Переписка велась с использованием шифра. Так, например, разведывательное отделение 14-й армии для обеспечения резидентов и ходоков имело 23 собственных шифра.

Внешние ходоки использовались по двум направлениям: непосредственно для ведения разведки в выделенном районе и в качестве курьеров (агентов-связников) между Центром и резидентом или между резидентом и его агентами внутри резидентуры (в этом случае роль Центра выполнял резидент).

По возможности агенты, отправляющиеся на задание, обеспечивались разведывательными отделениями штабов армий легализационными документами, необходимыми им для передвижения в тылу противника и деньгами. Так, разведывательное отделение штаба 14-й армии для этой цели имело 179 чистых бланков паспортных книжек, бланки различных удостоверений, аттестатов, свидетельств, земских книжек и 278 различных печатей. На первых порах агентов снабжали советскими деньгами, которые в деникинском тылу хождения не имели. Отправляя агентуру на Украину, советская военная разведка удачно использовала 50 миллионов украинских кредитных билетов, выпущенных в свое время Украинской Центральной радой и хранившихся в Народном банке Советской республики.

Вся агентура была поставлена на ежемесячное денежное довольствие с выплатой премий за выполнение заданий. Резидент получал оклад эквивалентный 3 тысячам советских рублей в месяц, внешний ходок 2,5 тысячи рублей, внутренний — 2 тысячи рублей.

Для экипировки агентов использовалась одежда, конфискованная у имущих классов.

В условиях Гражданской войны, когда фронт боевых действий являлся чрезвычайно маневренным, а дислокация воинских частей постоянно менялась, было почти невозможно организовать систематическое и непрерывное изучение противника на определенном участке. Не раз случалось так, что только разведка приступала к созданию агентурной сети во вражеском тылу и прифронтовой полосе, как воинская часть, а вместе с ней и штаб перебрасывали на другой участок фронта, и вся работа шла прахом. Имевшаяся агентура передавалась от штаба к штабу в редких случаях. Обычно вновь прибывшим на данный участок фронта приходилось все создавать заново. При этом разведка строилась на подвижных агентурных сетях. Они состояли в большей степени из агентов-ходоков и отдельных резидентов со своей агентурой. На практике процесс их создания происходил следующим образом: в разведываемый район направлялось несколько резидентов, иногда им придавались агенты-ходоки. Также просто-примитивно организовывалась и связь. Например, штаб 9-й армии рекомендовал резиденту: «Если долго не возвращается агент, посланный с донесением, то посылать другого с таким же донесением». Ценные сведения обычно направлялись с двумя разными агентами. Агент-резидент не имел права покидать пункт дислокации своей резидентуры.

Однако не все полевые штабы, особенно армейские, имели резидентов. Тогда основу сети составляли ходоки. Их отправляли в тыл противника как в одиночку, так и большими группами (иногда по нескольку десятков человек). За линией фронта они веером расходились по своим направлениям, охватывая целые районы и области. Многие из них получали не только один и тот же район разведки, но и одно и то же задание с простым расчетом: не дойдет один, доберется другой.

Вскоре стало ясно, что разведка, основанная на подвижных агентурных сетях, не в состоянии обеспечить командование регулярно поступающей, полной информацией о противнике. Сведения, добываемые агентами-ходоками, были отрывочными. Основными способами их получения являлись наблюдение, осведомление и подслушивание. В то же время в поле зрения агентов постоянно держались печатные средства массовой информации района пребывания. Газеты и журналы изучались на местах, так как доставка белогвардейской прессы через линию фронта была крайне затруднена, а порой и просто невозможна.

Возможности Региструпра по ведению глубокой разведки значительно расширились после установления связи с большевистским подпольем. В те годы по партийной линии во вражеском тылу создавались подпольные органы РКП(б) и партизанские отряды, составной частью деятельности которых был сбор разведывательных сведений и материалов. Для руководства ими формировались Зафронтовые бюро ЦК(б) и зарубежные партийные бюро РКП(б). Так, Зафронтовое бюро ЦК большевиков Украины руководило подпольем и партизанским движением на Украине, в Крыму и на Дону. Зарубежные бюро были созданы в Польше, Финляндии, Латвии, Белоруссии и Эстонии.

При ряде Зафронтовых и Зарубежных бюро создавались разведывательные органы — регистрационные бюро, некоторые из них возглавлялись руководителями Зафронтовых и Зарубежных организаций: Эйно Рахья (Финбюро), Станислав Коссиор (Зафронтовое бюро ЦК(б)У), Иосиф Уншлихт (Польское бюро).

В июле 1919 г. состоялся очередной выпуск курсов разведки (по 4-месячной программе) в количестве 60 военнослужащих, поступивших на них в апреле.

В РСФСР за семь месяцев 1919 г. было осуждено около 100 тысяч злостных дезертиров, из которых больше половины направлено в штрафные части, а 600 человек — расстреляно. Помимо виновных в трусости и «мелком мародерстве» в штрафные подразделения приказом революционного военного трибунала направлялись рядовые красноармейцы, уличенные в саморанениях, или, как называли позже в официальных документах, в членовредительстве, что, по сути, являлось в годы войны государственным преступлением.

В течение июня — августа 1919 г. ВЧК раскрыт ряд заговоров против советской власти среди военспецов Полевого штаба РВСР.

18 августа 1919 г. решением оргбюро ЦК Дзержинский был утвержден по совместительству и начальником Особого отдела ВЧК, на который возлагался контроль над армией. В этот период возникли сильные противоречия между ним и Троцким: первый настаивал на формировании собственных боевых частей ВЧК, второй же считал, что не нужно создавать какие-то отдельные армии, не подчиненные наркому по военным и морским делам и председателю Реввоенсовета Республики, то есть — ему.

С апреля по август 1919 г. на нужды мировой революции структурам Коминтерна в Англии, Франции, Голландии, Балканских странах, Италии, Германии, Венгерской советской республике (образована 21 марта 1919 г.), Австрии и Америке отправлено ценностей на сумму 3 423 500 рублей, в том числе на Балканы — 1 миллион рублей, в Венгрию — 21 тысяча рублей.

Деньги поступали из Наркомата финансов, Госбанка, ЦК РКП(б) и ЧК.

Причастность бывших офицеров Генерального штаба, занимавших руководящие должности в Красной армии, к действительным и мнимым заговорам привела к созданию специальной комиссии для проведения чистки разведорганов от ненадежных элементов и военных специалистов. По указанию ЦК РКП(б) решено окончательно превратить разведку в классовый орган, доверив дело ее организации и ведения только членам партии.

16 сентября 1919 г. издан приказ РВСР, где говорилось: «С 15 сентября 1919 г. Институт Консультанства при Регистрационном Управлении РВСР упраздняется. Личный состав передается в распоряжение Полевого штаба для немедленного назначения на фронт».