Вильянуэва умер в Сарагосе 21 июля 1653 года. Вскоре после его смерти инквизиция пыталась возобновить над ним процесс; ее целью было, во-первых, подтвердить право своей юрисдикции и, во-вторых, путем конфискации завладеть его имуществом. Однако папа Александр VII в 1661 году этот процесс запретил, но вовсе не потому, что его заботило сохранение доброго имени Вильянуэвы, а потому, что инквизиция опять вторгалась на территорию, которую курия считала своей.

Когда на испанский престол сели в лице Филиппа V Бурбоны, инквизиция лучше, чем Римская курия, приспособилась к новым порядкам. Папа долго еще боролся за свою гегемонию, но вынужден был медленно, шаг за шагом, уступать. Закон 1705 года, которым запрещались апелляции в Рим и публикация в Испании без разрешения короля каких бы то ни было документов, исходящих от пап, нанес окончательный удар по амбициям курии играть самостоятельную роль во внутренних испанских делах.

Как сторонник абсолютизма Фердинанд II Католик не мог, разумеется, сочувствовать усилению в Испании власти папы и однажды даже запретил пребывание в своей стране папскому нунцию и легатам. На инквизицию он смотрел не как на средство увеличения авторитета католической церкви, а как на средство усиления собственной власти, которой отныне должен был принадлежать решающий голос не только в светских делах, но и в духовных. Этим объясняется, почему дальновидный король так настойчиво требовал для себя права называть кандидатов в великие инквизиторы и в члены Супремы; правда, первоначально предполагалось, что этим вмешательство Фердинанда в дела инквизиции ограничится. Но Фердинанд толковал свое право контроля над деятельностью инквизиции в самом широком смысле — явочным порядком он стал принимать участие в назначении и смещении ее низших служителей, так что и Торквемада вынужден был официально признать за королем это право, подчеркнув в своих знаменитых инструкциях значительность роли короля во всех делах инквизиции. Но раз великий инквизитор мирился с правом вмешательства Фердинанда в инквизиционные дела, то и кортесы, естественно, стали обращаться к нему с различными ходатайствами об изменении некоторых суровых мер инквизиции и вообще о преобразовании ее деятельности.

Впрочем, король собственной властью не предпринимал никаких принципиальных шагов. Но при этом он вмешивался во все мелочи сложной жизни инквизиции и не оставлял без внимания ни одного инцидента, который даже косвенно мог быть в той или иной степени вреден интересам королевской власти. С особенным усердием он наблюдал за финансами инквизиции; без его согласия она не могла производить никаких расходов и даже выдавать жалованье своим служителям. С другой стороны, он совершенно не касался духовных дел инквизиции и никогда не высказывался по поводу наложенных трибуналами на еретиков епитимий или провозглашения того или иного обвиняемого еретиком.

Порой Фердинанд вмешивался, если видел злоупотребления, совершаемые отдельными трибуналами, и смягчал чрезмерно жестокие наказания. Напомним о его письмах к папе Юлию II, в которых он указывает, что с 1492 года много евреев и мавров приняли христианство, и было бы несправедливо обращаться с ними крайне строго, так как они еще не достаточно крепки в новой вере. Характерно, что Фердинанд неоднократно намекает Юлию II, что не следует инквизиторам чересчур усердствовать в своей деятельности — умеренность часто полезнее строгости. В 1508 году он запретил насильно обращать мавров в христианство и приказал освободить из тюрьмы тех, кто арестован за нежелание стать христианами. В 1510 году Фердинанд даже приказал инквизиторам разрешить маврам, принявшим христианство, снова переходить в мусульманскую веру.

Со смертью Фердинанда, при номинальном правлении больной Хуаны Безумной и несовершеннолетии Карла V, когда во главе государства находился великий инквизитор Хименес, контроль светской власти над деятельностью инквизиции заметно уменьшился. Не только служители трибуналов, но и приемщики конфискованных ценностей, считавшиеся светскими чиновниками и обязанные отчитываться перед королем, стали назначаться исключительно великим инквизитором либо Супремой. Например, 11 марта 1517 года Хименес пишет толедскому приемщику конфиската, чтобы он ввиду большого количества работы нашел помощника и отправил к Супреме для утверждения его в этом звании. Когда император Карл V, будучи в Нидерландах, собирался в путь, чтобы занять испанский престол, он намеревался реорганизовать инквизицию, о которой его советники, нередко новообращенные, отзывались крайне отрицательно. Но Хименес узнал об этом и убедил совет Кастилии написать Карлу, что мир и спокойствие страны, а также прочность королевской власти могут быть гарантированы лишь в том случае, если испанский король будет во всем поддерживать инквизицию. На Карла, по-видимому, это произвело сильное впечатление, и он даже заявил, что готов исключить из своей свиты всех, в чьих жилах течет еврейская кровь. Желая доказать, что его слова серьезны, он отправил Супреме список своих приближенных с просьбой сделать надлежащее расследование об их происхождении. Вскоре, однако, до Хименеса опять дошли тревожные вести — на этот раз о том, что Карл собирается отменить правило, согласно которому имена свидетелей должны держаться в строгой тайне. Это подрывало сам фундамент инквизиции, и Хименес отправил Карлу письмо, в котором, в частности, писал, что Фердинанд и Изабелла в свое время отвергли 1200000 дукатов, предложенные им в обмен на публикацию свидетельских имен, и Карл оставил свою идею.

Прибыв в Испанию и наслушавшись жалоб на пристрастность и жестокость инквизиционных трибуналов, Карл созвал комиссию из теологов, дабы она установила, насколько эти жалобы справедливы. Комиссия собрала огромный материал, в общем крайне неблагоприятный для инквизиции, и дело шло к тому, что она подвергнется значительным изменениям. В последний момент, однако, Карл стал колебаться и отложил реформирование инквизиции на неопределенное время, хотя и клялся перед кортесами это сделать. Но клятва эта была совершенно неискренней, так как вслед за ней он поручил своему посланнику в Риме графу Сифуэнтесу получить от папы разрешение на ее несоблюдение. Единственное, на чем он настоял в смысле ограничения прав инквизиции, — чтобы при всех назначениях испрашивали предварительно согласие короля, но это не всегда соблюдалось.

В 1523 году Карл опубликовал эдикт, коим запретил государственным и общественным учреждениям издавать какие-либо законы, ограничивающие деятельность инквизиции; уже существовавшие таковые законы отныне объявлялись не имеющими силы. Под охраной этого эдикта инквизиция не подчинялась даже простым полицейско-санитарным распоряжениям. В том же 1523 году Карл разрешил избирать инквизиторов на общественные должности. Последние часто распределялись по жребию, и до этого в жеребьевке инквизиторы не участвовали, так как народ — поскольку они находились вне власти обычного суда — опасался с их стороны чрезмерных злоупотреблений. Не осталась без внимания Карла и прислуга инквизиционных трибуналов, на которую он распространил привилегию неподсудности, доступную прежде только инквизиторам и штатным осведомителям.