Поскольку Моррис был дезинформирован о сосредоточении боевых кораблей Туниса и Алжира и возможной войне с этими государствами, он покинул триполитанское побережье и сконцентрировал свою эскадру на Мальте.

Когда известие о действиях Морриса достигли Вашингтона, разразился скандал. Военно-морская комиссия предъявила Моррису обвинение в некомпетентности и осудила его действия. 11 сентября Моррис получил приказ передать командование эскадрой и явиться в Вашингтон для проведения дальнейшего расследования. Командование эскадрой было передано капитану Джону Роджерсу.

Новую эскадру, направлявшуюся в Средиземное море, должен был возглавить командор Эдвард Пребл. Она состояла из тяжёлых фрегатов «Конституция» и «Филадельфия», 16-пушечных бригов «Аргус», «Сирена» и 12-пушечных шхун «Наутилус», «Виксен» и «Энтерпрайз». «Энтерпрайз» был единственным судном, которое уже находилось на месте и входило в состав эскадры Морриса.

Сорокатрехлетний Пребл родился в Фалмуте (ныне — Портленд), штат Мэн, в 1761 году. Он был сыном бригадного генерала Джедадаи Пребла, который прославился в качестве помощника генерала Джеймса Вольфа при штурме Квебека в 1759 году. Хотя Пребл был раздражительным, вспыльчивым и крайне педантичным, но был профессиональным моряком Он заботился о подчинённых и выше всего ценил преданность. До принятия командования эскадрой он уже более двух десятков лет служил на флоте и имел неоценимый опыт военных операций.

В 16 лет он отправился в Ньюберипорт и поступил на службу на борт приватира. Затем он стал гардемарином на борту 26-пушечного фрегата «Протектор», на котором участвовал в сражении с британскими 32-пушечными фрегатами «Адмирал Дафф» и «Темза». Когда «Протектор» был захвачен, Пребла отправили в плавучую тюрьму «Джерси», стоявшую возле Бруклина. Он переносил сыпной тиф, голод и антисанитарию в течение месяца, пока через знакомого его отца не был обменен на британского офицера. До конца войны он оставался лейтенантом на борту 12-пушечного судна «Уинторп», которое захватило несколько британских каперов у побережья штата Мэн. После войны Пребл не смог вернуться домой, поскольку его город был разрушен британскими войсками. Он остался на морской службе, однако из-за приступов язвы желудка в 1802 году подал прошение об отставке. Однако секретарь военно-морского флота Роберт Смит отказался принимать её, вместо этого назначив его командиром эскадры.

Преблу очень повезло с подчинёнными. Первым из них был капитан «Филадельфии» Уильям Бэйнбридж. Он начал карьеру в торговом флоте. Ещё будучи первым помощником на борту торгового судна, он подавил мятеж команды и заковал в кандалы зачинщика бунта. Позже он стал капитаном, в период войны с Францией перешёл на военный флот. В сражении с фрегатами «Инсургент» и «Волонтёр» он был вынужден сдать свою шхуну «Реталиатион», после тою как она превратилась в груду развалин. Таким образом, он получил сомнительную честь стать первым американским капитаном, спустившим флаг в бою.

Ричард Сомерс — капитан 12-пушечной шхуны «Наутилус» был также человеком весьма опытным и смелым Известен случай, когда Сомерс вместе с двумя офицерами во время прогулки по Сиракузам встретил пятерых бандитов, пожелавших их ограбить. В ходе схватки Сомерс парировал удар шпаги голой рукой, а затем заколол грабителя.

Ещё до того как американские офицеры достигли нового места службы, они смогли прочувствовать нрав своего командира. Корабли Пребла достигли Кадиса 10 сентября 1803 года. В наступающих сумерках эскадра столкнулась с неизвестным судном и по морской традиции приветствовала его орудийным салютом. Когда незнакомец не ответил на него, Пребл пригрозил, что откроет огонь, если судно себя не идентифицирует. Оказалось, что перед американцами английский боевой корабль. Из темноты сумерек неизвестный британский офицер заявил, что он капитан сэр Ричард Стрэхэм и его судно — 84-пушечный линейный корабль «Донегал», и если американцы откроют огонь, он сделает то же самое. Британцы потребовали выслать лодку для разрешения конфликта, Пребл отказался это сделать, и англичанам самим пришлось спускать шлюпку. Позже Стрэхэм сознался, что в реальности он командует лишь 32-пушечным фрегатом «Мэйдстон». Таким образом, посыл действий Пребла был понятен: не зная ничего о противнике, он был готов драться с судном, почти в два раза превышавшим его по силе, ради сохранения чести флага. Несмотря на то что конфликт не привёл к кровопролитию, он весьма поднял авторитет Пребла.

Напористый характер, который был свойственен Преблу ещё по войне с Францией, оказался очень кстати, поскольку ещё до того как его силы вошли в Средиземноморье, им пришлось столкнуться с проблемой пиратства. Правитель Марокко Мулей Сулейман, воспринявший поведение Морриса как проявление слабости, направил в море своё 22-пушечное судно «Мирбока» с приказом начать охоту на американские торговые корабли. Пребл быстро отреагировал. Капитан Бейнбридж по его приказу отбил у пиратов захваченный ими приз, а затем захватил и саму «Мирбоку». Пребл уговорил Роджерса максимально задержать уходившие американские корабли для совместной военной демонстрации в Танжере.

В сентябре 1803 года эскадры Роджерса и Пребла совместно посетили Марокко. Султан по-прежнему сохранял враждебность по отношению к США и поощрял захваты американских торговых судов. Блокада Танжера оказала нужный эффект на султана, и он заверил американцев в намерении сохранить мирные отношения. При этом американцы обошлись на этот раз без выплаты подарков и дани. Действия Пребла, Роджерса и консула в Танжере Джеймса Симпсона получили полное одобрение со стороны президента Джефферсона. В качестве жеста доброй воли султану были проданы также два приза американцев: марокканское судно «Мирбока» и триполитанское «Мешуда».

После умиротворения Марокко Пребл сосредоточил своё внимание на Триполи. В качестве главной базы он решил использовать Сиракузы на Сицилии. Столь странный выбор объяснялся главным образом тем, что к тому времени возобновилась война Англии с Францией и англичане крайне нуждались в военных моряках. Эта нужда была настолько острой, что они не стеснялись «заимствовать» моряков на американских кораблях, пользуясь правом силы. Чтобы избежать подобных трений, Пребл предпочёл нейтральный итальянский порт вместо традиционной гавани на Мальте, оккупированной к тому времени Великобританией.

Чтобы постоянно поддерживать блокаду Триполи, Пребл использовал вахтовую систему. Один фрегат в сопровождении одного или двух вспомогательных судов всегда дежурил у триполитанского побережья, в то время как другие суда производили ремонт и пополнение запасов в базовом порту. Поскольку средиземноморская эскадра по-прежнему не имела канонерских лодок, блокада побережья Триполи не была полной. Поэтому, чтобы хоть как-то контролировать гавань, Пребл приказал фрегату «Филадельфия» и шхуне «Виксен» держаться как можно ближе к берегу.

Чтобы решить вопрос с канонерскими лодками, 28 февраля Джефферсон обратился к Конгрессу с просьбой выделить средства на строительство сразу четырёх 16-пушечных кораблей и четырнадцати канонерских лодок. К октябрю эти корабли были готовы к отправке в Средиземное море. Однако этим планам не суждено было осуществиться из-за инцидента с фрегатом «Филадельфия».