«Филадельфия» представляла собой 1240-тонный 44-пушечный фрегат, один из пяти однотипных боевых кораблей, построенных для так называемой «квазивойны» с Францией 1799–1800 годов. Его 28 десятифунтовых и 16 тридцатидвухфунтовых орудия делали его значительно более сильным судном по сравнению с однотипными фрегатами европейских государств.

Фрегат был направлен в Средиземное море для защиты морской торговли США. Поскольку «Филадельфия» имела достаточно большую осадку, а североафриканское побережье изобиловало мелями, предполагалось, что она будет действовать совместно с вспомогательным судном, имевшим небольшую осадку. Командующий эскадры направил «Филадельфию» к берегам Триполи в сопровождении 14-пушечной шхуны «Виксен».

7 октября 1803 года «Филадельфия» и «Виксен» прибыли к Триполи для блокады порта. Две недели спустя, 19 октября, капитан Бейнбридж получил сведения о том, что из порта вышли два пиратских судна, и «Виксен» был отослан на поиски противника.

31 октября «Филадельфия» в одиночку осуществляла крейсерство в триполитанских водах. В 9.00 на горизонте было замечено неизвестное судно, быстро направлявшееся в сторону гавани. Фрегат не успел настигнуть цель, до того как она оказалась в гавани Триполи. Тогда Бейнбридж пошёл на довольно смелый шаг — он начал преследование среди прибрежных мелей. На американских картах были примерно обозначены фарватеры и глубины у побережья. Однако этого было явно недостаточно, и первый лейтенант Дэвид Портер начал измерение глубины при помощи лота. Оказалось, что карты существенно отличались от того, что было в реальности. Глубина оказалась значительно меньшей, чем предполагалось, и в 11.00 «Филадельфия» на скорости 8 узлов вылетела на песчаную отмель.

Бейнбридж, сознавая опасность ситуации, попытался стащить судно с отмели, однако нос судна глубоко увяз в песке, хотя корма оставалась на чистой воде. В те времена использовалась обычная практика, когда якорь судна заводили на глубину и при помощи ворота судно стаскивалось с мели. Однако эта процедура занимала очень много времени, а «Филадельфия» находилась посреди враждебной гавани в пределе действия орудий крепостной артиллерии. Требовались срочные экстраординарные меры по изменению ситуации, поэтому было принято решение максимально облегчить судно. За борт были брошены запасы провизии и воды, все якоря, кроме одного, чтобы стащить судно с мели. Однако этого оказалось мало. Судно крепко сидело на мели и не двигалось с места. Тогда за борт начали выбрасывать орудия, кроме нескольких, необходимых для защиты от триполитанских лодок, державшихся до определённого времени на приличном расстоянии от американцев.

Понимая, что обычные меры не помогают спасению судна, Бейнбридж приказал срубить фок-мачту. Однако это не улучшило положение судна.

Тем временем триполитанцы всё ближе приближались к американскому фрегату, опасаясь тем не менее попасть в поле действия его орудий. Около четырёх часов дня пираты напали на «Филадельфию» с правого борта, который к тому времени значительно поднялся благодаря возникшему крену. Поскольку американцы не могли использовать орудия правового борта, перед ними встала реальная угроза захвата корабля. Кроме того, команда была сильно утомлена многочасовой борьбой за живучесть судна. Понимая, что корабль обречён, Бейнбридж отдал приказ о сдаче.

Капитан и около 300 офицеров и матросов экипажа попали в плен к триполитанскому паше. Однако хуже всего было то, что в руки арабов перешло первоклассное судно, имевшее минимум повреждений. Даже брошенные за борт орудия не составляло труда поднять и вернуть на прежнее место. Таким образом, при минимуме усилий триполитанцы могли получить мощное судно, способное произвести множество разрушений на море, особенно учитывая, что большинство кораблей средиземноморской эскадры США были значительно ниже по классу. Только однотипная «Конституция» могла бы составить конкуренцию «Филадельфии» в бою. В конечном итоге все эти факторы заставили американское военное и политическое руководство предпринять самые решительные меры по нейтрализации этой опасности.

9 ноября Пребл на «Конституции» прибыл из Марокко в Сиракузы. Затем он направился в Алжир, где высадил нового американского посла Тобиаса Лира. 24 ноября на обратном пути «Конституция» встретилась с английским фрегатом, от капитана которого Пребл узнал о захвате «Филадельфии». Оказалось, что 2 ноября после бури разбитый фрегат снова оказался на чистой воде и был благополучно доставлен в гавань. Триполитанцы принялись активно ремонтировать его, стремясь скорее ввести в строй.

Пребл немедленно направился на Мальту, где его застало письмо от Бейнбриджа с подробным отчётом о происшедшем Кроме того, он получил дополнительные сведения о сложившейся ситуации от капитанов торговых судов, посетивших Триполи.

С течением времени вырисовалась достаточно сложная картина. Если триполитанцы смогли бы восстановить «Филадельфию», это изменило бы расстановку сил в войне. У Пребла остался лишь один боевой корабль равного с «Филадельфией» ранга. Бриги и шхуны, имевшиеся у американцев, не могли бы составить серьёзной конкуренции фрегату в бою. Кроме того, рассчитывать на быстрый подход подкреплений было невозможно, поскольку все равные по силе «Филадельфии» фрегаты находились в США либо на ремонте, либо в патрулировании. В течение следующих шести месяцев Преблу предстояло рассчитывать только на свои силы.

Несколько обстоятельств немного смягчали последствия захвата фрегата. При попытке спасти судно команда выбросила за борт все корабельные запасы, в том числе рангоут, такелаж, парусину, якоря и т. п., а, значит, их необходимо было восполнить за счёт запасов триполитанского порта. Кроме того, на судне отсутствовала фок-мачта и большинство орудий, которые ещё предстояло поднять из моря. На восстановление всех повреждений в обычное время требовалось несколько месяцев. Однако Триполи находилось в состоянии войны, и корабельные запасы в порт доставлялись нерегулярно. Кроме того, у арабов могла возникнуть существенная проблема с поиском фок-мачты, подходящей для «Филадельфии». Использовавшиеся триполитанцами типы судов имели низкие мачты малого диаметра Необходимая древесина была только в Алжире и Марокко, но доставить её также было затруднительно, ввиду блокады побережья.

Поскольку первые известия о захвате «Филадельфии» достигли Пребла только через месяц, командору приходилось действовать очень быстро. За это время арабы уже подняли со дна моря орудия фрегата, но ещё не поставили мачты и паруса Таким образом, фрегат уже превратился в плавучую батарею, защищающую гавань. Только одно обстоятельство облегчало положение: за исключением «Филадельфии» флот триполитанского паши не мог противопоставить американскому флоту достойного противника Самый крупный триполитанский боевой корабль — «Мешуда» находился в руках марокканцев, которые не желали его возвращать. Тем не менее в Триполи продолжалось строительство ещё одного 22-пушечного судна, однако оно не было готово к выходу в море.

5 декабря 1803 года Байнбридж в письме к Преблу, тайно переправленном датским консулом, оценил триполитанский флот в одну полакру, один 14-пушечный бриг, одну 10-пушечную шхуну, одну шебеку, пять галер (на каждой от 4 до 6 орудий) и небольшого количества бомбардирских судов. Вооружение на полакре не указано, но она вряд ли несла больше 18 орудий. Артиллерия на всех кораблях была относительно слабой. В основном это были 4- и 6-фунтовые орудия. На полакре, шхуне, бриге и шебеке было от 70 до 100 человек команды, на галерах от 50 до 60.