На нижней ступени образовательной лестницы находились сельские школы, почти всегда прикрепленные к местной церкви и где школьный учитель обычно выполнял еще и функции псаломщика и регента церковного хора. Обучение ограничивалось чтением, письмом, началами арифметики и уроками Слова Божия. Порой в деревнях, а чаще всего в городах имелись также и частные начальные школы, где обучали еще и французскому, дополнительно к трем основным дисциплинам. Муниципальные и церковные власти следили за такими частными школами, дабы быть уверенными, что они не открыты без их разрешения и что все учителя в них являлись проверенными приверженцами «истинной реформированной христианской религии». Ступенькой выше начальных школ, как муниципальных, церковных или частных, стояли латинские, и практически во всех городах Соединенных провинций имелось одно из таких учреждений. Они брали свое начало от римско-католических учреждений, которые были конфискованы в первые годы Нидерландской революции и в значительной степени содержались на доходы, изымавшиеся у католической церкви и передававшиеся городским и церковным советам на нужды образования. Латинские школы, как следует из их названия, не только специализировались на обучении латыни, но также стремились дать своим ученикам знания по классической Античности. Девочек в такие школы не принимали, а мальчики учились в них с 9 — 10 до 16–17 лет. После того как организация и учебная программа этих латинских школ были более или менее упорядочены эдиктом Голландских штатов в 1625 г., в течение первых трех лет латынь в них преподавалась по 20–30 часов в неделю и от 10 до 18 часов в последние три года. В старших классах также обучали греческому языку, началам риторики и логики, однако религиозное воспитание и близко не занимало такое выдающееся место, как этого можно было ожидать, исходя из факта, что школы эти были основаны в 1588–1625 гг. и в значительной степени по настоянию кальвинистских консисторий. Всего около 6 процентов учебного времени отводилось на изучение Гейдельбергского катехизиса, истории Священного Писания и т. п., хотя после 1619 г. все вновь назначенные учителя были обязаны подписать документ о согласии с постановлениями Дордрехтского синода. В некоторых из таких латинских школ оговаривалось, что мальчикам, чьи родители не принадлежали к голландской реформатской церкви, нет необходимости посещать уроки религиозного обучения. Аналогичная толерантность превалировала и во многих начальных школах, и преподобный Годфрид Удеманс утверждал (в 1630–1655 гг.), что некоторые частные учителя подлизываются к родителям — католикам и другим некальвинистам, — практически полностью пренебрегая ортодоксальным религиозным обучением. Разумеется, местами отличались и часы школьных занятий, но, поскольку большинство учеников отправлялось обедать домой, утренние уроки длились с 7–8 часов утра до 11–12 дня, а дневные — с 13 до 16 или с 14 до 17 часов дня.

Неудивительно, что стандарты обучения в латинских школах в XVII в. были значительно выше, чем в начальных школах. Дирк Адриансзон Валког, автор Regel der Duytsche schoolmeesters (1591), возможно преувеличивал, когда писал: «Люди, которые могли с трудом написать свое имя и фальшиво спеть псалом, в одночасье становились школьными учителями и пытались строить из себя важных господ», однако жалобы на отвратительное состояние помещений и возмутительную их переполненность не являлись такой уж редкостью, а в качестве школ порой использовались «темные, сырые подвалы с каменными полами». Жалованье учителей начальных школ было низким, особенно в сельских районах, в 1630–1750 гг. оно составляло в среднем 150 флоринов в год, хотя учитель часто освобождался от платы за жилье. Их жалованье формировалось в основном из тех денег, что платили за обучение родители учеников, — конкретная сумма, определявшаяся местным церковным советом. Из-за низкого жалованья многие учителя меняли место работы, и их можно было обнаружить на солдатской службе, работающих парикмахерами, сапожниками, переплетчиками, церковными сторожами и могильщиками. Возможно, именно из-за того факта, что учителя начальных школ зачастую занимались такой непритязательной работой и неполный рабочий день, у Франциско де Соузы Коутиньо и сложилось впечатление, будто в Голландии даже сапожники говорят по-французски и на латыни.

Высшее образование в Голландской республике было доступно в пяти провинциальных университетах — в Лейдене (с 1575 г.), во Франекере (с 1585 г.), в Хардервейке (с 1648 г.), в Гронингене (с 1614 г.) и в Утрехте (с 1636 г.), из которых самыми значительными считались первый и последний. Вдобавок ко всему имелись так называемые «Прославленные школы», некоторые из них фактически обладали статусом университета. Наиболее известной из них стала «Прославленная школа» Амстердама, основанная в 1632 г. ведущими ремонстрантами и их сторонниками и ставшая непосредственной предшественницей нынешнего Амстердамского университета. Главное различие между официальными университетами и «Прославленными школами» состояло в том, что преподавание в университетах велось на четырех традиционных факультетах — «искусств» (наука и литература), юридическом, медицинском и теологическом, тогда как «Прославленные школы» были ограничены тремя первыми и не могли присуждать докторские степени. Они служили не только для подготовки молодых людей в возрасте от 16 до 20 лет к поступлению в провинциальные университеты, но также, если те не намеревались покидать свои родные города, предоставляли им возможность получить образование, альтернативное университетскому. Стандарты обучения в большинстве университетов и «Прославленных школах» в XVII столетии были очень высокими, однако в XVIII в. последние оказались на грани исчезновения, хотя еще в 1740 г. англичанин, проживавший в Голландии, утверждал, что они предоставляли великолепную альтернативу официальному университетскому образованию.

Из пяти провинциальных университетов Лейденский считался не только старейшим, лучшим и самым знаменитым, но и одним из наиболее тесно связанных с голландским заморским предпринимательством, хоть связь эта и была несколько непостоянной и нестабильной. Бургомистры и делегаты провинциальных штатов Голландии занимали посты в попечительских советах, а их эрастианские предпочтения, несомненно, не позволяли университету превратиться в заведение, занятое в основном подготовкой претендентов на службу кальвинистскими священниками, что и являлось первоначальным намерением его основателей. Традиционные средневековые факультеты теологии, философии, юриспруденции и медицины Лейдена вскоре дополнились технической школой, ботаническим садом, обсерваторией и замечательной университетской типографией. Кроме технической школы, преподавание обычно велось на латыни, а благодаря относительно высокому жалованью кураторам удалось привлечь для работы на факультете известных ученых Соединенных провинций и из других мест. Слава таких признанных профессоров, в свою очередь, привлекала студентов со всей Европы, как католиков, так и протестантов, хотя, естественно, последние составляли подавляющее большинство. Из 2725 студентов, поступивших в Лейденский университет в первые 26 лет его существования, 41 процент прибыли из стран вне пределов Соединенных провинций. В период с 1601 по 1625 г. общая доля иностранных студентов составляла чуть более 43 процентов; а в следующую четверть века (1626–1650) более 52 процентов из 11 076 учащихся прибыло из-за границы.