ВЧК была боевым отрядом партии большевиков. Все руководящие должности вертикали управления в ней как в центре, так и на местах занимали партийные функционеры, направлявшие работу специалистов контрразведывательного дела в нужном для большевиков русле. На деле основной задачей Особых отделов стала не борьба со шпионажем, а выявление «контрреволюционных элементов», организация тотального контроля и слежки за старыми военными специалистами, за всеми подозрительными военнослужащими в Красной армии.

Приказом РВСР № 477/67 от 26 декабря 1918 г. введены типовые штаты полевых управлений фронтов и армий: оперативное управление штаба фронта и оперативный отдел штаба армии включали в себя разведывательные отделения.

Из справки о деятельности Военно-статистического отдела Всероссийского Главного штаба (ВГШ) по состоянию на декабрь 1918 г.: «После государственного переворота (не после революции, а именно после «государственного переворота»!!! - B.C.) был прекращен отпуск денег Главному управлению Генерального штаба на секретные расходы ввиду стремления сократить ассигнование денежных сумм на непроизводственные надобности. Вследствие прекращения отпуска денежных средств заграничная агентура должна была прекратить свою деятельность. Подписание Брестского мира и последовавший затем перерыв в связи с нашими военными представителями в союзных и нейтральных государствах повлекло полное прекращение донесений из-за границы».

По данным агентурной разведки Колчака: «В Советской России до 85 % фабрик и заводов приостановило работу из-за недостатка топлива и сырья, в связи с чем ВЦИК решил ввести в этой области строгий военный режим и постановил учредить госсовет рабоче-крестьянской обороны под председательством В.И. Ленина. Несмотря на повсеместное недовольство населения, мобилизация в Красную армию идет довольно-таки успешно».

По данным агентурной разведки Японии: «Между главой советского правительства В.И. Лениным и председателем Реввоенсовета Республики сложились очень натянутые отношения. Поскольку второй популярен в народе, то первому нелегко его удалить. Ленин не пользуется германскими ссудами, Троцкий же является верным другом Германии».

Приказом № 34 от 3 января 1919 г. Регистрационному управлению Полевого штаба была подчинена вся агентура штабов фронтов и армий.

9 января 1919 г. РВСР приказал всем штабам военных округов, кроме Петроградского и Орловского, передать органы агентурной разведки в соответствующие штабы фронтов и армий. Аналогичные структуры действующей армии и штабов Петроградского и Орловского военных округов были к этому времени уже подчинены Регистрационному управлению ПШ.

В ходе Гражданской войны появилась необходимость выделять командиров в бою. С этой целью приказом РВСР № 116 от 16 января 1919 г. для строевых командиров вводятся знаки различия — цветные петлицы на воротники (по родам войск) и командирские нашивки на левый рукав, выше обшлага.

31 января 1919 г. РВСР дополнил штатРегиструпра 2-м отделом. Был создан морской разведывательный агентурный отдел.

В Берлине произошли бои между революционерами-спартаковцами и правительственными войсками.

6 февраля ВЦИК утвердил «Положение об Особых отделах при Всероссийской Чрезвычайной Комиссии». Они должны были бороться с контрреволюцией и шпионажем в армии и на флоте, следить за военачальниками, изучать настроения в армейской и флотской среде. Кроме того, Особые отделы занимались разведывательной работой за границей и на территориях, занятых белой армией и иностранными державами. Этот отдел возглавил сам Дзержинский.

Ввиду высокого положения и авторитета наркомвоенмора Троцкого в положении подчеркивалось, что Особые отделы будут действовать под контролем Реввоенсовета Республики. На деле Троцкий был более важной фигурой, чем председатель ВЧК.

Поэтому военные чувствовали себя уверенно и не боялись чекистов. В Гражданскую войну, например, разгневанный командарм запросто мог арестовать начальника Особого отдела, если у них не складывались отношения. Лишь после ухода Троцкого из армии ситуация радикально изменится. Подчиненность Особых отделов военным отменят в 1931 — м, и с этого момента военная контрразведка окончательно выйдет из подчинения армии.

Из-за одиозности в деятельности органов ВЧК, в том числе и Особых отделов, 17 февраля 1919 г. ВЦИК принимает постановление «О Всероссийской Чрезвычайной Комиссии». Документом полномочия чекистов несколько ограничивались: право вынесения приговоров по делам, расследуемым ЧК, вновь передавались ревтрибуналам. Но комиссия могла применять внесудебные репрессии в случае вооруженных выступлений и в местностях, объявленных на военном положении.

Дела с кадрами агентуры Региструпра обстоят крайне плохо. Разведку делает эффективной ее агентурная сеть, а у ведомства ее не было. В первую очередь это связано с недостатком людей, не только желающих, но и способных заняться агентурной работой. Попытки привлечь к такой деятельности бывших тайных военных агентов русской армии, как правило, терпели неудачу, поскольку они испытывали глубокое недоверие к советской власти. Вербовка агентов из интеллигенции также не дала результатов. Осталось последнее средство — партийный набор. Но и здесь руководство Региструпра ждало разочарование. Из 20 партийных работников, мобилизованных с ноября 1918 по январь 1919 г., тринадцать оказались изначально непригодны к агентурной работе, а еще двое давали сведения, но весьма посредственные, и толку от них было мало.

19 февраля 1919 г. начальник Агентурного отделения Региструпра В.А. Срывалин в докладе на имя начальника Агентурного отдела Г.Я. Кутырева пишет следующее: «В настоящее время крайне затруднено обследование агентов (из партийных) с нравственной и деловой стороны их качеств. Запас старых партийных работников исчерпан с первых дней октябрьской революции — все они заняли высокие административные посты. Коммунисты же октябрьского и более поздних сроков в большинстве не поддаются обследованию вследствие постоянно меняемых ими специальностей службы, непродолжительности сроков этой службы и отсутствия достаточно авторитетных лиц, которые могут дать оценку личности того или другого человека». Далее идет речь о том, что, несмотря на солидные рекомендации, данные кандидатам даже членами Совнаркома, те их не оправдывали по лично-моральным качествам и в конечном итоге становились обузой в кадрах разведки, от которой было чрезвычайно тяжело избавиться.

Ярким примером этого являются события, связанные с сотрудником военной разведки, имевшим псевдоним Бирзе. На самом деле это был латышский полковник А.И. Эрдман. Являлся одним из руководителей савинковского Союза защиты Родины и свободы. Под видом лидера поддерживающих советскую власть анархистов он втерся в доверие к Ф. Дзержинскому и был назначен одним из руководителей Региструпра («крышевая» должность ВЧК в центральном аппарате военной разведки). Представитель «чрезвычайки» был грозой региструпровских военспецов. Его люто ненавидели, но с ним не связывались.