Папа Пий VII требовал для них строгих кар, настаивал на необходимости конфисковать их имущество и обещал щедрые подарки доносчикам. Инквизиция старалась этим требованиям соответствовать, но, что важно, светская власть, считая, что масоны как политические преступники должны быть подсудны только ей одной, часто игнорировала распоряжения инквизиции, а та, в свою очередь, не желала отказываться от прав, которые считала своими. Порой это приводило к трагическим казусам. Француз Жан Рост был в 1817 году приговорен гранадским королевским судом к ссылке в Сеуту, но, когда он прибыл к месту ссылки, инквизиционный трибунал снова его судил и постановил заключить в сеутскую тюрьму. Насколько инквизиция была щепетильна в этом вопросе, видно из факта, имевшего место в 1815 году. Священник Диего Диликадо узнал о существовании в Ла-Корунье масонской ложи и донес об этом городским властям. Инквизиция сочла нужным наказать его за то, что донос был сделан светской власти, а не инквизиционному трибуналу. При этом инквизиция зорко следила за тем, чтобы все масоны — независимо от того, как к их деятельности относилось государство, — проходили через горнило ее трибуналов.

Исключение коснулось лишь тех, кто был явно замешан в антигосударственных действиях. Так, в 1820 году масоны приняли активное участие в восстании против правительства короля Фердинанда VII, и, когда восстание было подавлено, инквизиция никоим образом не претендовала их судить. Впрочем, и без инквизиции специальные военные суды проявляли в отношении масонов необыкновенную жестокость. В 1825 году в Гранаде к смерти приговорили всех семерых членов тамошней ложи, а поступивший в ложу накануне ареста ученик был отправлен на пятилетнюю каторгу.

Со второй половины XVIII века инквизиция стала привлекать к ответственности по обвинению в новой ереси, которую она обычно называла философствованием или натурализмом. Ересь эта, вызванная французским влиянием, была сравнительно сильно распространена среди высшей аристократии, и инквизиция даже подозревала в ней некоторых министров Карла III, но привлечь их к ответственности не решалась.

В 1776 году в натурализме был обвинен портовый чиновник в Кадисе Луис Кастельянос. Натурализм его заключался в словах, сказанных публично, что нельзя ничего определенного знать о Боге и загробной жизни. На суде Кастельянос сначала отрицал свою вину, но затем сознался и молил о пощаде. Севильский трибунал приговорил его к «легкому отречению», конфискации имущества, ношению санбенито и к десятилетней ссылке в Оран, где он должен был прислуживать в госпитале. На аутодафе Кастельяноса вывели одного — это было во всех отношениях показательное мероприятие, на котором в качестве зрителей присутствовали по приглашению инквизиции многие высокопоставленные лица; по замыслу Супремы, им следовало убедиться, сколь строгие наказания ждут последователей французских просветительных идей.

Ту же цель преследовал процесс против адвоката Олавиде, занимавшего высокий пост при севильском губернаторе. На него поступил донос, в котором говорилось, что Олавиде состоит в переписке с Вольтером и Руссо, читает запрещенные книги, не верит в чудеса святых и т. д. Арестованный 14 ноября 1776 года адвокат провел два года в предварительном заключении; были допрошены 72 свидетеля и выявлено 166 высказанных ими еретических мыслей. Инквизиция желала устроить над Олавиде публичное аутодафе с целью устрашить всех, кто разделял его взгляды, однако вина адвоката на это явно не тянула. В конце концов из Рима был получен совет: устроить частное аутодафе, но пригласить на него как можно больше знатных людей, среди которых французская зараза философствования получила особенно сильное распространение. Аутодафе состоялось 24 ноября 1778 года, причем на нем присутствовали многочисленные друзья Олавиде. В течение трех часов инквизитор зачитывал свидетельства о предосудительных идеях подсудимого; в ответном слове адвокат назвал себя жертвой клеветы, но это ему не помогло: его приговорили к конфискации имущества, восьмилетнему заключению в монастыре и запретили посещать многие города; кроме того, он был лишен, равно как его потомство до пятого колена, некоторых гражданских прав. Суровый приговор так потряс Олавиде, что он упал в обморок.

Любопытна его дальнейшая судьба: просидев два года в монастыре, он бежал во Францию, а затем, так как испанское правительство вскоре обратилось к французскому с просьбой о выдаче беглеца, — в Женеву, которую, однако, опять переменил на Париж, когда во Франции вспыхнула революция. Насмотревшись на ее плоды, Олавиде разочаровался во французском Просвещении, посмел говорить об этом вслух и едва спасся от революционной гильотины. В 1798 году он опубликовал покаянную брошюру, которая обратила на себя внимание великого инквизитора Лоренсаны и, по его решению, получила значительное распространение в Испании. Великий инквизитор разрешил Олавиде вернуться на родину, где он и умер в 1804 году.

Приглашение высокопоставленных лиц на аутодафе было прекрасным средством внушить страх тем слабохарактерным «натуралистам», которые, увлекаясь модой, позволяли себе исповедовать просветительные идеи. Так, на следующий день после аутодафе над Олавиде присутствовавший на нем член государственного совета Филипп Саманьего добровольно предстал перед инквизиционным трибуналом и заявил, что читает запрещенные книги. Саманьего представил длинный список книг, прочитанных им, и сказал, что книги эти вселили ему некоторые сомнения относительно истинности тех или иных религиозных начал, но после некоторого размышления он вернулся в лоно католицизма и просит простить его сомнения. Этим заявлением инквизиторы воспользовались, чтобы скомпрометировать ряд знатных людей; от Саманьего потребовали, чтобы он донес на тех, кто с ним говорил и спорил на религиозные темы, кто снабжал его книгами, кому он сам давал эти книги и т.д. В связи с показаниями Саманьего начались расследования против королевских министров Аранды, Кампоманеса, Флоридабланки, О’Рейли, Ласи, герцога Альмодовара, генералов Рикардоеса и Массонеса де Лимы и других важных лиц. Впрочем, инквизиция так и не решилась привлечь их к ответственности — тем более на основании показаний единственного свидетеля, — поскольку все они имели могущественных покровителей при дворе и в Римской курии.

Но не так счастливы оказались те, у кого не было связей в высших светских и церковных кругах. Доктор де Висенте, профессор философии Вальядолидского университета, был обвинен в натурализме, так как в его лекциях обнаружили двадцать подозрительных высказываний, а в одной речи он заявил, что сущность религии состоит не в обрядах, а в добродетели. За это в 1793 году его упекли в тюрьму, и только через восемь лет стараниями своего дяди, инквизитора в Сантьяго, он был объявлен ненормальным и выпущен на свободу. Но и тут его не оставили в покое, поскольку, к несчастью для себя, де Висенте повел себя так, что не оставил сомнения в абсолютной своей нормальности. Трибунал вновь привлек его к суду и продержал еще целый год в тюрьме, пока он публично не покаялся.

В 1796 году подвергся преследованию профессор словесности университета в Саламанке, выдающийся ученый Рамон де Салас. Его арестовали по обвинению в пропаганде идей Вольтера, Руссо и других представителей французской философии. Не отрицая своего знакомства с произведениями этих писателей, де Салас утверждал, однако, что не только не является их поклонником, но даже неоднократно публично и в письменной форме выступал с опровержениями их взглядов. Суд дважды его оправдывал, но у него было среди инквизиторов много врагов, и их стараниями Супрема потребовала пересмотра дела, назначила новый инквизиционный суд, и наконец де Салас, все это время пребывавший в тюрьме, был осужден на изгнание из Мадрида. Дело, однако, дошло до короля Карла IV, и он распорядился отменить приговор. Великий инквизитор Лоренсана был крайне возмущен вмешательством короля в инквизиционное правосудие, и между ним и королевой Марией-Луизой произошел крупный разговор, во время которого королева бросила Лоренсане упрек, что «люди, подобные ему, вызывают в Европе революции». Великий инквизитор вынужден был сдаться — не только Салас остался на свободе, но и был подготовлен королевский эдикт о том, чтобы впредь инквизиция никого не арестовывала, не получив санкции короля. Эдикт этот король так и не подписал, но сам факт его подготовки свидетельствовал, что былая сила инквизиции уже надломлена.