Как говорилось выше, голландцы — единственные европейцы, которым официально было разрешено находиться в стране при режиме Токугава. В XVII–XVIII веках они представляли собой одну из самых богатых стран мира с развитой наукой, а также огромной торговой империей с центром в Голландской Ост-Индии. Голландцы привозили в Японию с запада множество достижений промышленной и научной революции. Несмотря на то что в основном голландцы занимали крохотный насыпной островок под названием Дэдзима, ежегодно небольшое посольство, состоящее из главы фактории, секретаря и врача, должно было приезжать в Эдо, привозя сёгуну подарки и новости из внешнего мира. Девяностодневное путешествие с едой, вином, столами, стульями напоминало процессии санкин котай даймё, а статус главы фактории воспринимался как равный статусу даймё; однако, в отличие от даймё, европейцы оставались в Эдо не более двух-трех недель. Дары, привозимые голландцами, — телескопы и микроскопы, карты и глобусы, часы, масляная живопись, очки, волшебные фонари, заводные механические куклы (каракури нингё) — завоевали популярность среди многих даймё и высокопоставленных сановников. Голландскому посольству также вменялось в обязанность устраивать для сёгуна развлечения — пение и танцы, в то время как придворные дамы наблюдали за ними из-за ширм. Очарованность японцев Голландией хорошо заметна по гравюрам, в которых тщательно зафиксированы одежды, вещи и обычаи голландцев.

Чтобы ограничить разрушительное влияние христианства, ранние сёгуны строго запрещали доступ к иностранным книгам и знаниям. В 1720 году восьмой сёгун Токугава Ёсимунэ (1684–1751) разрешил переводить голландские тексты по тем естественным наукам, которые могли оказаться полезными для Японии. Дозволенные книги делились на две категории: астрономия, включавшая науку о календаре, картографию и географию, и медицина, включавшая химию, физику, ботанику, минералогию и зоологию. Изучение западной науки и искусств получило название рангаку (голландские науки) и было доступно очень узкой группе японских специалистов. Врачам рангаку также требовались особые западные медицинские приемы, которыми они овладевали, наблюдая «хирургию рыжеволосых» голландских докторов на Дэдзиме.

Японские представления о человеческом теле в те времена основывались на спекулятивных теориях, почерпнутых из китайской традиционной медицины, поскольку как буддизм, так и конфуцианство запрещали вскрытие трупов. Когда в Японии появились европейские анатомические атласы, противоречившие китайским теориям, официально назначенный хирург Сугита Гэмпаку (1722–1817) пожелал присутствовать на вскрытии тела преступницы, известной под именем Ведьмы Зеленого Чая (Аотябаба). Сугита с удивлением выяснил, что вид и расположение органов женщины гораздо более походили на рисунки в европейских анатомических атласах, нежели на традиционные китайские описания. Совместно с другими учеными рангаку Сугита в течение нескольких лет работал над переводом авторитетного голландского труда по анатомии. В результате, после многих лет кропотливого труда, в 1774 году вышел Кайтай синсо («Новый трактат по анатомии»). Эта книга стала одним из самых влиятельных трудов по медицине за всю историю Японии. Японские врачи начали соединять китайский и европейский подходы, к примеру сочетая акупунктуру с научными представлениями об анатомии. Дальнейшие переводы и публикации западных хирургических учебников в начале XIX века предоставили японцам сведения об операциях, ранениях, перевязках, переломах и кровопускании, широко распространившиеся по всей стране.

Другим блестящим, хотя и несколько эксцентричным ученым рангаку был Хирага Гэннай (1728–1780) — самурай низкого ранга, познакомившийся с голландскими идеями во время обучения фитомедицине в Нагасаки. Переехав впоследствии в Эдо, он экспериментировал с западной наукой и искусством, изобретя термометр, ткань из асбеста и электростатический генератор. Хирага изучал приемы европейской живописи, обладавшей более естественной перспективой, и его ученик Сиба Кокан (1747–1818) стал одним из первых художников, работавших в западном стиле (ёга).

Критики утверждают, что в период Токугава и последующую эпоху Мэйдзи буддизм стал «дегенеративным», коррумпированным, монахи пренебрегали собственными обетами и вели себя развратно. Отчасти эти обвинения были правдой — в основном вследствие государственного надзора и кооптации буддийских институций, которые настолько подавили развитие буддизма, что в период Токугава не появилось ни одной новой доктрины, ни одного нового масштабного учения и почти ни одного действительно влиятельного и заметного священника или религиозного лидера. Особенно это заметно в сравнении с примечательными нововведениями в буддийских учениях и практиках Средневековья под предводительством харизматических религиозных лидеров. При сёгунате Токугава буддизм стал формой государственной религии: всем японцам было приказано регистрироваться в местных храмах, куда ходили их семьи, — чтобы доказать, что они не христиане. Именно в этот период буддийские храмы стали в первую очередь ассоциироваться с погребальными и поминальными практиками и ритуалами — дорогим 33-летним циклом поминальных обрядов, за счет которых в основном и содержались храмы. Идея «погребального буддизма» и по сей день характерна для религиозных взглядов многих японцев.

Тем не менее несколько известных монахов пытались очистить и возродить традиции. Монах Риндзай-дзэн Хакуин Экаку (1686–1769) работал над тем, чтобы переориентировать свое учение на тщательную медитацию и практику коанов. Несмотря на то что он был художником-любителем, его живописные и каллиграфические работы, ставшие впоследствии образцами для последующих монахов дзэн, поражают силой, прямотой и личностным подходом. Хакуин начал учиться каллиграфии еще подростком, но в 22 года увидел, как работает настоящий мастер дзэн, и осознал, что каллиграфия — это не навык, а выражение человеческого характера. Художественная сила Хакуина проявилась после 60 лет. Он изображал огромное количество разнообразных объектов — от богов удачи до суровых ликов патриархов дзэн, создавая для дзэна новый визуальный язык, не ограниченный известными идеализированными пейзажами, но включавший персонажей народных сказок, птиц, животных, повседневные предметы и виды. Хакуин создал тысячи и тысячи рисунков, которые бесплатно раздавал всем, кто просил его об этом.

Таким образом, религиозное развитие в период Токугава происходило не столько в рамках официального буддизма, сколько в процессе взрывного роста форм народной религиозности. К примеру, среди населения широко распространились новые синкретические формы религиозной философии, вышедшие из-под пера Хираты Ацутанэ, Исиды Байгана, Ниномии Сонтоку. В самых отдаленных уголках Японии появлялись бродячие религиозные проповедники — от экзорцистов до нищенствующих монахов (хидзири). За плату они оказывали различные религиозные и светские услуги, как монашествующие сказители Средних веков: одни занимались прорицаниями, другие торговали вразнос религиозными товарами, третьи развлекали народ танцами или игрой на бамбуковых флейтах сякухати или на других инструментах. В эту эпоху популярные божества и священные места приобрели или укрепили свою репутацию дающих определенные «практические блага»: к ним обращались за лечением, богатством, защитой от пожара, что сделало их крупными центрами поклонения. С другой стороны, огромную популярность набирала другая форма религиозной практики — паломничество к священному месту или по нескольким таким местам. Этому способствовало и появление с середины XVII века книг-путеводителей и дневников путешественников. Паломничества и экскурсии к популярным святилищам и храмам не носили сугубо религиозного характера: это была культура «молитвы и игры», содержавшая в себе духовную составляющую наряду с развлечением.