На второй региональной партийной конференции в марте 1919 года Кобозев учредил региональное бюро мусульманских организаций Российской компартии. Откликаясь на призыв войти в партию, местные жители во главе с джадидами вступали в нее массовым порядком. Крах ряда правительств Средней Азии убеждал их, что успех противоборства с устоявшейся властью вряд ли возможен, поэтому, соглашаясь, они, надеялись повлиять со временем на политику властей благодаря своей численности. Региональное бюро приветствовало вступление лидеров местных либеральных движений, таких как Турар Рыскунов (1894–1937) и Турсун Ходжаев. Они же, став членами партии, ревностно вербовали в нее своих соотечественников. В конце мая 1919 года на первой конференции коммунистов Средней Азии мусульмане открыто подвергли критике большевиков, заявляя: «Мы были вынуждены выносить враждебное отношение представителей бывших привилегированных классов к местным жителям. Такое отношение сохраняется и среди тех, которые считают себя коммунистами и которые, находясь во власти, рассматривают коренных жителей как своих подданных».

В течение последующих месяцев продолжала неуклонно возрастать численность коренных жителей в партийных рядах и государственной структуре. Мусульмане, сотрудничавшие с коммунистами, выдвинули свою концепцию будущего Средней Азии. Они возвратились прежде всего к идее различения национальностей. На пятом региональном съезде партии в январе 1920 года коммунистам удалось обеспечить большинство мест в Мусульманском бюро и совместно с третьей конференцией туркестанских коммунистов проголосовать за превращение Туркестанской автономной республики в Автономную Тюркскую республику. Их коммунистическая организация стала Тюркской коммунистической партией. Резолюция гласила, чтобы все тюркские народы России объединились вокруг Тюркской республики, предложив таким образом центр притяжения тюркским народам, которые переместились за границы царской империи. Итак, благодаря голосованию мусульманских коммунистов, оживилась старая мечта о великом Туркестане.

Тем временем, как мусульмане вступали в массовом порядке в Коммунистическую партию, чтобы реализовать свою национальную идею, войска советской Первой армии соединились с Актюбинским фронтом, восстановив связь Средней Азии с Россией. Незамедлительно Тюркская комиссия, включавшая В. В. Куйбышева, М. В. Фрунзе и других, была направлена в Ташкент, чтобы навсегда решить проблемы, порожденные конфликтом между коренными жителями Средней Азии и русскими.

Московские власти, которым не давали покоя предупреждения Фрунзе о невозможности защитить революцию, когда к ней враждебно относится коренное население, не понимали, к каким последствиям ведут меры, отстаиваемые Кобозевым. Тюркская комиссия занималась главным образом чисткой рядов русских коммунистов от перебежчиков из структур старого режима и социальными вопросами местных жителей. Очень скоро после первой попытки избавиться от русских шовинистов и колониалистов стало ясно, что проблема в конце 1919 года коренилась в рекомендациях, которые давала партия.

Местные лидеры не придавали большого значения роли рабочих в развитии нации, и они, по существу, требовали изменения самого состава Тюркской комиссии. Весной 1920 года А. З. Валидову (Тоган), отстаивавшему башкирскую автономию, было поручено просить Ленина включить в Тюркскую комиссию столько же мусульман, сколько русских. Эти события, особенно когда они последовали за докладами Фрунзе, который подчеркивал, что уступки мусульманам активизируют антисоветское басмаческое движение, убедили Ленина, что неконтролируемое сотрудничество с местными националистами невозможно.

Военное положение России и внутренняя обстановка в Средней Азии не позволяли какого-либо резкого шага. Ленин ждал до июня 1920 года, когда прекратятся военные операции на Украине. ЦК Российской компартии объявил, что членство мусульман недопустимо в Тюркской комиссии, и прислал в Среднюю Азию новых членов, включая М. В. Кагановича, Георгия Сафарова и Якова Петерса, для проведения там партийной чистки. Петерс предъявил обвинение коммунистам Средней Азии в попытках захвата власти, в подмене распространения коммунистических идеалов националистической и панисламской пропагандой и в поддержке басмачей.

Сразу же последовали санкции. Все националисты, поддерживавшие Турара Рыскулова, были исключены из партии. Региональное Мусульманское бюро было распущено и заменено менее представительной организацией, члены которой назначались по рекомендации Тюркской комиссии. Таким же образом местные националисты утратили властные посты.

Однако в октябре 1920 года Советы не сделали ту же ошибку, которую совершили тремя годами ранее. Они обеспечили широкое представительство коренных жителей как в партии, так и в администрации. Отказавшись сотрудничать с представителями местного среднего класса, они последовательно заменяли их неопытными рабочими. Отсутствие интеллекта и политических знаний ставило их в подчиненное положение русским в партии и властных органах. Наряду с первой Тюркской комиссией на укомплектование партии были присланы в Среднюю Азию 40 опытных коммунистов. Неграмотные узбекские и казахские рабочие стали игрушками в их руках. Приняв эти меры, Ленин оставался верным линии, выработанной на съезде в Баку.

Мусульмане требовали, чтобы в колониальных условиях, когда отсутствовал сознательный и организованный пролетариат, приоритет отдавался скорее национально-освободительной, чем социальной борьбе, и чтобы местной буржуазии дали возможность руководить либеральным движением. Коминтерн, в лице Г. Е. Зиновьева, Бела Куна, К. Радека и М. Павловича, отнесся негативно к этим требованиям. Борьба за социальное освобождение выдвигалась на первый план и по необходимости могла сочетаться с борьбой за национальное освобождение. Местной буржуазии в таких условиях нельзя было доверять руководство движением, которое следовало поручить, в отсутствие пролетариата, беднейшему крестьянству. Таковы были принципы, которые советские власти внедряли в Средней Азии в конце 1920 года. Создание Союза бедных дехкан (Кошчи Иттифаки) стало, по их представлениям, началом классовой борьбы.

Во время революции 1917 года в Степном крае господствовал полный хаос. Но, хотя политического единства не существовало, наличие многочисленных военных сил формировало реальность, которая определяла эволюцию региона в течение почти трех лет. С одной стороны, действовали казачьи формирования, атаманы которых хотели создать свои правительства. Так, атаман Дутов во главе оренбургского казачества пытался организовать правительство Уральско-Оренбургской области. Утвердившийся в Омске вместе с белогвардейцами адмирал Колчак, пытавшийся спасти монархию, также нуждался в распространении своей власти на степи. Наконец, лидеры Алаш Орды полагали, что пробил час их автономии. Они считали, что могли обеспечить ее, связав свою судьбу с силами русских, враждебных революции.

Лидеры Алаш Орды созвали третий казахский съезд в Оренбурге с 5 до 13 декабря 1917 года. Съезд провозгласил автономию казахского народа и избрал исполком под председательством Алихана Бокейханова. В исполком также вошли такие деятели, как Байтурсинов и Джиханшах Досмагамбетов. Создание единой централизованной администрации для этого огромного региона, населенного родами, часто враждебными друг другу, в условиях Гражданской войны в России не представлялось возможным. Это побудило лидеров нового правительства разделить регион на две административные зоны. Западную Алаш Орду, которая распространялась на уральские провинции и управляла Внутренним жузом, возглавлял Джиханшах Досмагамбетов. Восточная Алаш Орда, отданная под управление Алихана Бокейханова, включала Семиречье, Семипалатинск и Акмолинск. Тургайская область не входила в нее.