Тому, что Манко отправил с Альмагро свою армию, были даны разные толкования. Согласно одной версии, он избавлял Куско от двух потенциальных соперников, но Паулью и Вильяк Уму всегда были его самыми пылкими сторонниками до самого своего отъезда. Согласно другой, Паулью сам подстроил так, чтобы его отправили в экспедицию, с целью втереться в доверие к испанцам и приобрести влияние в южной части Перу. Но у Паулью не было причин предполагать, что его присутствие в экспедиции заставит Альмагро перенести свою любовь с Манко на него. Третья версия состояла в том, что Манко решил поднять восстание и отослал Паулью, велев ему уничтожить армию Альмагро в соответствующий момент. Вероятно, истинное объяснение значительно проще. Манко все еще надеялся править империей инков в сотрудничестве с испанцами. И поэтому он был только рад отправить в эту большую экспедицию сильную армию под командованием своих самых надежных сторонников, как он это делал во время других военных кампаний в течение 1534 года. А эта экспедиция казалась отличной возможностью продемонстрировать его личную власть над южной частью империи.

После того как из Куско быстро, один за другим, уехали испанские военачальники и многие его испанские жители, Манко остался в городе, управляемом молодыми Хуаном и Гонсало Писарро. При попустительстве этой безответственной парочки Манко в течение последних месяцев 1535 года все больше и больше подвергался притеснениям и оскорблениям. Такое обращение с самим Инкой отражало все более ужесточающееся отношение к коренному населению по всей стране. Те ограничения, которые с таким трудом наложил Писарро в начале завоевания, остались в прошлом. С появлением армии Альварадо из Кито и с увеличением числа испанцев-авантюристов за счет прибывших из стран Карибского бассейна завоеватели почувствовали, что их власть в стране в безопасности. Самые последние вновь прибывшие конкистадоры, которые пропустили возможность обогатиться вместе с первыми завоевателями, часто были наиболее жестокими с коренными жителями страны.

Это особенно касалось людей Альварадо, проявивших такую бесчеловечность во время похода на Куско, которые теперь находились в составе чилийской экспедиции Альмагро. Вместе с этой экспедицией был священник Кристобаль де Молина, записи которого отражают его отвращение к ним. «Всех индейцев, которые не хотели идти с испанцами добровольно, связывали веревками и цепями и все равно уводили. Каждую ночь испанцы держали их в тюрьмах с очень суровыми условиями, а днем вели их, сгибающихся под тяжестью поклажи и умирающих от голода, дальше». Многие индейцы убегали из своих деревень, скрываясь от вербовщиков Альмагро, а вожди возмущались его требованиями отдать золото, переданными через Паулью. Отряды испанских всадников охотились за убежавшими жителями деревень. «Когда они их находили, они приводили их назад в цепях. Они также уводили их жен и детей, забирая себе привлекательных женщин в личное услужение и не только для этого… Когда кобылы некоторых испанцев жеребились, они приказывали индейским женщинам нести жеребят на носилках. Другие, в качестве развлечения, заставляли себя нести в паланкине, а лошадей вели в поводу, чтобы они стали здоровее и толще». Индейцы-носильщики «работали целыми днями без отдыха, получали только немного жареной кукурузы и воды в качестве еды, а на ночь их варварски запирали. Один испанец из этой экспедиции посадил на цепь 12 индейцев и хвастался, что все 12 так и умерли на этой цепи. Когда умирал какой-нибудь индеец, они отрезали его голову, чтобы устрашить других и чтобы они боялись даже пытаться снять свои кандалы или открыть висячий замок на цепи».

Участники этой экспедиции усовершенствовали способы ведения облав, известные как «ранчеандо». Педро Писарро описал это как «грабеж, попросту говоря». «Испанцы поощряли своих слуг-индейцев и негров становиться грабителями. В лагере испанец, который проявил себя как жестокий налетчик и убил многих индейцев, считался хорошим человеком с достойной репутацией. Всякого, кто пытался обращаться с индейцами хорошо или защищать их, презирали». В результате из-за своих жестокостей отдельные группы испанцев подверглись нападениям из засады и были уничтожены индейцами с Боливийского плато и племенами на юго-восточной окраине империи инков. Не было такого организованного сопротивления, какое встретил со стороны армии инков Беналькасар по дороге в Кито. Но экспедиция претерпевала большие трудности и серьезные потери на высокогорных перевалах в Чили. В конце октября верховный жрец Вильяк Уму скрылся в местечке Туписа и отправился назад в Куско. В провинции Копьяпо «все индейцы, которых они привели из Куско, сбежали, и у испанцев не осталось ни одного человека, который мог бы принести им даже кружку воды».

Жестокости, творимые чилийской экспедицией, повторялись на всей территории Перу. В населении «рос гнев, где бы ни проходили испанцы. Это происходило потому, что испанцы были недовольны тем, как им служили коренные жители, и в каждом городе пытались ограбить их. Во многих местах индейцы не желали с этим мириться, начинали бунтовать и организовывать отряды самообороны. Без сомнения, испанцы зашли слишком далеко в своих притеснениях». Чужестранцы, которых когда-то приветствовали как посланных самим провидением союзников в борьбе с китонской армией Атауальпы, теперь вступали во владение земельными наделами, которые они получили в награду за свои завоевания. Конкистадоры требовали большое количество местной продукции: лам, овощей, тканей, дров, драгоценных металлов. Также им должны были служить сотни индейских мужчин и женщин. Если где-нибудь находились рудники, индейцев заставляли в них работать, особенно в золотых рудниках Кальяо, которые относились к королевским владениям.

Испанцы приехали без европейских женщин. Хотя высота над уровнем моря снижает половое влечение в мужчинах, привыкших жить на равнинной местности, испанцы, естественно, хотели и брали туземных женщин. Во многих случаях они поселялись с одной постоянной индианкой-наложницей. Индейцы не возражали против этого, а самих женщин зачастую привлекали отважные чужеземцы. «Индианка, которая оказалась наиболее привлекательной для испанцев, очень гордилась этим». Но разрушительные действия захватчиков подорвали национальную социальную структуру. «С этого времени они взяли привычку пользоваться проститутками и перестали жениться, как раньше, так как ни одна женщина приятной внешности не могла чувствовать себя в безопасности у мужа: было бы чудом, если бы она сумела скрыться от испанцев и их слуг-янакона».

Испанские военачальники выбрали для себя принцесс королевской крови, женщин, которые при обычных условиях могли бы лечь в постель только с самим Инкой или с принцем королевской крови. Сам Франсиско Писарро жил с дочерью Уайна-Капака Киспе Куси, которая была известна испанцам под именем Инее Уайльяс Ньюста: фамилии Уайльяс или Юпанки испанцы присваивали членам королевской фамилии Инков. «Ньюста» означало «принцесса крови», в отличие от «койя» — так называли королеву-сестру Инки — или от «палья», то есть женщин благородного происхождения, но не королевской крови. Писарро был пятидесятишестилетним холостяком, у которого никогда не было жены в Европе. Он был просто сам не свой от радости, когда в декабре 1534 года пятнадцатилетняя Инес родила ему в Хаухе дочь. Девочку торжественно крестили в крохотной церкви в Хаухе и нарекли Франсиской, и даже нашлись жены-испанки трех конкистадоров, которые стали ей крестными матерями. Испанцы и индейцы устроили турниры и празднования в честь этого события, так как все были рады таким последствиям от союза испанского военачальника и члена королевской семьи Инки. Писарро часто играл со своей дочерью Франсиской и сделал так, что королевским указом от 27 мая 1536 года она была признана его законным ребенком. В 1535 году Инес родила Писарро сына, которого он назвал Гонсало. Впоследствии губернатор выдал Инес замуж за своего сподвижника Франсиско де Ампуэро; их потомки являются в настоящее время сильным перуанским кланом Ампуэро.