Обстановка в Туркмении сразу после Октябрьской революции была такой же, как в Фергане с ее двоевластием. С 17 февраля усилилось брожение среди туркменской интеллигенции.

После падения Временного правительства туркмены собрались на региональный съезд, который выбрал Национальный исполком во главе с полковником Оразом Сердаром. Советские власти созвали съезд туркменских крестьян, который выступил против Национального исполкома и поддержал Советы с участием туркменов в областях, городах и деревнях. Советы сформировали туркменскую Красную гвардию, в то время как Национальный исполком, который вначале утверждал, что преследует исключительно социалистические цели, стал претендовать на власть, развернул агитацию в сельской местности и обеспечивал себя военными ресурсами. Эскадрон царской туркменской кавалерии, дислоцированный в Ашхабаде, составлял основу туркменской армии. В феврале 1918 года войска Колесова разгромили туркменов, их оппозиционное движение и установили власть Советов.

Два других региона, которые представляли угрозу для советской власти, были Хивинское ханство и Бухара. Они имели важное стратегическое значение. После Февральской революции эмир Бухары, уступая давлению либералов и теневой деятельности Миллера, русского резидента, сохранившегося от царского режима, провозгласил в манифесте от марта 1917 года несколько реформ, которые, казалось, могли преобразовать теократическое государство в парламентскую монархию. Но через месяц, опасаясь распространения в эмирате политической агитации и предполагая, что советская власть обременена слишком большими проблемами, чтобы заниматься Бухарой, вновь призвал к себе своих консервативных советников. Он отверг реформы и поставил либералов вне закона.

Либералы спасались в русских городах эмирата и в Туркестанском крае. Они нашли поддержку со стороны Советов, в которых доминировали большевики, открыто выступавшие против Временного правительства. Сначала джадиды искали помощи у правительства в Коканде, которое не располагало такими возможностями, а затем обратились к Колесову. Фаизулла Ходжаев убедил его, что народное восстание, готовое разразиться в Бухаре, ожидает только помощи извне. Колесов поверил и 1 марта 1918 года начал поход на Бухару. Он полагал, что сможет ограничиться демонстрацией силы, которая вызовет внутри эмирата восстание, обещанное джадидами.

Но эмир, заставивший его прождать 48 часов в Кагане под предлогом ведения переговоров об условиях манифеста, который он собирался провозгласить, захватил обманом русских парламентеров и предал их казни. Затем, выиграв время для подготовки к бою, сорвал перемирие, отказавшись подписать манифест, который был целью предприятия русских. Колесов приступил к штурму Бухары, но столкнулся не только с войсками эмира, но и с сопротивлением местного населения, подстрекаемого муллами и ставшего щитом для армии.

Колесову пришлось отступать в ужасных условиях. Бухарцы преследовали его по тем путям, где были уничтожены водоемы, опрокинуты телеграфные столбы и разобраны рельсы. Таким образом, первая попытка Советов покончить с независимостью Бухары завершилась полным провалом. В результате эмир, который до этого цеплялся за нейтралитет, отказываясь поддержать Коканд в борьбе против советских властей, стал непримиримым врагом Советов. Все его усилия направлялись на укрепление своей армии, закупку оружия, упрочение связей с Персией и Афганистаном, а также поддержание жесткого внутреннего порядка, исключавшего либерализм.

Одновременно начались басмаческое и контрреволюционное движение, иностранная интервенция. Все это придало особое значение позиции Бухары, которая стала реальным очагом оппозиции Советам. Эти события задержали на два года решение советским правительством судьбы двух последних независимых государств Средней Азии. Сложное положение ташкентских властей ухудшилось в связи с падением Оренбурга 1 июля 1918 года. Средняя Азия оказалась снова отрезанной от Москвы, а местные Советы стали уязвимыми для нападения с трех фронтов.

Главная опасность советской власти в Средней Азии в период 1918–1919 годов исходила от поддержки контрреволюционных сил британскими войсками. Вмешательство Великобритании в дела Средней Азии после Октябрьской революции было вызвано ее озабоченностью политическими переменами в регионе. До этого времени она фактически препятствовала доступу на Ближний Восток и в Индию Турции и центрально-европейским державам, заняв надежные позиции в регионе. Крах Российской империи вызвал хаос по соседству с британской сферой интересов. В ответ на такую опасность Великобритания развернула несколько военных миссий, включая миссию генерала Л. Ч. Денстервиля и генерала У. Маллесона соответственно в Баку и Закаспийской области.

Там после туркменских волнений в начале 1918 года установившееся спокойствие было снова взорвано в результате непопулярных политических мер Ашхабадского Совета, который приказал провести перепись населения. Это спровоцировало широкую волну возмущения в июне 1918 года, перешедшего в восстание, которое началось в Ашхабаде, где повстанцы сместили совет и пообещали новые выборы.

Ташкент послал специального комиссара Фролова восстановить спокойствие. Он взялся за выполнение этой задачи посредством кровавых репрессий, которые лишь расширили сферу восстания. Когда Фролов прибыл в Кызыл-Арват, повстанцы убили его. Ашхабадские мятежники захватили власть, создав правительство Транскаспийской области. Оно выступило с предложениями к властям в Ташкенте, вскоре отвергнутыми, о сосуществовании двух правительств до созыва Учредительного собрания юга Средней Азии.

Чтобы отвести угрозу нападения со стороны Ташкента, новое правительство обратилось за помощью к генералу Маллесону в Иране, который обещал ее оказать. Оно также вело переговоры с движением, возглавляемым Оразом Сердаром, которое потерпело поражение в феврале. Сердар принял командование над войсками Закаспийской области.

И опять же местное правительство оказалось слабым из-за недостаточной поддержки населения. Голод, беспорядки и большевистская пропаганда способствовали росту анархии в Закаспийской области, и, когда Красная армия атаковала туркменские войска, они не были поддержаны народным восстанием. В феврале 1919 года британское правительство решило отозвать своих солдат из региона. Вскоре началось наступление Красной армии, а в июле 1919 года полковник Сердар был вынужден покинуть Ашхабад, после чего красные овладели Кызыл-Арватом. К концу 1920 года недолгое существование правительства Закаспийской области завершилось.

С 1918 года такие инциденты, как антибольшевистский мятеж Осипова в Ташкенте, продолжались, и власти в Москве постоянно беспокоило ухудшение политического положения в регионе. Басмаческое движение и протесты местного населения против эксцессов русских заставили Москву вмешаться. В апреле 1918 года для расследования ситуации был прислан П. А. Кобозев. Первым итогом его миссии стало провозглашение 30 апреля Ташкентской автономной республики и формирование нового исполкома Совета, в котором участвовали десять коренных жителей.

В июне 1918 года в Ташкенте собрался первый региональный съезд Российской партии большевиков, чтобы заложить основы местной партии. Под давлением из Москвы съезд стремился выработать способы привлечения коренного населения к поддержке советского режима путем избрания местных жителей в правительство, вступления в партию и призыва в армию. Ташкентские власти, однако, игнорировали эти рекомендации, и конфликт между властями и населением сохранялся. В начале 1919 года, когда Гражданская война в России пошла на убыль, поскольку Закаспийскую область наконец поставили под контроль, и угроза интервенции была снята, московское руководство решило проводить в Средней Азии новую политику. Оно сочло целесообразным как можно больше образованных людей принять в партию. Большевики надеялись, что местная партийная элита заполнит брешь между советской властью и населением.