Реванш инквизиции, однако, состоялся не сразу. Варгас и прибывший из Мадрида в качестве специального королевского комиссара маркиз Ломбаи принялись убеждать Филиппа помиловать участников мятежа и ограничить компетенцию сарагосского трибунала исключительно делами религии, и король вроде бы склонялся последовать этому совету. Но так только казалось — на самом деле Филипп усыплял бдительность врагов королевской власти и готовил акцию устрашения. 19 декабря, едва жизнь в Сарагосе вошла в спокойную колею, Варгас неожиданно получил приказ казнить верховного судью Арагонии де Ланусу и арестовать прочих мятежников. Ланусу, по предписанию Филиппа, следовало обезглавить, имущество его конфисковать, а замки и строения сровнять с землей.

Утром следующего дня на рыночной площади уже стоял черный эшафот, и все прилегающие улицы были заняты вооруженными людьми. Объятые ужасом горожане поспешили затвориться в своих домах, и при казни присутствовали одни солдаты. Палач снес Ланусе голову в тот момент, как он возносил молитву Св. Деве.

Затем последовали новые аресты и казни, причем страдали часто люди совершенно невинные, и потому никто не чувствовал себя в безопасности. Дома казненных разрушались, и это стало символом уничтожения местных вольностей. Инквизиция, руки которой наконец-то были развязаны в полной мере, в своей мстительной ярости не отставала от светской власти. Ее тюрьмы были переполнены людьми всех рангов, и аресты не прекращались.

Неожиданно начав репрессии, Филипп столь же неожиданно 17 января 1592 года объявил амнистию, которая не коснулась только руководителей мятежа. Он просил, чтобы и инквизиция, со своей стороны, амнистировала арагонцев, находящихся в ожидании ее суда, однако Супрема ответила отказом, ибо хотела воспользоваться благоприятным моментом, чтобы выкорчевать все корни, из которых могло произрасти в будущем сопротивление ей в Арагонии. Тогда Филипп повторил свою просьбу, говоря, что отсрочка амнистии помешает восстановлению мира и что там, где замешано так много лиц, достаточно наказать наиболее виновных. Но с подобного рода соображениями инквизиция считаться не хотела. 29 апреля Супрема представила королю доклад о своей деятельности, согласно которому в инквизиционной тюрьме Сарагосы содержались 74 арестованных и предполагалось открыть судебное преследование в отношении еще трехсот человек. Королю пришлось согласиться, что это достаточно веская причина для отсрочки амнистии. 20 октября в Сарагосе состоялось аутодафе, на которое вывели 80 человек; за исключением нескольких морисков и одного двоеженца в вину им вменялось сопротивление деятельности инквизиции. Венцом этого аутодафе стало сожжение изображения Переса, сопровождавшееся чтением приговора, в котором перечислялись его многочисленные преступления, в том числе кощунственная хула против Бога, должностные злоупотребления, содомский грех, бегство во Францию, сношения с гугенотами и даже происхождение от еврейской семьи. Почти все это было ложью.

В день этого аутодафе Филипп снова потребовал от инквизиции — настолько твердо, насколько это вообще было возможно, — издания акта об амнистии. Супрема сделала вид, что сдалась, и отправила королю проект амнистии, но почти сразу, на следующий день, сообщила, что получила от сарагосского трибунала еще один список скомпрометированных лиц и просит, чтобы на них амнистия не распространялась. Это было уже слишком! Поэтому Филипп, не вступая в дальнейшую переписку, просто послал проект амнистии в Сарагосу с предписанием обнародовать его уже как указ, что и было сделано 23 ноября с большой торжественностью; в результате более пятисот человек были освобождены от преследования.

Тем временем происходило реформирование местных учреждении Арагонии, сводившееся к полному уничтожению тех вольностей, которые были предметом ее гордости. Независимый арагонский суд — если не номинально, то фактически — превратился в королевский, а все гарантии, установленные против проявлений произвола власти, были отменены; при этом реформы проводились таким образом, будто они были следствием свободной инициативы народа. Все это сопровождалось новой амнистией — для всех тех, против кого возбуждены дела в бытность верховным судьей де Ланусы. Милосердие Филиппа не затронуло только жену Переса и его семерых детей, младший из которых родился в тюрьме.

Перес и его друзья в это время пребывали в Беарне, где их приняла герцогиня Альбре — сестра французского короля Генриха IV. Им удалось убедить Генриха IV, что население Арагонии только и ждет, что кто-то поможет освободиться ему от Испании. Французский король ухватился за идею образовать из Арагонии самостоятельное государство под протекторатом Франции, и в феврале 1592 года около 2000 человек беарнцев под руководством арагонских мятежников перешли границу. Местное население, однако, встретило их неласково. Вскоре эта армия была загнана в заснеженные горы и разбита испанскими войсками, которыми командовал Варгас. Пленных беарнцев он отпустил, а троих видных мятежников — Дионисио Переса, Франсиско Аэрбе и Диего Эредиа — отправил в Сарагосу, где они закончили жизнь на эшафоте.

Антонио Перес в походе не участвовал, хотя и был одним из главных его вдохновителей. Генрих IV назначил ему пенсию, и он поселился во Франции, надеясь еще когда-нибудь вернуться в Арагон в качестве победителя. Но после того, как Франция и Испания в 1598 году заключили мир, эти надежды пошли прахом. 3 ноября 1611 года Перес умер. Жена и дети, пораженные в правах как наследники осужденного инквизиционным трибуналом, стали хлопотать о его посмертной реабилитации, и в конце концов вынесенный Пересу обвинительный приговор отменили, а потомки его были освобождены от последствий, которые обычно влекло за собой осуждение инквизицией.

Когда королевская власть в Испании перешла к Бурбонам, считавшим, что церковь должна служить государству, на инквизицию были возложены функции политической полиции. Во время войны за Испанское наследство Супрема требовала от инквизиторов верности Филиппу V, а в самом факте противления Бурбонской династии стали усматривать ересь. Когда около 1706 года в Испании начались усиленные поиски государственных изменников, инквизиция взяла на себя обязанность преследовать за измену священников, которые не подпадали под юрисдикцию военных и светских судов. И это не единственная услуга, которую она оказала Бурбонам. Во всей красе инквизиция себя проявила, когда во второй половине XVIII века королевская власть решила поставить барьер на пути проникновения в Испанию идей французского Просвещения. Она подавляла всякое живое слово, любой намек на симпатии к Франции. Так, в 1794 году главнокомандующий испанской армией Антонио Рикардо предстал перед мадридским трибуналом по обвинению «в изъявлении симпатии к происходящим во Франции событиям».

Во время Реставрации инквизиция стала политическим орудием в руках короля Фердинанда VII. При известии о побеге Наполеона с острова Эльбы Фердинанд предписал инквизиционным трибуналам следить за теми, кто сочувствует низложенному французскому императору, и когда генерал Реновалес и полковник Пеон бежали в Португалию, трибунал Сантьяго вступил в переговоры о выдаче беглецов в руки инквизиции. Неудивительно поэтому, что во время революции 1820 года, когда народ взял приступом инквизиционную тюрьму в Севилье, там оказались одни только политические заключенные.