Как бы отвечая на эту просьбу, великий инквизитор Бернардо де Сандовал-и-Рохас издал 12 ноября 1613 года эдикт, согласно которому книги, не имеющие отношения к религии и церкви, но исходящие от авторов, другие произведения которых признаны еретическими, следовало пометить особо, и читать их разрешалось только приору монастыря, главному библиотекарю и профессорам; теологические произведения, сочинения по истории церкви и папства должны были быть помещены в особую комнату, и их читать могли лишь приор и главный библиотекарь с особого разрешения великого инквизитора и Супремы. Раввинские сочинения и Библии с еретическими комментариями на испанском языке также было предписано держать в особом месте и на них сделать отметку, что они запрещены; их разрешалось читать приору, главному библиотекарю и профессорам. Наконец, медицинские сочинения, написанные авторами, книги которых признаны запрещенными, мог читать только монах, заведующий аптекой в Эскуриале.

Пристальное внимание со второй половине XVI века инквизиция стала обращать на книги, ввозимые из-за границы. Отчет севильского трибунала от 25 сентября 1558 года дает представление о том, как инквизиторы боролись с иностранными книгами. «Мы получили, — говорится в нем, — приказ о принятии мер против привоза книг на судах, и с нашей стороны было сделано все возможное, чтобы этому помешать. В момент прибытия судов мы отдали распоряжение тщательно обыскать суда. Находящиеся на судах товары могли быть выгружены лишь после того, как мы твердо установили, что в мешках не зашиты иностранные или вообще запрещенные книги. Найденные нашими комиссарами в различных гаванях книги отправлены инквизиционному трибуналу, а товар, предназначенный в Севилью, запечатан и может быть распечатан лишь в присутствии ревизора инквизиции, который удостоверит, что нигде нет никаких книг. Все книги, которые, как нам кажется, прибыли в Севилью водой или вообще доставлены сюда из других городов, переданы трибуналу для просмотра, и те, что были найдены им подозрительными или вредными, задержаны». И т.д. Подобно ввозу и вывоз книг нуждался в особом разрешении и зависел от усмотрения инквизиционных ревизоров. Например, в 1560 году по распоряжению Супремы была обыскана библиотека кардинала Поле, отправленная из Испании в Венецию.

Дабы ученые-теологи могли опровергать еретические утверждения, некоторым из них разрешалось читать даже самые «вредные» книги. Сначала такое разрешение мог дать только папа, но затем это право присвоили себе инквизиторы. Лицензии на чтение еретических сочинений стали выдаваться не только Римской курией, но и Супремой и даже, без особых затруднений, отдельными трибуналами; последние, как правило, делали это за определенную мзду. Чтобы положить конец злоупотреблениям, Супрема отобрала в 1547 году все выданные раннее трибуналами лицензии.

В последующие годы разрешения на чтение еретических книг выдавались в ограниченном количестве, причем в отдельные периоды дело было поставлено так, что даже король не мог в этом вопросе пренебречь мнением инквизиции.

В 1640 году Филипп IV сообщил великому инквизитору Антонио де Сотомайору, что он давно уже в свободное время читает «Историю Флоренции» итальянского историка Гвиччардини; теперь, узнав, что она запрещена, его величество просил выдать ему разрешение на чтение как этой книги, так и других запрещенных книг, не имеющих религиозного характера. Со временем выдача разрешений стала зависеть лишь от великого инквизитора, причем одни великие инквизиторы раздавали их довольно щедро, а другие, наоборот, крайне скупо. В 1747 году, однако, великий инквизитор Прадо-и-Куэста вынужден был опять аннулировать все лицензии ввиду того, что многие из них оказались в руках случайных людей.

Порой цензура испанской инквизиции принимала политический характер. При Филиппе IV она активно выявляла книги, которые содержали в себе непочтительные слова о короле и его приближенных. Весьма показательно и то, что инквизиционная цензура выступила на стороне королевской власти в ее борьбе против чрезмерных притязаний Римской курии. Последняя включала в свои Index’ы сочинения, которые призывали ограничивать власть пап, за что, собственно говоря, боролись испанские монархи, и поэтому испанская инквизиция некоторые из этих Index’oв просто не принимала во внимание. В свою очередь, Филипп IV поддержал инквизиционную цензуру, когда она перестала признавать за Римской курией право запрещать в Испании какие-либо книги. Когда в Риме нашли необходимым внести в Index книгу Галилея «Диалог о двух главнейших системах мира» (1632) и папский нунций распорядился прибить к дверям испанских церквей эдикт о запрете этой книги, не испросив разрешения великого инквизитора, инквизиция обратилась за помощью к Филиппу IV. Великий инквизитор Антонио де Сотомайор говорил королю, что в борьбе между королевской властью и абсолютистскими стремлениями Рима инквизиция всегда становилась на сторону первой и не запрещала, несмотря на требование Римской курии, те книги, которые защищали прерогативы королевской власти; было бы поэтому справедливо, чтобы Филипп теперь принял сторону инквизиции и не допустил вмешательства Рима в цензуру книг на подвластной ему территории. Филипп внял этой просьбе, и имя Галилея действительно так и не попало на страницы испанских индексов.

В 1634 году Филипп IV, раздраженный запрещением книг, выступавших в защиту королевских прерогатив, известил папу Урбана VIII, что он примет меры к изъятию книг в защиту папской власти, если курия не изменит своей цензурной политики. Угрозы эти не возымели действия, и тогда в октябре 1646 года Филипп обратился к Супреме с просьбой высказаться о действиях Рима. Супрема эти действия самым резким образом осудила, указав, что многие книги, запрещенные курией, написаны в самом что ни на есть католическом духе. В ноябре 1646 года Филипп опубликовал эдикт, которым папские распоряжения о ряде книг были признаны недействительными. Одновременно папский нунций получил строгое внушение, а испанскому послу при курии было велено сообщить курии о твердом решении короля стоять на страже интересов собственной власти и инквизиции. Но и после этого Рим не сразу счел себя побежденным, и инквизиции стоило немало труда окончательно вытеснить курию из области цензуры, которой Супрема желала владеть безраздельно.

Надо признать, что, хотя инквизиция не была политическим учреждением, испанская светская власть порой использовала ее для достижения политических целей. Так, в 1507 году, когда знаменитый Чезаре Борджиа, сын папы Александра VI, после многих перипетий бежал в Наварру, где стал во главе войска наваррского короля Жана III, Фердинанд II попытался уничтожить своего врага, убеждая инквизицию, что Чезаре Борджиа святотатец, атеист и материалист. Когда Фердинанд в 1516 году умер и низложенный за четыре года до этого Жан III попытался силой вернуть себе Наварру, испанское правительство привлекло инквизицию к следствию, которое выявляло сочувствующих бывшему наваррскому королю. Инквизиция тем охотнее оказала эту услугу Испании, что опасалась победы Жана, который не хотел ее чрезмерного усиления.

Нередко также светская власть обращалась к инквизиции, когда желала наказания духовного лица, оказавшегося в оппозиции к ней. Так, пострадал известный историк иезуит Хуан Мариана. В 1609 году он издал в Кельне книгу с рассуждениями об испанской монетной системе, в которой содержалось немало резких выпадов в адрес правительства и, в частности, королевского фаворита герцога Лермы. Так как Мариана занимал видное положение, правительство не решилось прямо выступить против него, но Филипп III по инициативе Лермы обратился к папскому нунцию, который, со своей стороны, побудил толедский трибунал начать против Марианы преследование. Мариана был арестован и просидел в тюрьме год, и случай с ним далеко не единственный. Сохранился меморандум, направленный в 1632 году барселонским инквизиционным трибуналом королю Филиппу IV, где перечисляются услуги, оказанные трибуналом, среди которых были и аресты влиятельных лиц. Впрочем, и без всего этого очевидно, что королевская власть при необходимости опиралась на помощь прекрасно организованной и распоряжавшейся бесчисленными шпионами инквизиции. Почти во всех интригах, случавшихся при дворе, можно отыскать след инквизиции. Среди прочего, например, она сыграла важную роль в падении фаворитов Родриго Кальдерона и Оливареса.