7 июня. Третий день. Основные силы Таля подошли к Бир-Гифгафу, его северные спецсилы двигались на Румани. Передовая бригада Йоффе, дойдя до восточного края ущелья Митла, оставшись без топлива и боеприпасов, остановилась и была окружена отступавшими египетскими частями. Другая часть бригады двинулась на выручку к окруженным. Шарон вышел к Нахлю, другие подразделения очистили Северо-Восточный Синай, а воздушный и водно-сухопутный десанты захватили Шарм-эш-Шейх.

8 июня. Четвертый день. Египетские бронетанковые части пытались прикрыть отступление, но были отброшены Талем, продолжавшим давление на Суэцкий канал между Кантарой и Исмаилией. Дивизия Йоффе, воссоединившись, прорвалась через ущелье Митла и подошла к каналу с противоположной от Порт-Суэца стороны. После ускоренного марша через пустыню дивизия Шарона взяла Нахль и последовала за Йоффе в ущелье Митла. Несмотря на остававшиеся в изоляции египетские части, Синай полностью был в руках израильтян.

9 июня. Пятый день. Прекращение огня. СБ ООН добился прекращения огня. Израиль прекратил огонь немедленно, Египет — на следующий день.

Операции на Иорданском фронте.

Израильская стратегия подразумевала избегать операций против Иордании и Сирии, пока не будет одержана победа на Синайском фронте. В то же время Израиль стремился установить контроль над Иерусалимом. Несмотря на то что королю Хусейну было предложено сохранять нейтралитет в обмен на обещание о ненападении, арабское давление заставляло короля вступить в войну, а недавнее соглашение с Насером делало нейтралитет невозможным. Очевидно, он надеялся, что его дальнобойная артиллерия (155-мм пушки «Long Tom»), направленная на Тель-Авив, удовлетворит союзников, не спровоцировав Израиль. Однако эти орудия представляли угрозу ВПП основной израильской северной авиабазы в Рамат-Давиде. Исходя из этого, после начала обстрела Израилем было принято решение об операциях против Иордании.

Хронология битвы за Иерусалим была следующей.

5 июня. Первый день. В 8:30 МИД Израиля передал главе Организации ООН по Наблюдению за Перемирием генералу Буллу письмо для короля Иордании Хусейна. В письме короля просили воздержаться от вступления в войну и давалось обещание, что в случае неучастия Иордании в войне ей не будет причинено вреда. Письмо было передано королю только в 11:00, но он отверг его, указав, что его самолеты уже на пути к израильским целям.

В Иерусалиме спорадические бои начались в 10:15 утра. В 11:45 иорданский арабский легион начал минометные обстрелы целей в Западном Иерусалиме, а иорданская артиллерия начала наносить удары по целям к востоку от Тель-Авива и по Изреельской долине.

Подкрепление, направленное бригадным генералом Узи Наркисом командующему центральными силами, позволило тому начать наступление силами трех бригад. Главными в операции были парашютисты подразделений полковника Мордехая (Моты) Гура. В тот же день они приблизились к стенам Старого города, где гарнизоном командовал иорданский бригадный генерал Ата Али.

В ходе авиаударов самолеты ВВС Израиля на горе Аджлун уничтожили мощнейшую в Иордании РЛС Markoni 247.

6 июня. Второй день. Израильское наступление на Старый город было остановлено сильным и упорным сопротивлением. Тем не менее окружение города было завершено — части танковой бригады захватили Рамаллу на севере, другая бригада заняла Латрун на юго-западе. Впервые после 1947 года дорога Тель-Авив-Иерусалим была открыта для израильского движения.

7 июня. Третий день. Полковник Гур штурмом взял Старый город. Около полудня был захвачен Вифлеем, чуть позже — Гуш Эцион. Обе стороны принимают предложение СБ ООН о прекращении огня с 20:00.

Дженин-Наблусское сражение.

5 июня. Первый день. Израильские Северные силы, возглавляемые генерал-майором Давидом Элазаром, приблизительно составляли две с половиной бригады. К полуночи одна дивизия и усиленная танковая бригада подходили к Дженину.

6 июня. Второй день. В результате тяжелого сражения Дженин взят.

7 июня. Третий день. Израильтяне, продолжая натиск на Наблус, после кровопролитного сражения овладели им. Сильно поредевшие иорданские силы переправились через реку Иордан, где оставались до прекращения огня.

Операции на Сирийском фронте.

5–8 июня. Первый — четвертый день. Голанские высоты удерживали шесть сирийских бригад (с шестью в резерве) на востоке Кунейтры. Вечером 5 июня ударами израильских ВВС было уничтожено приблизительно две трети всех сирийских ВВС. В течение четырех дней происходили артиллерийские дуэли, стороны не предпринимали попыток завладеть инициативой.

9 июня. Пятый день. Элазар получил приказ срочно начать наступление рано утром. Он сконцентрировал войска для первоначального броска через район Дан-Баниас севернее Голанского плато, вдоль подножия горы Хермон. К ночи эти силы прорвали сирийскую оборону, и три бригады вышли на плато рано утром следующего дня. Одновременно другие части пробивались через холмы севернее озера Кинерет, и Элазар отдал приказ частям, недавно сражавшимся в Дженин-Наблусском районе, двигаться на север и ударить по Голанским высотам южнее озера.

10 июня. Шестой день. Израильтяне прорвались через сирийскую оборону на севере Голанских высот, затем усилили лобовую атаку через плато, чтобы подойти к Кунейтре с севера, запада и юго-запада. Одновременно группа войск, передислоцированная с Иорданского фронта, угрожала Кунейтре с юга. К вечеру Кунейтра была окружена, и бронетанковое подразделение вошло в город.

Прекращение огня вступило в силу в 19:30. В общей сумме арабы потеряли от 15 000 или более убитых, израильтяне 800–1000 убитых.

По различным данным, Израиль потерял в этой войне убитыми 779 человек (по данным израильского МИД — 776 человек). Из них 338 погибло на синайском фронте, 300 — на иорданском (включая 183 в битве за Иерусалим) и 141 — на сирийском, по другим данным, общие безвозвратные потери составили 983 человека. В ходе боевых действий было выведено из строя 394 израильских танка из 1093 задействованных.

Со стороны арабских стран, принимавших участие в боевых действиях потери были следующими:

Египет — 11 500 погибших (по некоторым оценкам — до 15 тыс.), 20 000 раненых, 5500 пленных.

Иордания — 696 погибших, 421 раненый, 2000 пропавших без вести. Потеряно 179 танков, 53 БТР, 1062 орудия, 3166 автомашин и около 20 000 единиц стрелкового оружия. 7000 тонн боеприпасов достались израильтянам в качестве трофеев.

Сирия — от 1000 до 2500 погибших, 5000 раненых.

Ирак — 10 погибших, 30 раненых.

Потери были и в других странах.

США и Великобритания не принимали участие в конфликте, хотя пострадали от действий Израиля. Израильтянами был выведен из строя, точнее, уничтожен, так как он был списан после этого, боевой корабль ВМС США USS Liberty, убито 34 и ранено 173 американца, также израильской авиацией был уничтожен самолет Devon C1 Королевских ВВС Великобритании в иорданском международном аэропорту Амман. По заявлениям академической прессы Стэнфордского университета, 35 советских военных специалистов в Египте и Сирии погибли в конфликте, в основном при бомбардировках израильских ВВС. В советских и российских источниках эта информация не подтверждается, в опубликованном в 2002 году полном списке потерь советских военнослужащих в Египте первые потери произошли лишь 17 июня 1967 года, то есть уже после окончания войны.