Все эти сведения позволили составить общую картину соотношения сил. Американская эскадра могла выставить силы, значительно превосходившие триполитанские. Даже самые слабые корабли эскадры Пребла были значительно сильнее любого арабского судна, как показала практика боевых столкновений за предшествующие два года.

Реальную опасность в гавани представляли галеры и бомбардирские лодки. Первые, поскольку могли передвигаться на вёслах даже в безветренную погоды, вторые, поскольку были вооружены 24-фунтовыми орудиями и имели малую осадку. Второе обстоятельство позволяло бомбардирским лодкам укрываться на отмелях, недоступных крупным американским кораблям. Насколько опасно преследовать подобный тип судна в неизвестной гавани, показал печальный опыт «Филадельфии». Но и у бомбардирских лодок был серьёзный недостаток — они были слишком хрупкими и не смогли бы выдержать бой даже с самым слабым американским судном Кроме того, опасность могли представлять крепостные орудия. Пребл полагал, что порт защищает до 300 орудий, хотя в реальности имелось лишь 115. Однако большинство этих орудий, распределённых между 12 батареями, стреляли 24–42-фунтовыми ядрами, в том числе калёными, что было крайне опасно для деревянных кораблей.

Пребл мог противопоставить всем этим силам только свой флагман — фрегат «Конституция» и бриги. Два брига — «Аргус» и «Сирена» были новейшими судами, спущенными на воду в том же 1803 году. Оба были вооружены шестнадцатью 24-фунтовыми канонадами и двумя 12-фунтовыми орудиями.

«Виксен» также был новым судном, но немного меньшим по размерам Он был копией шхуны «Энтерпрайз», построенной ещё в 1798 году. Форма корпуса была выбрана неслучайно, поскольку «Энтерпрайз» считался хорошим ходоком и развивал приличную скорость. Однако «Виксен» была немного больше (170 тонн водоизмещения) по сравнению с оригиналом («Энтерпрайз» имел водоизмещение 135 тонн). Он нёс двенадцать 18-фунтовых и два 9-фунтовых орудия. «Энтерпрайз» был вооружён двенадцатью 6-фунтовыми орудиями.

«Наутилус» был построен в 1799 году и имел необычный для того времени V-образный корпус вместо традиционного U-образного. Он нёс двенадцать 6-фунтовых орудия и две 12-фунтовых канонады.

На основе имеющихся сил Пребл решил действовать и начал разработку планов освобождения «Филадельфии» из пиратского плена. Предпочтение он отдавал ночной операции по захвату судна в гавани. Однако это предприятие требовало большой смелости, поскольку риск обнаружения абордажной партии и её уничтожения во вражеской гавани был очень велик.

Примеры подобных действий имелись. В 1799 году капитан Эдвард Гамильтон, командовавший английским фрегатом «Сюрприз», предпринял попытку освободить фрегат «Гермиона», захваченный мятежниками и переданный в руки испанских властей в Америке. Гамильтон собрал абордажную команду в составе 100 моряков и морских пехотинцев и направился в Пуэрто-Кабело (на территории нынешней Венесуэлы). Он захватил фрегат, охранявшийся четырьмя сотнями матросов испанского экипажа, поднял паруса и покинул гавань. За подобный подвиг Гамильтон был посвящён в рыцари.

Офицеры американской эскадры были хорошо осведомлены об этом событии и понимали, что в случае успеха их ждёт не меньшая награда. Это создавало положительную мотивацию, и поэтому недостатка в добровольцах среди офицеров эскадры не было. Было лишь одно обстоятельство, ставившее под сомнение успех миссии. «Филадельфия» лишилась фок-мачты, а, значит, судно плохо управлялось. Кроме того, фрегат частично лишился такелажа, и оставшиеся мачты не выдержали бы напора ветра и могли сломаться. Таким образом, судну недоставало парусности для свободного прохода по узкому каналу, ведущему из гавани. Буксировка также была невозможной, поскольку единственным судном, способным сдвинуть фрегат подобных размеров, являлась «Конституция», рисковать которой было нельзя.

Таким образом, от первоначального плана пришлось отказаться. Судьба «Филадельфии» была предрешена — её предстояло уничтожить прямо в гавани, причём желательно таким образом, чтобы абордажная команда после окончания операции могла покинуть гавань.

К январю 1804 года общий план уничтожения «Филадельфии» был готов. Среди способов уничтожения судна несколько было отвергнуто. Повреждение корпуса при помощи ручного инструмента было отвергнуто сразу, поскольку требовало большого количества рабочих рук и времени. Кроме того, уничтожить огромный фрегат при помощи топоров во враждебной гавани было практически нереально. Взрыв при помощи подрывного заряда также был отвергнут, поскольку был слишком ненадёжен и не гарантировал безопасность подрывной команде. После долгих размышлений был выбран способ поджога, поскольку деревянный корпус в случае распространения огня невозможно потушить и это гарантировало полное уничтожение судна по ватерлинии.

Впервые идея поджога была высказана Преблом в письме секретарю ВМФ США от 10 декабря 1803 года, В этом его поддерживал и Бэйнбридж, находившийся в качестве пленника в Триполи. Поскольку ему была предоставлена свобода передвижения в пределах города, он через датского посла Николаса Ниссена, вступил в тайную переписку с Преблом. В своих письмах Бэйнбридж подробно сообщил все имевшиеся у него сведения об укреплениях Триполи и силе вражеского флот.

В письме от 5 декабря 1803 года он предложил использовать одну из американских шхун для проникновения в гавань. Имея команду из решительных офицеров и матросов, она могла бы взять на абордаж фрегат и сжечь его. Однако в этом не было необходимости. Случай помог американцам найти подходящее судно для осуществления своих планов.

23 декабря 1803 года «Энтерпрайз» захватил триполитанский кеч «Мастико». Несмотря на то что кеч шёл под турецким флагом, он был остановлен американским кораблём для досмотра Из газет было известно, что команда «Мастико» участвовала в захвате «Филадельфии». На борту даже был обнаружен мундир лейтенанта Дэвида Портера Все эти факты позволили объявить «Мастико» законным призом, и его включили в состав ВМС США. Он был переоборудован и получил новое название «Интрепид».

«Интрепид» представлял собой типичное купеческое судно водоизмещением всего в 64 тонны. Как и многие другие суда, он был вооружён для защиты от пиратов четырьмя маленькими четырёхфунтовыми орудиями.

Маленький кеч лучше всего подходил на роль абордажного суд. О захвате «Мастико» в Триполи не знали и его появление не вызвало бы подозрений. Оставалась лишь проблема определения командира судна. В конечном итоге выбор пал на лейтенанта Декатура, командира «Энтерпрайза», который и предложил использовать «Интрепид» для захвата «Филадельфии». В первоначальный план Пребл внёс только одно новшество. Он решил, что в гавань войдут два судна — «Итрепид» и «Сирена». Командир «Сирены» лейтенант Чарльз Стюарт также предлагал сжечь «Филадельфию» и разделял идеи Пребла.

По замыслу командора, в случае необходимости, если планы атакующих будут раскрыты и они столкнутся с сильным противодействием, «Интрепид» мог стать брандером, а его команда могла быть принята на борт «Сирены». Это существенно повышало шансы экипажа Декатура на успех. Кроме того, при выборе офицеров для столь смелой операции Пребл учёл многолетнюю дружбу и совместную службу на флоте Стюарта и Декатура.