Инка Манко вернулся из Хаухи в Куско со своим тридцатичетырехлетним спутником Эрнандо де Сото в конце июля 1534 года. Его отношения с испанцами были отличными. Он был им благодарен за то, что они возвели его на трон и изгнали китонцев с территории Перу, принадлежавшей Уаскару. Испанцы все еще вели себя хорошо по отношению к местному населению; это было временное ограничение, наложенное драконовскими указами Писарро. Они были очень довольны своим протеже Манко. В июне Санчо написал, что его возвышение в качестве Великого Инки «оказалось весьма удачным, так как все касики и вожди приходят служить ему и благодаря ему присягают на верность императору». Альмагро написал в мае, что «с ним был заключен мирный договор от имени вашего католического и императорского величества», а городской совет Хаухи в июле признал, что Кискис был изгнан благодаря «помощи, советам и дружбе этого касика».

Вернувшись в Куско, Манко начал управлять страной в качестве Великого Инки. Ему нужно было восстановить слепую веру населения в Инку, забрать бразды власти в свои руки и утвердить себя в качестве верховного правителя. Ему также пришлось восстанавливать престиж столицы инков Куско, престиж официальной религии и администрации империи. Все эти опоры власти инков были подорваны потрясениями междоусобной войны и испанским вторжением. Центробежные силы разрывали империю на части, особенно это касалось районов, расположенных за Хаухой и озером Титикака, которые вошли в империю еще на памяти живущего поколения.

До появления испанцев инки экспериментировали в управлении своей быстрорастущей империей в течение десятилетий. Они пытались заменить вождей покоренных племен должностными лицами из числа инков и десятичной административной структурой. Десятичная структура основывалась на переписи взрослых мужчин, обязанных платить налоги. Их объединяли в коллективы по 10 тысяч человек, напоминающие пирамиды, каждый уровень которой, от 10 до 10 тысяч человек, возглавляли должностные лица. На самом нижнем уровне находились десятники, представляющие каждые 10 и 50 налогоплательщиков; выше их был класс «курака», чьи должности передавались по наследству; они стояли во главе групп из 100, 500, 1000, 5 тысяч человек («курака пиккуа-уаранка») и 10 тысяч человек («уну курака»). Вся эта система казалась утопией, и не представлялось возможным определить, насколько эффективна она была в то время, когда началось завоевание империи испанцами. Она хорошо работала в сердце империи инков, в центральных Андах, и в меньшей степени — на недавно завоеванных территориях на севере и на юге. Теоретически эффективность этой системы очень привлекала хронистов, и большинство из них с восхищением описывали ее. Над чиновниками, стоявшими во главе десятичных подразделений, стояли назначенные Инкой правители из числа его собственных кровных родственников. Каждой из четырех суйю, или четвертей империи, управлял «апо». Этот титул давался также и армейским военачальникам. На территории четырех суйю находились провинции, или «уамани», приблизительно соответствующие районам, которые занимали племена до прихода инков. Каждой из них управлял «токрикок», назначенный центральной властью. Хотя на высшие посты Инки назначали только людей благородного происхождения, Пачакути распространил титул инки «по привилегии» на все племена центральных Анд, говоривших на языке кечуа. И многие десятники-курака были из их числа.

Потомственные вожди завоеванных инками племен продолжали выполнять свои обязанности наряду с назначенными в центре токрикоками. Им воздавали почести и предоставляли предметы роскоши, а их дети получали образование в специальных школах при дворе в Куско. Но их полномочия были ограниченны. Большинство из них занимались только тем, что осуществляли надзор за сбором дани и отбирали кандидатов для гражданской или военной службы. Каждой провинции довелось стать свидетелем борьбы за власть между вождем племени и инкой-токрикоком, которая происходила в течение неспокойных лет после конкисты. Правители, участвовавшие в коронации Манко, уже к этому времени вернулись в свои провинции и стали заново утверждать центральную власть. В некоторых случаях они брали на себя полномочия автономных местных правителей. Но во многих частях Перу тонкая прослойка администраторов из числа инков растаяла навсегда. И до той поры, пока при помощи своей армии инки не смогли вернуть эту систему, местные вожди вновь стали по традиции править своими племенами, и начали возрождаться племенные божества.

Над самым нижним уровнем социальной структуры инков находился класс людей, известных как «янакона». Они не возделывали землю, не платили дань в общинах, но были в личном услужении у знатных инков. Некоторые из них были искусными ремесленниками; другие были полуквалифицированными рабочими, которые выполняли разную работу по приказу своего хозяина. Янакона быстро признали новых правителей Перу. Они немедленно присоединились к испанцам в качестве личных слуг. Они представляли собой бесценный источник информации для захватчиков. В обмен на их услуги испанцы продолжали освобождать их от обязанности платить дань и дали янакона возможность заняться грабежами и возвыситься за счет своих сородичей. Имея такой стимул, число не платящих дани янакона естественным образом возросло.

Инки объединили в своей империи много земель и сбалансировали ее население при помощи переселения людей. Группы колонистов с исконных территорий инков поселялись в отдаленных провинциях и образовывали там лояльное к власти ядро. Этот слой населения назывался «митмак», которых испанцы называли «митимаес». Во всей империи митимаес составляли ни много ни мало, а треть населения, часть из них была родом с исконных земель инков, другие были депортированы из различных частей страны. С падением центральной власти деревни митимаес по всему Перу превратились в обособленные общины. Теперь они стали главным орудием Манко в установлении заново власти его правителей на местах.

Менее полезными для него были общины подвластных ему племен, которые поселились в Куско. Самыми значительными из них были каньяри, эквадорское племя, которое подверглось жестокому истреблению со стороны Уайна-Капака и Атауальпы. Вождь поселившихся в Куско индейцев-каньяри приветствовал армейскую колонну Писарро, когда она приблизилась к Куско. И индейцы этого же племени, которое с таким энтузиазмом помогало Беналькасару, пошли на службу к испанцам и стали их верными союзниками в Перу. Поэтому Манко оказался в самом Куско окружен индейцами, чья верность вызывала сомнения, и большим количеством янакона, которые предательски сотрудничали с горожанами-испанцами.

Испанцы вряд ли знали о трудностях, которые переживала исполнительная власть инков. Они имели дело с местным населением только при посредничестве горстки переводчиков. Но они негласно поддерживали попытки Манко восстановить управление империей, так как они доверяли ему и предпочитали иметь дело с одним Инкой-марионеткой. Манко в свою очередь поддержал их власть и рекомендовал своим чиновникам оказывать содействие в сборе дани для испанских энкомендеро.

Манко начал строить для себя дворец в Куско, так как таков был обычай для каждого нового правителя. Для этого ему было предоставлено место на склоне горы выше главной площади, между дворцом Касана, в котором разместился Франсиско Писарро, и дворцом Уаскара под названием Колькампата, расположенном на самом возвышенном месте города под утесом, над которым возвышалась гора Саксауаман.