В 1298 г. Бонифацию VIII доложили, что король прекратил взимание налога, когда узнал, что он нарушает права орденов. Приняв во внимание, что король открыто признал свою вину, и учитывая нужды королевства, папа разрешил ему снова ввести его. Однако в 1299 г. он строго запретил Генриху продолжать взимать налог с монашеских орденов и всех их субъектов. Полгода спустя папа выговорил королю за то, что он не соблюдает требования арбитражного суда, учрежденного для рассмотрения возникших споров между ним и духовными лицами королевства. По-видимому, Генрих стремился не допустить, чтобы духовно-рыцарские ордена стали столь же могущественными, как это было в Сирии. Госпитальерам и тамплиерам было запрещено приобретать земельную собственность на Кипре без санкции короля и папы. В 1299 г. Бонифаций VIII жаловался на излишне строгое применение этого запрета. Королю следовало бы позволить орденам приобретать хотя бы небольшие земельные владения. По-видимому, на слова папы не было обращено должного внимания, и почти не имеется свидетельств о росте земельной собственности ордена на Кипре в период до 1310 г. Хотя в 1304 г. папа обратился с просьбой к епископу Лимасолскому помочь госпитальерам приобрести греческую часовню, которая располагалась рядом с их городской штаб-квартирой.