Комментарии его с этого момента запрещалось не только печатать, читать, но и хранить в числе других книг. Они вносились в дальнейшем во все выпуски испанского индекса вплоть до 1747 года. Рим оказался более последовательным: он исключил книгу Карансы из своего индекса только в 1900 году.

Оглашение приговора произошло в торжественной обстановке, приличествующей заключительному акту по делу, занимавшему внимание христианского мира в течение семнадцати лет. Карансу доставили из тюрьмы в Апостольский дворец, где на папском троне под балдахином восседал папа, на скамьях сидели кардиналы, а вокруг стояло около сотни зрителей. После исполнения необходимых формальностей папа протянул свиток с приговором секретарю суда, который громко прочитал его. По окончании чтения приговора Каранса бесстрастным голосом отрекся от своих заблуждений, а затем его подвели к стопам папы, который распространился о милости, ему оказанной, и заявил, что он мог бы рассчитывать еще на большее, если бы вел жизнь, приличествующую его сану. После этого Карансу передали в распоряжение начальника гвардии, и тот доставил его в доминиканский монастырь Санта-Мариа.

В силу наложенной на него епитимии Каранса обязан был посетить в субботу Пасхальной недели семь церквей. Слух об этом распространился в народе, и у монастыря собралась громадная толпа, желавшая выразить сочувствие осужденному архиепископу. Чтобы помешать изъявлению столь неуместных чувств, папа перенес день епитимии Карансы с субботы на воскресенье, 23 апреля. Но это не помогло. Люди следовали за Карансой по пятам, и шествие по церквам, назначенное ему в наказание, превратилось в настоящий триумф. Повсюду его встречали с почестями, в Латеранском соборе он даже отслужил мессу. Но в конце дня с ним случился болезненный припадок. Вернувшись в монастырь, Каранса слег в постель, чтобы уже более не встать. Болезнь быстро прогрессировала, 30 апреля папа прислал больному свое благословение и отпущение грехов. В тот же день Каранса торжественно подтвердил свою неизменную преданность католической религии, затем принял предсмертное напутствие и 2 мая скончался. Он вступил в тюрьму цветущим человеком пятидесяти шести лет и покинул ее накануне смерти надломленным, дряхлым семидесятитрехлетним стариком.

Тело Карансы было подвергнуто вскрытию. Это свидетельствует о том, что существовали сомнения в естественности его смерти. Если принять во внимание, что в тот жестокий век устранение неудобных почему-либо лиц считалось одним из главных средств государственного правления и что Филипп сильно опасался возможного возвращения осужденного архиепископа, воспринимая саму возможность этого как удар по авторитету инквизиции и унижение королевского достоинства, то можно допустить, что внезапная смерть Карансы была делом рук агентов испанского короля. Подобное предположение не дополняет ничего особенного к образу Филиппа II, на чьей совести было немало тайных убийств.

Удивительно то, что процесс и осуждение Карансы почти не отразились на репутации его как правоверного борца за интересы католической церкви. Великий инквизитор кардинал Гаспар де Кирога-и-Вела, занявший толедскую кафедру в 1577 году, велел поставить ему памятник и поместить его портрет среди портретов остальных своих предшественников.

Жертвами инквизиции становилось немало высокопоставленных лиц. Одним из первых пострадал Хаиме, инфант Наварры, или, как чаще его называют, инфант Туделы. Он был незаконнорожденным сыном Карлоса Наваррского, принца Вианы и Гироны, брата Фердинанда II Католика. Таким образом, Хаиме был племянником короля, учредившего инквизицию.

В 1485 году, после убийства инквизитора Арбуэса, в Туделу, где он жил, бежали несколько преследуемых инквизицией сарагоссцев, и Хаиме дал в своем доме убежище одному из них. Пробыв в его доме несколько дней, беглец затем благополучно скрылся во Франции. Слух об этом дошел до инквизиции, и в 1487 году Хаиме арестовали по обвинению в сочувствии ереси. Правда, наложенное на него наказание было незначительно: Хаиме, в качестве кающегося одетый в санбенито, в присутствии большого стечения народа должен был прослушать мессу. Ходили, однако, упорные слухи, что его перед службой выпороли.

В конце XVI века едва спасся от инквизиции Педро Луис Борджиа, последний великий мастер военного ордена Монтесы, основанного в качестве продолжателя дела тамплиеров. Борджиа принадлежал к одному из самых аристократических родов. У него было несколько братьев, и все они занимали видное положение: Франсиско был генералом иезуитского ордена, Генрих — кардиналом, Томас — сарагосским архиепископом, Филипп — оранским губернатором и т.д. Валенсийский трибунал, видимо, не боялся гнева всех этих высокопоставленных лиц и арестовал Педро Луиса по обвинению в содомском грехе. Сначала Борджиа обратился за помощью к папе, утверждая, что как великий мастер ордена он подлежит суду лишь святого престола; но Рим отверг его ходатайство. Родовитому содомиту угрожала серьезная кара — опасались даже смертного приговора. Но трибунал неожиданно дрогнул под напором близких ко двору родственников Педро Луиса, и его признали невиновным.

В 1543 году инквизиция привлекла к ответственности генерального капитана и военного губернатора Барселоны Педро Кардону. Он обвинялся в нарушении привилегии барселонского трибунала и был приговорен к частному аутодафе в кафедральной церкви: со свечой в руке, без оружия и орденов, Кардона с поникшей головой выслушивал молитвы, читавшиеся инквизиторами для отпущения греха. Около этого же времени за аналогичный проступок был приговорен к частному аутодафе и денежному штрафу испанский гранд первого класса маркиз Терранова — родственник Карла V, вице-король и генерал-губернатор Сицилии.

Как легко начинали следствие против самых выдающихся людей, видно на примере одного из образованнейших людей Испании доктора Хуана Вергары. В бытность толедским архиепископом великий инквизитор Хименес пригласил к себе Вергару в качестве секретаря, и эти обязанности Вергара продолжил исполнять и тогда, когда Хименеса в качестве архиепископа сменил Фонсека. Одновременно он состоял также профессором философии в университете в Алькала-де-Энаресе, писал на латинском языке стихи, переводил Аристотеля. Когда была арестована иллюминатка Франсиска Эрнандес, она, желая себя спасти, стала оговаривать многих людей и заявила суду, что Вергара исповедует лютеранские идеи. Эрнандес вторил ее последователь монах Франсиско Ортис, сказавший, что Вергара порицал Парижский университет за обнаружение еретических мыслей в сочинениях Эразма, хотя таковых, по мнению Вергары, на самом деле нет. Так как к показаниям Эрнандес и Ортиса доверия было немного, трибунал медлил с арестом Вергары, но, к несчастью для него, в 1533 году стало известно, что он, подкупив стражу, переписывается со своим арестованным братом Бернардино, против которого имелись улики, что он увлекся идеями Эразма Роттердамского. После этого Вергару арестовали по обвинению в ереси и подкупе служителей трибунала.

Когда Вергару арестовали, архиепископ Фонсека просил трибунал выпустить его на поруки, предлагая залог в 50000 дукатов. Но это ходатайство было отклонено, и тогда Фонсека предложил перевести профессора под домашний арест. Все эти хлопоты привели лишь к ужесточению режима содержания — в камере Вергары заколотили окна. На суде Вергара с большой энергией доказывал, что всегда был истым католиком, и, по сути, разбил все доводы обвинения. Но инквизиция, натолкнувшись на препятствие, не сдалась и обвинила его в дружбе с Эразмом Роттердамским. В качестве улики была предъявлена переписка Вергары с Эразмом, которую он вел по поручению архиепископа Фонсеки. То, что с Эразмом вели деятельную переписку многие высокопоставленные лица и даже сам император Карл V, суд не желал принимать во внимание. В то же время у него не хватало аргументов, чтобы вынести обвинительный приговор, и поэтому была взята на вооружение обыкновенная в таких случаях тактика — вынесение окончательного решения откладывалось под разными предлогами, словно судьи чего-то ждали. В конце концов выяснилось, что ожидание это было не напрасным — когда процесс, казалось, уже зашел в тупик, поступил донос от бенедиктинского монаха Алонсо Вируэса, будто бы лично слышавшего еретические высказывания Вергары. Трибунал ухватился за это «доказательство», и 21 декабря 1535 года Вергара был приговорен к «сильному отречению», году заключения в монастыре и штрафу в 1500 дукатов.