Любопытно, что не только родственник Игнатия Лойолы, но и он сам испытал гонения инквизиции. Когда слава о его проповедях распространилась по Испании, инквизиция, как это часто бывало в отношении проповедников, распорядилась навести о нем справки. Вскоре с одной женщиной во время речи Лойолы произошел припадок, и этого оказалось достаточно, чтобы обвинить Лойолу в иллюминатстве; в 1527 году он был заключен в тюрьму, где провел полтора месяца. Согласно приговору трибунала, отныне ему разрешалось проповедовать лишь по особому позволению епископа. Это заставило Лойолу покинуть Испанию и переехать в Париж.

Нельзя сказать, что инцидент с Лойолой был вызван лишь недоразумением. Инквизиция и впоследствии находила духовные упражнения, предлагавшиеся Лойолой (именно так — на латыни «Exercitia Spiritualia» — названо его главное сочинение), опасными и составляющими как бы первую ступень к учению мистиков. Недаром Мельчор Кано отказывался делать различие между иезуитами и иллюминатами, а инквизитор Монтойа, исследовавший в 1575 году иллюминатское движение и представивший Супреме соответствующий доклад, говорил, что иезуиты и иллюминаты проповедуют одно и то же и одинаково достойны наказания. Близкий к Монтойе доминиканец Алонсо де ла Фуэнте вздумал преследовать португальских иезуитов и с этой целью отправил духовной власти Португалии обширный мемориал, в котором указывал, что иезуиты такие же еретики, как иллюминаты, и что необходимо принять энергичные меры как против первых, так и против вторых. Но в Португалии в это время иезуиты находились у власти, и кардинал Энрике, португальский великий инквизитор и будущий король, отослал мемориал Алонсо испанской инквизиции, требуя покарать дерзкого монаха. Ввиду предстоящего в близком будущем присоединения Португалии к Испании Супрема весьма дорожила добрым расположением Энрике; поэтому монаху сделали выговор и отправили его в монастырь. Энрике не удовлетворился этим и потребовал либо выдать ему Алонсо, либо отдать это дело на рассмотрение в Рим. Возникшее недоразумение грозило серьезной ссорой между португальской и испанской инквизициями, но тут Алонсо очень вовремя умер, и конфликт удалось замять.

Инквизиция имела особую причину преследовать иезуитов. Дело в том, что компендиум их привилегий утверждал, будто Григорий XIII в 1584 году vivae vocis oraculo[12] даровал генералу ордена право отпускать грехи всем своим подчиненным, причем это право распространялось даже на еретиков-рецидивистов; мало того, члены ордена, зная про ересь товарища по ордену, должны были доносить об этом не инквизиции, а иезуитскому начальству, так как иезуиты считались подсудны лишь специальному суду, а не обыкновенному церковному или инквизиционному. Инквизиция не желала признавать за орденом подобного рода привилегии, и это привело к ожесточенной дискуссии. Инквизиторы и иезуиты энергично отстаивали свои права, и Римская курия долго колебалась, не зная, что ей делать, и меняла свое мнение в зависимости от красноречия того или иного представителя борющихся сторон. Наконец 3 декабря 1592 года папа Климент VIII высказался окончательно в пользу инквизиции, предоставив ей исключительное право в делах о ереси. Частным образом, однако, папа просил Супрему быть снисходительной к иезуитам и помнить, что преследования их могут подорвать в обществе авторитет, коим орден пользуется к благу религии. По-видимому, иезуиты долго не могли примириться со своим поражением, и даже в 1660 году папа Александр VII вынужден был резко осудить распространяемое многими иезуитами мнение, что вместо того, чтобы доносить инквизиции на товарищей по ордену, следует дружески убеждать их отказаться от ошибочных взглядов.

Дело, в котором был замешан иезуит, имело место в Лиме в 70-х годах XVI века. Патер Луис Лопес, разделявший многие воззрения мистиков, сказал после аутодафе, что он не хотел бы обладать совестью того инквизитора, который возвел людей на костер. Слова эти дошли до инквизиции, и было начато следствие, которое вменило в вину Лопесу, что он был вдохновителем некоторых мистиков, развращал женщин во время исповеди, занимался прочими гнусными делами и отрицал права Филиппа II на Перу. Улики, вероятно, были сильно приукрашены, так как инквизиция хорошо знала, что Лопес пользуется значительным авторитетом в высших сферах, и, следовательно, привлечь его к ответственности можно лишь в том случае, если преступление будет действительно ужасно. На суде Лопес не отрицал, что занимался solicitatio ad turpia[13], и сознался также в ряде других преступлений. Несмотря на это, публичного аутодафе он избежал, и приговор инквизиционного трибунала ему зачитали лишь в присутствии восьми иезуитов, товарищей Лопеса. Приговор сводился к тому, что с первым отходящим в Испанию судном Лопес должен отправиться в метрополию, а до этого содержаться в одиночном заключении; в Испании его ждало двухлетнее заключение и затем четырехлетняя ссылка; кроме того, его навсегда лишили права исповедовать женщин, а на срок два года и мужчин.

Сохранился список лиц, на которых поступили доносы в различные испанские инквизиционные трибуналы в 1780—1820 годы. Он включает свыше 5000 имен, и из него следует, что в это время иудеи, протестанты и мусульмане уже не интересовали инквизицию. Теперь она сосредоточилась на преследовании тех, кто произносил вредные речи или писал опасные сочинения, причем преследования эти чаще носили политический, нежели религиозный характер. Инквизиция мало-помалу посвящала себя новому служению, ибо поняла, что в век Просвещения вероисповедные эдикты, подстрекавшие к доносу, и эдикты о милости, служившие ловушкой для простодушных людей, должны быть отставлены. В 1784 году Супрема опрашивает трибуналы, прибегают ли они к ежегодным эдиктам, некогда столь обязательным, и при этом — независимо от ответов — воздерживается от оценки их действий. Не менее редким явлением, чем эдикты, становятся публичные наказания. Впрочем, как ни приспосабливалась инквизиция к новым условиям жизни, дух ее по-прежнему оставался строго консервативным, и она из последних сил сопротивлялась попыткам реформировать ее изнутри. Стоило великому инквизитору Мануэлу Абад-и-Ласьерре только попытаться ввести в инквизиционное судопроизводство принципы, уже восторжествовавшие в гражданских и уголовных процессах, как его вынудили уйти в 1794 году в отставку, и он окончил свои дни в бенедиктинском монастыре, а его секретарь X. Льоренте подвергся преследованиям.

Вслед за этим последовал некоторый всплеск активности инквизиции. Отчасти это было связано с тем, что она получила мощную поддержку от вернувшихся в 1798 году в Испанию после изгнания иезуитов. В это время было возбуждено несколько дел против лиц, занимающих видное общественное положение. Как правило, их обвиняли в сочувствии идеям нидерландского епископа Янсения. У иезуитов были свои счеты с янсенизмом — в свое время они опасались, как бы янсенисты не отбили у них педагогической и исповедальной практики, и поэтому приложили руку к тому, чтобы это учение было признано еретическим, а позже делали все, чтобы добить врага. Их стараниями в янсенизме были обвинены графиня Мантихо, епископы Саламанки, Куэнки и Мурсии, мадридские каноники Родригальварес и Посадас. Однако налагаемые инквизицией наказания не носили прежнего сурового характера; жестокие приговоры произносились очень редко, а сожжение как живых людей, так и их изображений прекратилось еще в середине 80-х годов XVIII века. Чувство самосохранения заставляло инквизицию считаться с общественным мнением, которое крайне негативно стало воспринимать строгие наказания по обвинениям в политических преступлениях и религиозной ереси.