Хуану Писарро едва успели помешать ударить Эрнандо де Сото, который, как ему показалось, слишком уж симпатизировал Альмагро. Королевский чиновник Антонио Тельес де Гусман выступил в роли посредника, пригрозив обеим сторонам суровым наказанием. «Ибо, — как он написал королю, — если бы христиане стали воевать друг с другом, индейцы напали бы на тех, кто уцелел». Губернатор Франсиско Писарро поспешил на юг, чтобы попытаться уладить взрывоопасную ситуацию.

В конце мая 1535 года Писарро достиг Куско и немедленно принялся искать решение многочисленных проблем. Он начал вести переговоры о соглашении со своим старым партнером Диего де Альмагро. Маршал Альмагро должен был возглавить большую экспедицию, отправлявшуюся исследовать Чили, которая — и это не вызывало сомнений — находилась в южном районе, относившемся к его юрисдикции. Писарро оказал значительную финансовую помощь этому предприятию. Очевидно, он надеялся, что Чили окажется достаточно богатой страной, которая удовлетворит Альмагро и его последователей. Сото предложил огромную сумму за то, чтобы быть его заместителем в экспедиции, но Альмагро предпочел Родриго Оргоньеса. Приготовления к этому большому завоевательному походу на оставшуюся третью часть империи инков успокоили бушевавшие в Куско страсти, поглотив большую часть энергии и захватив воображение беспокойных вояк.

Писарро также вновь открыл плавильные печи, чтобы переплавить сокровища, полученные в Куско со времени первой переплавки пятнадцать месяцев тому назад. Франсиско Писарро сам принес на переплавку самую большую часть награбленной добычи, а его жадный младший брат Хуан — чуть меньше. Эрнандо де Сото, Гонсало Писарро и Диего де Альмагро тоже сумели собрать большое количество добра, а королевской казне отошла одна пятая часть всей добычи. Зрелище всех этих сокровищ также способствовало охлаждению страстей в городе.

Инка Манко правил в Куско уже почти год. Молодому человеку было непросто утверждать свой суверенитет, когда его испанские союзники выставляли напоказ свою полную власть над городом. Поэтому некоторые родственники Манко не были убеждены, что он подходит на роль правителя. Они чувствовали, что Манко еще не выдержал испытательный срок в начале своего правления. Вероятно, все еще существовала возможность возвысить на трон другого претендента или ограничить единоличную власть Манко. Отдельные части общества инков тяготели к соперничающим группам испанцев. Манко дал ясно понять, что его симпатии находятся на стороне Альмагро. У него не было причин не любить губернатора Франсиско Писарро, который возвел его на трон и с кем у него были очень дружеские отношения в Куско и Хаухе в первой половине 1534 года. Возможно, его антагонизм был спровоцирован младшими братьями Писарро, Хуаном и Гонсало, которым было едва за двадцать. Или, может быть, он последовал примеру Эрнандо де Сото, испанского военачальника, в обществе которого он проводил почти все время за последние полтора года. Сото поддержал претензии Альмагро на Куско, а маршал Альмагро был, по общему мнению, очаровательным человеком, который, вероятно, специально прилагал усилия, чтобы снискать расположение Инки.

Писарро попытался сгладить разногласия между индейскими вождями. Он вместе с Альмагро вызвал к себе Манко и оппозиционно настроенных вождей во главе с его двоюродным братом Паскаком. Их пригласили открыто высказать свое недовольство в полемике. Манко и Паулью настаивали на том, что любой спор был оскорблением божественной власти Инки. Паулью осудил Паскака и его приверженцев: «Как смеете вы так свободно говорить с вашим господином Великим Инкой, говорить то, что вам заблагорассудится, с согласия христиан? Встаньте перед ним на колени и молите его о помиловании за вашу дерзость. Ведите себя, как подобает в вашем положении». Когда эта вспышка Паулью была переведена Писарро, губернатор стукнул брата Инки за то, что тот таким образом попытался остановить прения. «Это привело Инку в сильное раздражение. В конце концов, оказалось невозможным восстановить мир между Инкой и его родственниками». Отчуждение стало еще более ярко выраженным. Сын Манко Титу Куси утверждал, что Паскак строил заговор с целью убийства Инки с помощью скрытого кинжала в момент, когда будет выражать ему свое почтение.

Теперь Манко предпринял шаги, чтобы расправиться с оппозицией. Он прибег к помощи Альмагро, который послал Мартина Котэ и других испанцев убить его могущественного брата Аток-Сопу ночью в постели. Это убийство обезопасило положение Манко, хотя напряженные отношения между ним и местной аристократией сохранились. Они разжигались переводчиками, привязанными к Писарро и Альмагро, которые запутали индейцев, утверждая главенство каждый своего хозяина. Переводчик Писарро дошел даже до того, что стал угрожать Манко за то, что тот являлся приверженцем Альмагро. Манко был встревожен этими угрозами и возможностью мести со стороны своих соотечественников. Однажды ночью он покинул свой дом и испанского телохранителя и спрятался в спальне у Альмагро. Испанцы — сторонники Писарро узнали о его исчезновении, и «огромная толпа пошла грабить и опустошать его дом, причиняя большой ущерб, — они даже не отдали часть награбленного губернатору». Альмагро сообщил Писарро, что Инка спрятался у него под кроватью. Он настаивал, чтобы запугивание прекратилось, а мародеры были наказаны, но Писарро не предпринял к ним никаких мер. Оскорбление мучило Манко. Оно стало поворотным пунктом в его отношениях с испанцами. Жители Куско увидели, что можно безнаказанно ограбить Инку, и многие перестали делать вид, что они почитают местного правителя. В Манко же стала расти уверенность, что необходимо уничтожить своих противников. Он быстро мужал и становился более агрессивным: потенциально опасным и все более чувствительным к оскорблениям со стороны испанцев.

3 июля 1535 года Альмагро отправился из Куско в Чили с 570 кавалеристами и пешими солдатами. Все они были отлично экипированы, и сопровождали их длинные вереницы индейцев-носильщиков. Вскоре после этого уехал и Франсиско Писарро. Он вернулся на побережье, чтобы продолжить строительство другого города, Трухильо, расположенного между Пьюрой и Лимой. Уехал и де Сото. Сказочно богатый, он вернулся в Испанию, а в 1538 году он получил от короля Карла разрешение на экспедицию во Флориду, где нашел свою смерть на берегах Миссисипи. Другие экспедиции тоже отправились исследовать неизведанные окраины империи: Алонсо де Альварадо — к индейцам-чачапойяс; Хуан Порсел — в края, населенные индейцами-бракаморос, а капитан Гарсиласо де ла Вега — в долину Каука на побережье Колумбии.

Готовясь к экспедиции в Чили, Альмагро попросил у своего протеже Манко предоставить ему некоторое количество индейских воинов. Ответ Инки был щедр: он отправил с ним 12 тысяч воинов под командованием двух наиболее влиятельных людей при его дворе, своего брата Паулью и верховного жреца Вильяка Уму. Эта армия индейцев должна была показаться бесценной для Альмагро. Присутствие Паулью обеспечивало дружбу и сотрудничество почти всех народов южной части империи. Верховный жрец Вильяк Уму был родственником Уайна-Капака и фигурой, обладавшей большой властью. Сьеса де Леон написал, что этот жрец «жил в храме. Его высокий пост был пожизненным, и он был женат и пользовался таким уважением, что в споре был на равных с Инкой. Он имел власть над всеми святынями и храмами; он мог назначать и снимать с постов жрецов. Эти [главные жрецы] были высокого происхождения и имели влиятельную родословную». Испанские хронисты неизменно сравнивали Вильяка Уму со своим папой римским.