Разведывательное отделение Оперода Наркомвоена имело 34 резидентуры, агентурную группу в составе шести агентов и двух агентов-маршрутников. Большинство их состава работало на территории, оккупированной германскими войсками, и преимущественно в городах.

Таким образом, на сентябрь 1918 г. агентурная сеть военной разведки состояла из резидентур (во главе с резидентами и помощниками резидентов; в резидентуры могли входить агентурные группы и отдельные агенты без горизонтальной связи между ними), агентурных групп и отдельных агентов.

Основным недостатком агентуры образца 1918 г. являлась ее крайняя неустойчивость. Вербовка агентов осуществлялась исключительно на материальной основе с ежемесячной выплатой денежного содержания в размере до 3 тысяч рублей керенками — резидентам, до 2 тысяч рублей — помощникам резидентов, до 1,5 тысячи рублей в месяц — агентам. Естественно, когда им удавалось подыскать для себя более выгодный и безопасный заработок, они прекращали связь с разведкой. Кроме того, агенты-резиденты, «завязанные» на определенных должностных лиц штабов, занимающихся агентурой, при переводе последних на другие должности и в другие местности их преемникам на руководство не передавались, а попросту «терялись». Таким образом, каждый новый сотрудник разведки свою деятельность начинал с нуля.

Серьезные проблемы существовали и в деле организации связи между агентами и штабами. Почтово-телеграфного сообщения с оккупированными районами, естественно, не было. Вновь созданные буферные государства (Финляндия, Литва, Латвия, Эстония, Польша и др.), следуя примеру стран Антанты, стали на путь дипломатической изоляции Советской республики и контактов с ней не имели. В результате советской военной разведке пришлось строить свою работу только на личной связи (связь путем личного общения агентурных работников) и в очень тяжелых условиях, поскольку проход через демаркационную линию был делом непростым. Поэтому систематичность в поступлении агентурных сообщений отсутствовала и разведке приходилось довольствоваться отрывочными сведениями, главным образом общего характера.

Неукомплектованность органов разведки участники совещания объясняли отсутствием преданных советской власти квалифицированных кадров, которым можно было доверить организацию разведки в целом и агентурной разведки в частности.

К маю 1918 г. для всех стала очевидной и необходимость централизации военных разведслужб. Однако в течение последующих трех месяцев так и не было принято принципиальное решение — на базе какой из структур объединяться. Руководство Всероглавштаба все время подталкивало процесс интеграции, рассчитывая возглавить военное разведсообщество. Воспротивились этому молодые и радикально настроенные офицеры Оперода.

В сентябре 1918 г. начальникВСО, занимавшийся зарубежной агентурной разведкой, A.В. Станиславский, не желая стать основным виновником развала существующей системы советской военной агентурной разведки, выехав по служебным делам в район Брянска, перешел линию фронта в расположение белой армии, где также служил по специальности. Должность начальника ВСО занял Н.Н. Шварц, впоследствии преподаватель Военной академии РККА (Военная академия имени Фрунзе), был начальником восточного факультета.

После случая со Станиславским, выступая на заседании РВСР, капитан Генштаба Георгий Иванович Теодори решительно высказался против включения Оперода во Всероглавштаб, мотивируя это тем, что последний является прибежищем саботажников.

В Болгарии произошло Владайское солдатское восстание. В стране провозглашена крестьянская республика.

2 октября 1918 г. приказом РВСР № 94 объявлено о формировании на базе Высшего военного совета, Оперода и ВГШ Наркомвоена Управления дел РВСР и Штаба РВСР. В этот же день на заседании РВСР было решено всю военную разведку и контрразведку сосредоточить в Управлении дел, передав в него все материалы из расформированных разведывательного отделения Оперативного управления ВВС, разведывательного отдела Оперода Наркомвоена и Военно-статистического отдела оперативного отдела ВГШ (в ВСО после изъятия стратегической агентурной разведки остались лишь региональные обрабатывающие отделения, выполняющие информационно-аналитические задачи). Начальником этого управления предполагалось назначить С. Аралова, его первым заместителем — начальника штаба Г. Теодори, заместителем начальника Управления дел

B. Павулана (подчиненные С. Аралова из бывшего Оперода Наркомвоена), начальником разведотдела Б.М. Шапошникова (бывший начальник разведотделения Оперативного управления ВВС), начальником отделения агентурной разведки — Ф.Л. Григорьева, бывшего капитана Генштаба. Однако эти назначения так и не состоялись: на следующий день было объявлено о создании вместо Штаба РВСР Полевого штаба РВСР, не затрагивая при этом существующую организацию ВГШ Наркомвоена.

12 октября 1918 г. основаны Курсы разведки и военного контроля.

Пунктом 3 приказа РВСР № 94 от 14 октября 1918 г. определено: «Руководство всеми органами военного контроля и агентурной разведкой сосредоточить в ведении полевого штаба РВСР. Из Оперативного управления Всероссийского Главного Штаба передаются в полевой штаб РВСР все материалы и документы по ведению разведки военного контроля (контрразведки)». Общее руководство войсковой разведкой находилось в ведении разведывательной части Оперативного отдела ВГШ Наркомвоена, непосредственно ею управляло разведывательное отделение Оперативного управления Полевого штаба.

Прекратила свою деятельность военная миссия РСФСР в Берлине (открыта в июне 1918 г.).

29 октября 1918 г. образован Российский коммунистический союз молодежи (РКСМ, комсомол — в повседневном обиходном употреблении), объединяющий в своих рядах молодых людей — приверженцев коммунистической идеологии. Комсомольцы приняли активное участие в строительстве силовых структур государства.

1 ноября 1918 г. тремя должностными лицами РВСР (заместителем председателя РВСР Эфраимом Склянским, главкомом Иоакимом Вацетисом и членом РВСР Карлом Юлием Данишевским) утвержден штат Полевого штаба.

5 ноября 1918 г. секретным приказом Революционного Военного Совета Республики № 197/27 объявлен штат Полевого штаба РВСР (ПШ РВСР). Этот день считается Днем рождения советской военной (в том числе агентурной) разведки и контрразведки.

8 ноября 1918 г. руководящий документ РВСР за № 197/27 продублирован приказом по Полевому штабу РВСР за № 46.

Штат ПШ РВСР предусматривал формирование шести управлений, в том числе Оперативного управления и Регистрационного управления (Региструпра). Непосредственное руководство войсковой (тактической) разведкой возлагалось на разведывательное отделение Оперативного управления. Численность отделения — 15 человек.

Регистрационное управление стало первым центральным органом военной агентурной разведки Красной армии, руководившим САР и ОАР из одного ведомства, и первым центральным органом военной контрразведки. Оно подчинялось начальнику Полевого штаба, возглавлялось комиссаром штаба и одним из членов РВСР. Первым начальником Региструпра был назначен член РВСР, член Реввоентрибунала Республики, комиссар Полевого штаба РВСР, бывший штабс-капитан С.И. Аралов.