Разделавшись с врагом, Стерет занялся судьбой собственного судна. Парадоксально, но за время трёхчасового боя на расстоянии пистолетного выстрела «Энтерпрайз» не получил сколько-нибудь значимых повреждений Даже никто из членов экипажа не получил серьёзных ранений и не был убит. Нечасто морские сражения заканчиваются столь успешно.

Победа Стерета была воспринята в Конгрессе с большим воодушевлением Ему была преподнесена именная шпага от Конгресса, а члены экипажа «Энтерпрайза» получили материальное поощрение в размере месячного жалования. Однако важнее всего было то, что общественное мнение поддержало войну и президент мог требовать от Конгресса расширения полномочий эскадры.

6 февраля 1802 года, формально не объявляя войну, Конгресс разрешил президенту использовать флот для защиты американской торговли, используя для этого все возможные меры. Это позволило в дальнейшем не ограничивать инициативу американских морских офицеров, что самым положительным образом сказалось на результатах войны. Таким образом был создан юридический прецедент, когда в ответ на агрессию в отношении граждан США президент имел право использовать все доступные средства для наказания агрессора.

Вскоре эскадра была усилена фрегатом «Бостон» и шлюпом «Джордж Вашингтон». Кроме того, войну Триполи объявила Швеция, и в Средиземное море была направлена шведская эскадра, которая получила приказ оказывать помощь американцам.

Тем временем Дэйл продолжал блокировать Триполи. Однако, не имея канонерских лодок, он не решался приближаться к побережью. Этим не преминули воспользоваться пираты. Три триполитанских судна смогли ускользнуть от Дэйла и захватили американское торговое судно «Франклин», следовавшее в Марсель. Его капитан и 8 членов экипажа были взяты в плен. Чтобы освободить их, американский консул был вынужден заплатить 5 тысяч долларов. Другим триполитанским кораблям также удавалось проникнуть через кольцо блокады и доставлять в город продовольствие.

14 апреля 1802 года Дэйл на борту «Президента» направился в Норфолк, оставив остальные корабли эскадры блокировать Триполи. Вскоре Дэйл оставил командование эскадры из-за конфликта с Конгрессом, в основном из-за своего желания получить адмиральское звание, которое к тому времени отсутствовало на американском флоте.

Первоначально командором второй эскадры должен был стать капитан Томас Тракстон — герой захвата французского фрегата «Инсургент». Однако он, в соответствии с традициями европейских флотов, требовал, чтобы на борту его флагманского корабля был флаг-капитан. Но против этого выступил департамент военно-морского флота. В итоге командование эскадрой перешло к 34-летнему Ричарду Валентайну Моррису. Выбор этого капитана был продиктован скорее политическими соображениями, поскольку его отец был членом Континентального конгресса и участвовал в подписании Декларации независимости, его брат был членом Палаты представителей и помогал Джефферсону на выборах президента.

Вторая эскадра была значительно сильнее первой. Общее количество орудий увеличилось с 126 до 180, а расходы на экспедицию составили 900 тысяч долларов, в два раза больше, чем стоила первая эскадра.

Эскадра Морриса вышла в море порознь. Первое судно вышло в феврале, последнее — в августе 1802 года. Сам Моррис отплыл к новому месту службы только в апреле.

С самого начала Моррис продемонстрировал свою некомпетентность. Игнорируя очевидные опасности миссии, он взял на борт свою жену и пасынка. Достигнув 31 мая Гибралтара, он впустую тратил время на встречи с офицерами Королевского флота вплоть до 17 августа, когда наконец покинул порт. Но вместо того чтобы следовать к месту патрулирования напрямую, Моррис приказал взять курс вдоль европейского побережья, заходя во все крупные порты Испании, Франции и Италии, пока не достиг Мальты. До конца года Моррис так и не совершил переход к берегам Триполи. Между тем консул в Тунисе Уильям Итон вполне справедливо жаловался госсекретарю США Мэдисону, что триполитанское побережье совершенно свободно и пиратские корабли не встречают никакого сопротивления со стороны американского флота.

Кроме того, позиции США были ослаблены переговорами с Марокко. Султан Мулей Сулейман пригрозил началом войны, если США не заплатят ему дань. Моррис был вынужден присутствовать с эскадрой у берегов Марокко в качестве силовой поддержки американских дипломатов. В результате переговоров американского консула в Танжере Джеймса Симпсона Соединённые Штаты пошли на уступки, выплатив Мулей Сулейману 20 тысяч долларов.

В то же время возникли проблемы с алжирским деем, который был неудовлетворён тем, что вместо ежегодной дани, которая обычно выплачивалась в виде различных товаров (мачт, канатов, якорей, палубных орудий и орркия), ему была предложена наличность. Моррис был вынужден извиниться перед деем, и заверить его, что требуемые товары будут вскоре доставлены в Алжир.

Выполнив поручения в Марокко и Алжире, Моррис зашёл на Мальту для пополнения запасов. Однако посещение американской эскадрой английской базы вызвало такое количество официальных церемоний, что до конца года командор так и не смог приступить к своей основной миссии.

30 января 1803 года Моррис наконец покинул столицу Мальты Ла Валетту, однако буря вскоре заставила его вернуться обратно. 10 февраля он снова покинул порт, но направился в Тунис, а не к Триполи. Командор предполагал провести консультации с Итоном относительно судьбы заложников. Его сход на берег оказался катастрофической ошибкой. Не вникая в тонкости дипломатического протокола, после посещения Итона Моррис не нанёс прощальный визит вежливости бею. Взбешённый бей приказал задержать командора на берегу. В результате он оказался заложником, и бей потребовал немедленной выплаты 34 тысяч долларов в качестве компенсации за оскорбление. Итон обеспечил выплату 12 тысяч долларов из собственных средств и убедил датского консула предоставить недостающие 22 тысячи, которые Моррис обещал возместить после того, как он окажется на борту своего флагмана — «Чезапика». После того как Моррис и его семья получили свободу и финансовая часть вопроса была решена, командор наконец взял курс на Триполи, куда он прибыл в конце мая, спустя год после выхода в море.

Многочисленные дипломатические поручения, которые выполнял Моррис, отвлекали его от выполнения главной задачи — блокады Триполи. Пока командующий эскадрой проводил время на торжественных приёмах, некоторые корабли его эскадры пытались выполнить свою основную задачу. Блокада триполитанского побережья не приносила особых результатов. Тем не менее определённые успехи у эскадры были. 2 июня 1803 года группа американских морских пехотинцев высадилась в одном из заливов в 35 милях от Триполи и сожгла 10 триполитанских кораблей, которые доставляли продовольствие в блокируемый город, уничтожив 25 тонн зерна.

Поскольку население Триполи испытывало недостаток в продовольствии, Моррис решил использовать ситуацию для проведения дипломатических переговоров. 7 июня 1803 года Моррис под белым флагом прибыл в Триполи для переговоров. Триполитанский паша прямо потребовал от американцев 250 тысяч долларов за заключение мира и 20 тысяч ежегодных отчислений, плюс компенсации всех своих военных затрат. В ответ американцы предложили 15 тысяч долларов в обмен на пятилетнее мирное соглашение. Поскольку Моррис не обладал необходимыми полномочиями и очень опасался брать на себя ответственность, он предпочёл отложить конечное решение проблемы на будущее. В конечном итоге переговоры потерпели неудачу.