Сейчас в Башкирии многие называют эти действия ЧК и Красной армии геноцидом башкирского народа и утверждают, что Советами тогда умышленно поставлен во главе Башкирской ЧК татарин по национальности Мурзабулатов, учитывая непростые исторически взаимоотношения этих двух народов на территории Башкирии. Хотя вряд ли тогда у советской власти и руководства ВЧК был столь изощренный национальный расчет, тогда ЧК лила кровь в горячке классовой борьбы и с классово-партийных позиций. Вот когда Мурзабулатов пошел на повышение на партийную должность, взамен его во главе ЧК по Башкирии был поставлен лихой уральский казак Каширин, один из первых организаторов Красной армии на Урале, и он зверствовал ничуть не меньше татарина Мурзабулатова без разбора против башкир, татар, русских, казаков. Уже в 1921 году и Ивана Каширина пришлось с поста начальника Башкирской ЧК снимать Москве за явные «перегибы» в карательной политике.

Правда, при всей интернациональной идеологии случаи, когда ЧК в своей деятельности все же грешила использованием национальной розни между народами бывшей Российской империи, иногда действительно имели место. Так это было в Туркестане и Семиречье, где играли на запутанном клубке застарелой вражды здесь казаков, русских поселенцев, казахов, узбеков и других национальных групп. Зверства казахских постанцев при мятеже еще 1916 года в царскую эпоху, когда здесь массово резали «столыпинских» русских переселенцев, развернулись после 1917 года в ответную массовую бойню. Красные активно поддерживали этих крестьян, «новоселов», которые традиционно враждовали здесь с казахами и с местным казачеством. Здесь же советская власть и ЧК объявили себя защитниками угнетенных ранее небольших кочевых народов, направляя их против их «угнетателей» – казаков и «русских шовинистов» из белых колчаковцев. При участии ЧК в Семиречье создана из народа дунган целая красная конная бригада во главе с неким «красным дунганом» Масанчи, рубившаяся насмерть с казаками и используемая в походах по казачьим станицам ЧК как безжалостный карательный отряд. Нечто похожее использовано против поддерживавших массово белый режим Деникина казаков Дона и Кубани, против которых бросали «угнетенных при царе» горцев Северного Кавказа. Вот лишь одна выдержка из донесения в РВС от командования 9-й армии красных на Кавказе от 10 августа 1920 года, подписанного ее командармом Левандовским и комиссаром Полуяном: «В Терской области формируется Ингушский полк, который в силу знания особенностей горной местности и исторического взаимоотношения с казаками может быть с успехом использован в Кубанской области».

Иногда в случаях таких выступлений против советской власти вчерашних самых ярых ее защитников (бедных крестьян, матросов из Кронштадта, простых красноармейцев) в 1920–1921 годах на сторону восставших переходили и сами чекисты. В 1920 году против большевиков восстали части Красной армии в Верном (сейчас это Алма-Ата) из крестьян, недовольных продразверсткой и политикой Советов в селе – именно эти события описаны Дмитрием Фурмановым в его книге «Мятеж». И здесь одним из главных лидеров восставших солдат, практически захвативших на время Верный, стал бывший чекист и сотрудник особого отдела восставшей дивизии Чернов, после подавления мятежа в Верном одним из первых расстрелянный по приговору ревтрибунала своими бывшими коллегами. Когда на время восставшие части полностью овладели Верным, а Фурманов и его товарищи-комиссары оказались почти в положении их заложников (как водилось в таких случаях, восстание шло под модным лозунгом «За Советы, но без коммунистов и продотрядов»), на сторону повстанцев перешла почти вся местная Семиреченская ЧК во главе с ее начальником Авдеевым. Авдеев поддержал, скорее вынужденно, призыв к большей солдатской демократии, одобрил отправку ряда восставших частей на разоружение продотрядов по селам, а также по приказу созданного восставшими в крепости Верного революционного совета проводил со своими чекистами аресты тех комиссаров и большевиков, кто мятеж не поддержал. Эта активность тоже стоила Авдееву жизни, как и Чернов, он был расстрелян своими собратьями-чекистами сразу после подавления мятежа.

Там, где чекисты не поддержали крестьянских или солдатских выступлений, с ними восставшие расправлялись без жалости, давая выход уже накопившейся ненависти к проводникам политики военного коммунизма и «красного террора». В ходе восстания солдат частей Красной армии в Ташкенте в 1919 году местная ЧК просто перебита, сам председатель Туркестанской ЧК Фоменко убит солдатами. Во время восстания на красном Северо-Восточном (Актюбинском) фронте Долбушенского полка в том же 1919 году восставшие красноармейцы первым делом разгромили и сожгли здания особого отдела и политотдела фронта, убив начальника особистов фронта чекиста Чарикова. Командующий фронтом Астраханцев был ими тяжело ранен, а главный представитель ВЧК на этом фронте Иосиф Брегадзе жестоко избит взбунтовавшимися солдатами и чудом выжил.

Почти повсеместно на этой «малой Гражданской войне» в мятежах крестьян на селе или крестьян в форме солдат Красной армии заметна эта направленность против комиссаров и ЧК, как самых главных объектов ненависти после «продовольственной диктатуры» и необъявленной войны Лениным селу на истощение. Вот из массы почти однотипных примеров такого выступления в Красной армии так называемый «Стрекопытовский мятеж» 1919 года, очень схожий по сути с событиями в Верном или Ташкенте. Это выступление в белорусском Гомеле части Тульской бригады РККА во главе с ее командиром Стрекопытовым из призванных военспецов царских офицеров, к которому примкнули солдаты нескольких соседних частей. Восстание в марте 1919 года началось типично: «Нет продразверстке, да частной инициативе, вся власть Учредительному собранию, Советы без коммунистов!» Мятежным частям Стрекопытова удалось захватить губернский центр Гомель и соседний городок Речицу, и сразу был разгромлен Гомельский ревком партии, и сразу гнев восставшей солдатской массы обращен на местную ЧК. Председатель Гомельского ревкома большевиков Комиссаров, начальник Гомельской ЧК Ланге, управделами местной ЧК Бочкин – все они в числе первых захвачены и расстреляны мятежными красноармейцами. После подавления Гомельского восстания большими силами красных курсантов и частей ВЧК Стрекопытов с остатками своего отряда пробился к белым в Прибалтику и ушел в армию Юденича.

В других очагах крестьянских восстаний 1920–1921 годов сотрудники ЧК тоже переходили временами на сторону повстанцев и занимали в их рядах заметное положение. На Украине в эти годы сотрудник ЧК Лунев не просто перешел на сторону крестьян-повстанцев, а сам стал одним из наиболее опасных их атаманов, за которым охотились бывшие коллеги в кожанках. В 1920 году было массовое восстание крестьян в Воронежской губернии против продразверстки, армию повстанцев возглавил перешедший на их сторону командир полка РККА Иван Колесников, разбивший толпы повстанцев на полки и батальоны и создавший в их войске полевой штаб. Перебежавший к колесниковским повстанцам сотрудник местной ЧК Конотопцев создал у них настоящий особый отдел и службу разведки в их армии, позволявшие отрядам колесниковцев вовремя уходить от больших частей РККА. Окончательно движение воронежских крестьян Колесникова подавлено только в 1921 году, когда Воронежская ЧК сумела внедрить в его штаб в качестве любовницы молодую чекистку Екатерину Веренкину, которая выдала местонахождение штаба повстанцев и помогла его ликвидировать.