Как только Германия вторглась в Польшу, путешествия Коттона в Германию прекратились. В ожидании объявления войны Адмиралтейство обратилось к SIS и Фреду Уинтерботаму с просьбой поставлять сведения о кораблях в немецком порту Вильгельмсхафен. Благодаря полетам небольшого самолета "Бичкрафт" (Beechcraft) в пределах нидерландской территории британцы смогли фотографировать суда, выглядевшие на фотографиях как серые карандаши. Но увеличение позволяло экспертам Адмиралтейства распознавать отдельные единицы.

Как только война была объявлена, военные разведывательные самолеты могли беспрепятственно приступить к разведке — и менее чем через час после объявления войны команда бомбардировщиков "бленхайм" взлетела с Уитонской воздушной базы в Британии с первым официальным заданием по фоторазведке. И снова целью миссии стал Вильгельмсхафен для подготовки планов налета на порт.

Объявление войны также означало, что больше не нужно пользоваться гражданскими фоторазведывательными подразделениями. 22 сентября 1939 года работа Сидни Коттона в роли воздушного шпиона SIS подошла к концу, и он перешел в Королевские ВВС, положив начало секретному подразделению.

Первым делом Коттон решил заменить "бленхаймы", уже продемонстрировавшие, насколько они уязвимы для немецких зениток, наибыстрейшими истребителями мира — "Сьюпермэрин Спитфайр" (Supermarine Spitfire) Королевских ВВС. Его скорость и высота позволяли пролететь над интересующими объектами и вернуться в целости и сохранности. И хотя поначалу Коттон не слишком в этом преуспел, вскоре ему все же удалось убедить вице-маршала ВВС, главнокомандующего истребительной авиацией сэра Хью Даудинга предоставить ему два "спитфайра".

Получив желанный трофей, Коттон приступил к испытаниям возможностей самолета в роли разведчика. Под стартовую площадку был избран аэродром под Лиллем, в Секлине, и двое подчиненных Коттона доставили туда один из "спитфайров" — N-3071. Были приняты все меры по сохранению в тайне деятельности подразделения, получившего название Эскадрильи специального наблюдения (Special Survey Flight)[36]. N-3071 имел собственный ангар, стоявший на запоре, и пилотам британских экспедиционных войск в Секлине оставалось лишь гадать о назначении этого самолета.

Наконец 18 ноября настал момент истины. В 13.00 самолет, за штурвалом которого находился Морис Лонгботтом, взлетел и направился к немецкой границе и Аахену. В каком-то смысле вылазка была неудачной, так как до своей цели Лонгботтом не долетел. Но в куда более важном смысле миссия увенчалась ошеломительным успехом. Лонгботтом смог сделать несколько серий высококачественных фотоснимков с высоты 33 тысяч футов над Эйпеном и местностью к западу от границы. Еще ни разу до тех пор хорошие фотографии не делали с такой большой высоты в военных условиях при помощи камеры, установленной на "спитфайре". Фотосъемка без риска в военное время из мечты стала реальностью.

Последующие миссии не только внесли вклад в военную кампанию против центральных держав, но и позволили добиться новых успехов в области фоторазведки и интерпретации. В феврале 1940 года Адмиралтейство потребовало фотографии Вильгельмсхафена для выяснения, покинул ли "Тирпиц" сухой док, как доносили источники. Разведывательный самолет "бленхайм" был не в состоянии представить подобный ответ. Но один из четырех "спитфайров" в подразделении фотографических разработок был оборудован дополнительным баком, позволившим ему долететь до Вильгельмсхафена.

10 февраля "спитфайр" типа В сфотографировал с высоты 30 тысяч футов и Вильгельмсхафен, и Эмден. В апреле с появлением "спитфайра" типа С, имевшего большую дальность полета, к списку разведывательных целей добавился и Киль.

Фотографии Эмдена и Вильгельмсхафена дали возможность испробовать швейцарскую "дикую" (Wild) машину для измерения объектов на разведывательных фотографиях. Скоро стало очевидно, что из фотографий "спитфайра" можно извлечь весьма обширную информацию. В течение 48 часов удалось составить планы порта Эмден и военно-морской базы в Вильгельмсхафене, причем все суда были изображены в правильном масштабе.

В следующем месяце фоторазведка внесла вклад в планирование кампании по бомбардировке Рура. Второй "спитфайр" оборудовали дополнительным баком, и 2 марта он покинул Хестон для пролета над Руром. Доставленные высотные высококачественные фотографии использовались для сборки "мозаики". Фотоинтерпретаторы подгоняли друг к другу взаимоперекрывающиеся фотоснимки и репродуцировали их, что позволило охватить обширную территорию, однако не в ущерб детальности. Когда Коттон развернул "мозаику" перед главным маршалом авиации, главнокомандующим бомбардировочной авиацией сэром Эдгаром Людловым-Хьюиттом, тот выразил изумление и восторг.

Летом 1940 года, после отхода в начале июня из Дюнкерка воздушная разведка приобрела даже большее значение, поскольку британцы начали следить за признаками предстоящей агрессии. В мае Объединенный комитет разведки выделил фоторазведку как наилучшее средство предотвращения внезапного нападения. Но прежде чем посвятить все свое внимание немцам, британцы должны были разрешить кое-какие вопросы между собой. Адмиралтейство требовало, чтобы усилия разведки были посвящены исключительно наблюдению за вражескими портами. Бомбардировочная авиация возражала на основании того, что бомбардировка немецких целей является частью стратегии сдерживания, а она нуждается в поддержке разведки. И наконец, было принято решение передать PRU Береговому командованию, чьей главной обязанностью было наблюдение за портами вторжения. Вдобавок решили увеличить объем разведки, учредив передовые базы в Шотландии и Корнуолле, чтобы в пределах досягаемости оказался более обширный участок вражеского побережья.

Поначалу пилоты PRU фотографировали нидерландские порты и побережье Ла-Манша, получая довольно скудные сведения. Не было никаких признаков угрожающего скопления судов, говорящего о близости вторжения. Но требовалось вести постоянное наблюдение, так что, когда сплошная облачность помешала высотным полетам, были предприняты разведывательные миссии на малых высотах.

И хотя в июле фоторазведка не выявила признаков скопления войск вторжения, она позволила британцам наблюдать за наращиванием немцами оборонительных сооружений вдоль французского побережья, и эта осведомленность сыграла важнейшую роль в планировании возвращения союзных войск. Новые фотографии мыса Грис-Нез показали сеть недавно протоптанных тропинок и три котлована, каждый величиной вдвое больше дома. Земля, вынутая из котлованов, на фотографии выглядела ослепительно белой на сером фоне не потревоженного естественного ландшафта и напоминала новые военные сооружения. Менее месяца спустя первые гигантские двенадцатидюймовые орудия оказались на позициях. Другие фотографии демонстрировали тени столбов и свежевырытую землю у их оснований, указывая на появление телефонных линий и расположение местных штабов.