Кискис не стал колебаться, когда внезапно появились ужасные испанцы. Он немедленно разделил свои силы и отправил воинов во главе с братом Атауальпы по имени Уайпалькон подниматься вверх по склону горы. А сам он повел женщин и обоз в противоположном направлении. Испанцы стали преследовать воинов, быстро окружая холм, который те заняли. Но люди Уайпалькона укрепились на своей позиции и наносили испанцам потери, бросая сверху вниз валуны и другие метательные снаряды, так что испанцы были в безвыходном положении до самой ночи. К этому времени Кискис уже скрылся, а люди Уайпалькона оставили свои позиции несколько позже и успешно присоединились к нему.

Испанцы «продолжили свой поход и встретились с арьергардом Кискиса. Индейцы укрепились у реки и не давали испанцам переправиться через нее в течение целого дня. Вместо этого они сами переправились через реку в обход позиции испанцев и заняли крутой откос. Испанцы понесли тяжелые потери, когда попытались выбить их оттуда. Теперь они и хотели бы отступить, но труднопроходимая местность не давала им сделать это. В результате многие были ранены, в частности Алонсо де Альварадо [из Бургоса], который получил колотое ранение бедра, и еще один рыцарь из Сан-Хуана». Три лошади были убиты и 20 ранены. На следующий день индейцы укрепились на другом холме с крутыми склонами, и Альмагро не стал завязывать бой. «Позже стало известно, что 3 тысячи индейцев, которые были на левом фланге армии Кискиса, отрезали от основных сил 14 испанцев и обезглавили их».

Таким образом, армия Кискиса хорошо проявила себя, несмотря на то что ее, находившуюся на марше, застали врасплох. Она нанесла испанцам значительный урон, избежала кровопролития кавалерийской атаки и осталась невредимой, чтобы продолжить свое движение к Кито. Индейцы были вынуждены сжечь большое количество обмундирования и других припасов, которые они везли с собой, и позволили испанцам захватить огромное стадо из более чем 15 тысяч лам, а также свыше 4 тысяч взятых на военную службу носильщиков мужского и женского пола.

Кискис не знал, что провинция уже оккупирована чужеземцами. Это был ужасный удар по моральному духу его уставших солдат, когда они обнаружили, что испанцы уже давно хлынули на их родину и что у них нет возможности отдохнуть от безнадежно неравной борьбы. Они потерпели поражение в своей первой стычке с людьми Беналькасара. Их воля к борьбе уже полностью ослабла даже среди командиров инков. Они не были на родине вот уже два года, и они не могли думать ни о чем, кроме как разойтись по домам. «Военачальники сказали Кискису, чтобы он попросил у испанцев мира, так как они непобедимы». Кискис отказался, упрекнул их в трусости и приказал им следовать за собой в отдаленные районы, откуда они могли бы продолжать упорную и безнадежную оборону своей страны. Военачальники взбунтовались, сказав, что они лучше умрут в бою, чем от голода в необитаемой местности. «За это Кискис осыпал их бранью и поклялся наказать бунтовщиков. Тогда Уайпалькон ударил его в грудь пикой. Тут же подбежали с дубинками и боевыми топорами и другие и убили его. Так закончил свою жизнь, полную сражений, Кискис, столь прославленный главнокомандующий среди орехонов». Это был трагический конец для одного из лучших полководцев империи инков, человека, который страстно ненавидел конкисту, несущую в себе угрозу и унижения. Для дела национального освобождения было не менее трагичным то, что лучшие воины, набравшиеся опыта в борьбе с испанцами, подняли мятеж. Без поддержки и солдат позиция Кискиса была бы непригодна для обороны. Вероятно, они были правы в том, что прекратили вести бесполезные атаки с примитивным оружием в руках против закованных в латы всадников. И все же нельзя не симпатизировать упрямому полководцу, который отказался сложить оружие. Единственным утешением в его смерти может быть, по словам Педро Писарро, то, что «испанцы никогда не держали его в своих руках».

Кискису так и не удалось объединиться с силами Руминьяви или Сопе-Сопауа, и вскоре эти военачальники стали испытывать подобные же трудности. Испанцы преследовали Руминьяви до его укреплений под Пильяро. Произошло долгое, тяжелое сражение. Но защитники истощили свои запасы метательных снарядов и боеприпасов, и большинство из них под покровом ночи скрылись в направлении Кихоса. Оставшиеся, «не имея стрел, копий или боевых топоров», сдались в плен. Изгнанный со своих позиций, Руминьяви «попытался собрать силы, чтобы продолжить войну, но все уже были слишком измучены и хотели жить в мире. Наконец кто-то сказал Себастьяну де Беналькасару, где его можно найти. [Беналькасар] послал нескольких всадников, которые обнаружили его с 30 мужчинами и множеством женщин, находившихся в обозе с его имуществом. [Испанцы] внезапно напали на них, и все, кто мог, разбежались. Сам Руминьяви спрятался в жалкой, заброшенной хижине». Он попытался преодолеть заснеженную гору между Пансалео и Умбичо, надеясь присоединиться к Сопе-Сопауа, который расположился на одной из гор у Сикчоса. Его узнал разведчик и уведомил об этом Алонсо де Валье, а тот послал в погоню группу испанцев. Мигель де ла Чика ехал впереди, как он сам описывал, по дороге, которая вела к озеру. «Когда я подъехал к озеру, Руминьяви стоял у небольшого холма, опершись о дерево. Я узнал его по знакам отличия, которые были на нем. Я приблизился к нему и после продолжительной борьбы взял его в плен».

Теперь остался только Сопе-Сопауа, укрепившийся в скалах, вероятно, к северу от Мульямбато, с хорошей армией, состоявшей из местных воинов, и вождем индейцев-чильо Кингалумбой. Испанцы вели атаки этого рубежа два дня. Наконец они сумели его преодолеть с помощью штурмовых лестниц «ночью, ориентируясь по звездам, так как… ничего не могли поделать днем из-за множества индейцев, находившихся в скалах». С захватом этой высоты сопротивление армии инков в провинции Кито закончилось.

Хотя они сдались добровольно, китонские военачальники жестоко пострадали от рук испанцев. По воспоминаниям Маркоса де Ниса, священника в армии Альварадо, Беналькасар «призвал к себе Луйеса, тогдашнего повелителя Кито, поджигал ему ступни ног и учинял ему другие пытки, чтобы заставить его выдать местонахождение зарытых сокровищ Атауальпы, о которых тот ничего не знал. Он сжег вождя Чамбо, другого важного правителя, который был невиновен. Он также сжег Сопе-Сопауа, который был владыкой провинции Кито… потому что тот не дал столько золота, сколько требовал Беналькасар, и ничего не знал о зарытых сокровищах». По словам Эрреры, плененные вожди стоически перенесли все пытки. «Они сохраняли большую силу духа и оставили его ни с чем, с одной только его жадностью. По его приказу они были бесчеловечно убиты, потому что он не мог избавиться от сложившегося у него с самого начала впечатления», что сокровища есть и их нужно найти. После не давших никакого результата пыток Руминьяви вывели на казнь на городскую площадь Кито. Он был последним из крупных военачальников Атауальпы, который возглавлял самое решительное сопротивление испанским захватчикам.

В начале декабря Беналькасар вернулся в Кито и поделил город между своими соратниками. В феврале 1535 года он послал Диего де Тапия на реку Ангасмайо, чтобы усмирить индейцев из племени кильясинга. В июне он сам отправился на побережье, чтобы основать там город Гуаякиль и занять, почти без кровопролития, провинцию Уанкавилька. Несколько позже он последовал за своими лейтенантами Педро де Аньяско и Хуаном де Ампудия к Пасто и Попаяну и еще дальше на север, за пределы империи инков. Им пришлось вести тяжелые бои с племенами Южной Колумбии. Но здесь испанцы превзошли инков и продвинулись за пределы самой дальней границы земель, завоеванных Уайна-Капаком.