После прибытия магистра на Кипр в 1300 г. период кризиса прошел. Гийом имел богатый опыт управления, и принятые в процессе работы Генеральных капитулов решения принесли свои плоды, оставив свой след в первоначальной истории Госпиталя. Были ограничены права магистра, и возросла роль капитулов. Были реформированы органы управления провинций, созданы новые должности и расширены полномочия старых бейлифов. Сохранение и дальнейшее развитие Госпиталя после 1310 г. стало возможным отчасти благодаря новым статьям устава Гийома.

Он умер в 1305 г., перед 3 ноября. Его преемником стал его племянник Фульк де Вилларе, который был в 1299 г. адмиралом, а в 1301 г. – Главным командором. В начале 1303 г. он уже не занимал эту должность, но позднее в этом же году его вновь назначили командором, и одновременно он исполнял обязанности магистра. Как и его дядя, Фульк умел очаровывать людей; и, возможно, его большая популярность была причиной того, что его выбрали магистром. Он был талантлив, хорошо разбирался в финансовых вопросах. Его правление имело блестящее начало, но закончилось отставкой и позором. Еще до 1310 г. в его поведении проявились характерные черты: легкомыслие и самонадеянность. В 1303 г. он попытался привлечь к ответственности несколько братьев за якобы имевшее место с их стороны нарушение устава, а в 1308 г. он явно с показной храбростью начал подготовку к крестовому походу. В начале его правления, помимо внутренних неурядиц на Кипре, произошли три события, которые имели важнейшие последствия для ордена Святого Иоанна: захват Родоса, падение ордена тамплиеров и решение о проведении нового крестового похода в 1308–1310 гг.

Политический кризис на Кипре, разразившийся в 1306 г., еще раз выявил уже ставшие традиционными пристрастия духовно-рыцарских орденов: госпитальеры поддержали короля, тамплиеры – его противников. Брат короля, Амори де Лузиньян, сеньор Тира, замыслил мятеж. Многие исследователи согласны с тем, что в немалой степени его причиной было непомерное властолюбие Амори. Но понятно и то, что Генрих был эпилептиком и не мог управлять должным образом. 26 апреля 1306 г. собралась большая толпа рыцарей и горожан, которые присягнули на верность Амори. Была оглашена декларация, в которой говорилось о жалобах на плохое правление и о том, что Амори избран «ректором, правителем и администратором» королевства. В ней также было сказано, что тамплиеры и госпитальеры пострадали из-за того, что при короле они не смогли добиться справедливости в суде. Госпитальеры вначале сохраняли нейтралитет, а тамплиеры открыто поддержали Амори. Генрих горько жаловался на то, что тамплиеры постоянно выступали против его династии, с тех пор как ее представитель взошел в 1269 г. на трон Иерусалимского королевства. Было также заявлено, что Жак де Моле, магистр тамплиеров, поддержал мятеж, потому что он занял 30 тысяч безантов у сеньора Тира. Де Моле, казалось, поддерживал заговорщиков с самого начала, но он связался с Фульком де Вилларе, чтобы попытаться вместе с ним добиться соглашения между королем и его братом, хотя, возможно, он скрывал свои истинные намерения. 29 апреля два магистра выступили посредниками. Переговоры продолжались более двадцати дней, и, наконец, соглашение было достигнуто. Королю гарантировали выплату годового дохода и предоставление достаточных денежных сумм для покрытия его расходов, королеве-матери выплачивалась ежегодная рента. В 1307 г. это соглашение было подтверждено грамотой и скреплено печатью в присутствии Генриха, Амори и магистров тамплиеров и госпитальеров.

Генрих удалился вместе со своим семейством в свое загородное поместье в Стровило. Римская курия теперь рассматривала вопрос о правителе Кипра, и обе партии согласились дождаться ее окончательного решения. Однако в январе 1308 г. до Амори дошли слухи о том, что отряд рыцарей намеревался прийти на помощь Генриху. Тамплиеры, которых подозревали в намерении ослабить королевство, вызвав разногласия в обществе, оказались среди тех, кто во всеоружии прибыл в Никосию, чтобы помешать королю и его сторонникам захватить власть в стране. Епископы Фамагусты и Лимасола, викарий кафедрального собора в Никосии, командор Госпиталя и другие влиятельные деятели предприняли еще одну попытку прийти к всеобщему согласию в королевстве. Сопротивление Генриха было сломлено, и к нему отправилась делегация, в которую входили маршал храмовников и командор Госпиталя; они принудили короля подписать жалованную грамоту на вечное владение Кипром, даруемое сеньору Тира.

Теперь Амори начал преследовать тех, кто симпатизировал Генриху. В 1309 г. отношения между братьями еще более обострились; Генрих по-прежнему не признавал власть Амори. Правитель был обеспокоен, потому что готовился новый крестовый поход во главе с госпитальерами, и он хотел укрепить свое положение, пока не прибыли крестоносцы. Он знал о враждебном отношении к нему папского двора и понимал, что крестовые походы часто влекут за собой неожиданные политические конфликты. Он вполне мог задать себе вопрос, а почему бы французам не потребовать корону Кипра или Иерусалимского королевства для одного из младших сыновей Филиппа IV Красивого; эта идея, несомненно, зрела во Франции. На протяжении всего августа 1309 г. Амори старался убедить Генриха признать его правоту. К королю была отправлена депутация, в состав которой входил Ги де Севрак, Главный командор Госпиталя, чтобы еще раз напомнить ему о том, что даже папа недавно обратился к Амори, как к законному правителю. Но король продолжал упорствовать. Он заявил, что он не вмешивается в дела управления Амори, но не признает за ним такого права, потому что его вынудили приложить свою печать к документу, позволившему Амори править, именно в тот самый момент, когда он был лишен возможности получить необходимый ему юридический совет. Генрих остался непреклонным, даже когда Симон Ле Ра, маршал госпитальеров, был отправлен к нему, который, как полагали, смог бы уговорить его.

Амори потерял терпение и решил отправить короля в изгнание. Его жена Изабелла убедила своего брата Ошина, царя Киликийской Армении, принять Генриха и обеспечить его содержание под стражей. В феврале 1310 г. опальный король отплыл за море. Однако 5 июня Амори убил его же фаворит Симон де Монтолиф. Ситуация изменилась, и теперь уже госпитальеры могли прийти на помощь Генриху. Мы уже видели, что они предпочитали не вмешиваться в спор между братьями. В день убийства Амори конвентуальный приор Жан Лаодикейский вместе с четырьмя или пятью братьями и папским нунцием Раймундом де Пеном отправились на аудиенцию к правителю. Благодаря им и был обнаружен труп. Госпитальеры в это время участвовали в завоевании Родоса, а также готовились к крестовому походу. Поэтому они не могли принять участие в событиях на Кипре. Тем не менее их симпатии были хорошо известны. Когда Симон Ле Ра захотел во второй раз встретиться с Генрихом, Амори запретил ему это, опасаясь его истинных намерений. И мы действительно увидим, что смерть Амори сразу же породила слухи, что к убийству причастны король и госпитальеры.

В день смерти Амори Главный командор госпитальеров Ги де Севрак прибыл в Фамагусту. Вначале он не осмелился сойти с галеры на берег; до него дошел слух о том, что Амори гневается на госпитальеров из-за того, что они поддержали короля. Ги вернулся из Киликии, где он пытался убедить царя Ошина освободить Генриха. Ошин спросил, заключен ли мир между Амори и сторонниками короля. Главный командор дипломатично, но, вероятно, неискренне ответил, что он полагает, что это произошло, потому что переговоры проходили успешно, когда он отплыл с Кипра. Царь Ошин пожелал, чтобы киприоты пришли к соглашению, потому что содержание под стражей Генриха является тяжелым бременем, и Ги обещал, что приложит все усилия для того, чтобы добиться примирения. Ошин не позволил ему увидеть Генриха, но Ги смог получить послание от короля Кипра, в котором тот обещал прощение всем его оппонентам и назначал магистра госпитальеров регентом на время своего отсутствия.