В 1920 году самая активная часть Гражданской войны практически была закончена. Остатки армии Врангеля ушли из Крыма в эмиграцию, и на юге России наступило относительное затишье. В том же году мир с Польшей освободил Советскую Россию и от Западного фронта. До 1922 года военные действия велись на Дальнем Востоке и в Забайкалье против самых упорных белых и казачьих отрядов, поддерживаемых японцами. На Украине – с остатками армий Петлюры и Махно. А в Центральной России и на юге страны с периодически возникавшими как реакция на политику военного коммунизма Ленина и грабительскую продразверстку в селах крестьянскими мятежами.

Все эти события советская история тоже считала Гражданской войной, объединив с активной военной кампанией 1918–1920 годов. Хотя это уже наполовину мирные годы для советской власти с отдельными и разрозненными островками сопротивления ей по российским просторам. 1923 год в качестве года Гражданской войны числится уже совсем искусственно. В этот год по России добивались остатки различных банд или мятежных крестьянских армий, ликвидированы в Сибири и Якутии несколько прорывов эмигрантских отрядов через границу. Такие инциденты для Советов случались затем и в 1924 и в 1925 годах, где поднимались на партизанскую борьбу остатки белых и повстанцы, а в отдаленных уголках Сибири, на Дальнем Востоке и в Якутии ликвидации последних очагов «белого бандитизма» затянулись до середины 30-х годов. В целом 1923 год уже совсем мирный год, где белых армий и никакой серьезной угрозы власти Советов не существовало.

Скорее нужно принять устоявшуюся у многих историков хронологию, что активная фаза Гражданской войны в России проходила в 1918–1920 годах, когда всерьез с Красной армией дрались идейные белые и в тылу их кое-где поддерживали так называемые «интервенты» из иностранных экспедиционных частей. А в 1921–1922 годах была вторая фаза добивания последних очагов белого сопротивления на окраинах и обширного внутреннего фронта антисоветских восстаний (Сибирь, Волга, Тамбов, Кронштадт, Средняя Азия). Если даже считать все это одной сплошной Гражданской войной в России, то пусть она и началась московскими и петроградскими уличными боями сразу в октябре 1917 года (в декабре 1917 года официально создана и первая Добровольческая армия белых на Дону) – закончилась она в любом случае в октябре 1922 года, когда у дальневосточного Спасска разбита последняя организованная армия белых («Земская рать» генерала Дитерихса) и красные взяли Владивосток. «И на Тихом океане свой закончили поход», – признавали сами большевики в своей хвалебной песне о победе в этой войне, ставя хронологическую точку в ней на осени 1922 года. Именно эти пять полных лет и есть наша Гражданская война, именно они полностью совпадают с эпохой жизни ВЧК в ленинской Советской России.

ЧК в эти годы второй фазы Гражданской войны во фронтовых условиях продолжала «красный террор», хотя и в меньшем объеме. 18 марта 1920 года вышло постановление ВЦИК, отнимавшее у ЧК право на внесудебные репрессии и расстрелы, это было официальное окончание кампании «красного террора». К тому моменту Гражданская война уже явно шла к победе красных, на момент этого декрета ВЦИК из серьезных белых армий оставались только практически запертый в Крыму Врангель с остатками своего «добровольческого» войска и окружаемый со всех сторон в Забайкалье атаман Семенов с остатками колчаковской армии при нем. Страну нужно было понемногу перестраивать на рельсы мирной жизни, и необходимость в «красном терроре» с особыми и почти безмерными полномочиями ВЧК для советской власти была утрачена. Из органа классового террора ВЧК нужно было начинать перестраивать в спецслужбу мирного государства.

Сам Дзержинский и его первые приближенные тоже часто высказывали по этому поводу недоумение решением власти, тогда еще отчасти продолжалась романтическая фаза работы ЧК в условиях Гражданской войны, когда чекисты не брали автоматически под козырек в ответ на любое приказание Кремля, а могли затевать партийные дискуссии на этот счет. Сам Феликс Эдмундович в эти годы часто вновь спорил с другими высокопоставленными советскими деятелями, поднявшими наряду с ограничением «красного террора» в очередной раз вопрос о постановке ЧК под контроль Наркомюста или о слиянии его в одно ведомство с Наркоматом внутренних дел. В Наркомате юстиции уже давно не правили бал левые эсеры, как это было в первой половине 1918 года, но Дзержинский все равно такими предложениями был крайне раздражен. Он отказывал представителям Наркомюста в доступе к материалам о расстрелах в ЧК в эти годы, до хрипоты спорил на эту тему с наркомом юстиции Крыленко.

В итоге компромисс в 1920 году был найден. ВЧК оставалась независимой силой, подчиненной только ВЦИК (на самом деле бывшему лишь исполнительным органом при ленинском Совнаркоме – советском правительстве), по-прежнему отделенной от Наркомюста и Наркомата внутренних дел. Право на бессудные репрессии у ЧК тогда все же отобрали. На деле же кое-где по России они некоторое время продолжались. Уже в мартовские дни 1920 года ВЧК перед этим постановлением зачистила свои внутренние тюрьмы, расстреляв там многих арестованных ранее. Прямо в последнюю ночь перед указом об отмене смертной казни в Петрограде ЧК расстреляно в тюрьме 400 заключенных, в Москве примерно 160 человек, в Саратове 52 расстрелянных, и так по всей огромной стране. Впрочем, ЧК и после вступления в силу объявленной амнистии не раз нарушала данное властью слово и расстреливала в 1920–1921 годах лидеров сдавшихся повстанцев, как это было сделано в Полтаве или в Тамбове.

При этом то же постановление ВЦИК от марта 1920 года сохранило право ЧК на бессудные казни во фронтовой полосе. А так как до 1922 года в России были зоны боевых действий и фронты, то чекисты при необходимости возили обреченных из городов к ближайшим фронтовым зонам для расстрела. Как только возникал очередной очаг крестьянского восстания, там объявляли военное положение, и у ЧК вновь были развязаны руки. Часто ЧК начинала превентивные аресты и репрессии, если обстановка в каком-либо регионе только накалялась. Так, напуганная размахом выступлений крестьян Сибири и Тамбовщины советская власть потребовала в 1921 году принять меры, и по приказу Дзержинского из Москвы начальник Тульской ЧК Кауль организовал массовые аресты всех тульских эсеров, меньшевиков, анархистов, народных социалистов и им сочувствующих.

Да и, в конце концов, после марта 1920 года революционные трибуналы после чекистского следствия часто уже по суду выносили смертные приговоры, а те же чекисты приводили их в исполнение. В эти 1920–1921 годы расстреливают взятых ранее в плен колчаковских и врангелевских офицеров, расстреливают тамбовских и сибирских повстанцев, расстреливают недовольных городских интеллигентов и призывающих к забастовкам против военного коммунизма агитаторов из рабочих, расстреливают, расстреливают… и все без конца. Создана в ВЧК особая комиссия по «регистрации» бывших офицеров белых армий под началом чекиста-матроса Панкратова, успевшего отличиться резней во главе Тифлисской ЧК при захвате Красной армией Грузии. Часть из этих офицеров сложила оружие добровольно, поверив обещанию Советов простить, кто-то даже успел с 1920 года повоевать против ранее своих белых или поляков, но теперь они армии Троцкого не нужны, их опять начинают фильтровать в этой комиссии, многих расстреливают или отправляют в лагеря.