Это же чувство способствовало тому, что инквизиция сделалась готовой в любой момент принять сторону сильного. Показательно, что, когда Испания, по сути, оказалась во власти Наполеона, инквизиция одобряла все его действия и вносила свой вклад в подавление народного недовольства. 2 мая 1808 года в Мадриде вспыхнуло восстание против вошедших в город французских войск, которым командовал маршал Мюрат. Оно было жестоко подавлено: в течение нескольких часов были убиты 185 человек. Супрема отреагировала на эти события, заявив, что «чернь произвела скандальный бунт... против офицеров и солдат дружественной нации, которые никого не обижали и до сих пор давали прекрасные доказательства порядка и дисциплины». При этом она призвала инквизиционные трибуналы взять на себя обязанность всячески помогать установлению в стране спокойствия и порядка, то есть всеми средствами помогать оккупантам. Старший член Супремы Раймундо Этенард-и-Салинас (место великого инквизитора было в 1808—1814 годах вакантно) явился в Байонну, где его милостиво принял старший брат Наполеона — Жозеф, который через несколько дней под именем Иосифа I Наполеона стал испанским королем. Жозеф явно давал понять, что рассчитывает на поддержку инквизиции в своем правлении. Наполеон также заигрывал с инквизицией; во всяком случае, он не хотел превратить ее в противницу. Этим объясняется, что в выработанном Наполеоном проекте конституции для Испании католическая религия была объявлена государственной религией; инквизиция в нем не упоминалась, но при этом должна была сохранить свои старые привилегии, сделавшись, однако, учреждением, которое полностью подчинено государству. В том, что все отныне будет именно так, а не иначе, инквизиция имела случай убедиться еще до торжественного вступления в Мадрид Иосифа, которое состоялось 20 июля 1808 года. Ей вздумалось преследовать аббата Марчену, бежавшего в начале Великой французской революции во Францию и вернувшегося в качестве секретаря Мюрата. Но едва он был арестован инквизиционным трибуналом, как Мюрат отдал приказ освободить его силой, и Супреме пришлось с этим смириться.

А коль скоро Наполеон видел в инквизиции государственное учреждение, то она, как все учреждения, могла быть ликвидирована при изменении обстановки в государстве, что и произошло уже 4 декабря 1808 года. Дело в том, что, едва прибыв в Мадрид, король Иосиф вместе со своими приверженцами под давлением восставших испанцев вынужден был его покинуть. Тогда Наполеон решил лично навести порядок в Испании. В ноябре он дважды разбил повстанцев, а 4 декабря ему сдался Мадрид. «Нынешнее поколение, — заявил Наполеон при вступлении в город, — может питать различные убеждения, но внуки ваши будут праздновать день, в который я явился среди вас, и назовут его эрой счастья Испании». Тут же было издано множество указов, и один из них упразднял инквизицию, которая при этом была названа «противоречащим суверенитету и светской власти учреждением»; имущество ее было конфисковано в пользу казны.

Ситуация в самой инквизиции была к этому моменту ненормальной. Великий инквизитор Арсе-и-Рейносо еще в марте 1808 года сложил с себя обязанности, но на его место никого не назначили, так как Рим в это время был уже занят французскими войсками и сообщение с папой Пием VII отсутствовало. При этом ввиду трудных обстоятельств, переживаемых страной, никто не хотел даже временно занять пост великого инквизитора, из-за чего в прежде могущественной организации начался полный разброд. Следует заметить, что руководители повстанцев, желавшие использовать инквизицию в своих интересах, предлагали назначить великим инквизитором епископа города Оренсе Кеведо, который пользовался в народе популярностью по причине отказа сотрудничать с Наполеоном. Осуществить это назначение они, судя по всему, просто не успели.

На вопрос, чем был вызван указ об отмене инквизиции 4 декабря 1808 года, попытался дать ответ Франсиско Риеско — бывший инквизитор, позднее ставший депутатом кортесов, собранных в Кадисе на излете французской оккупации. По его словам, Супрема заявила Наполеону при взятии Мадрида, что она даст присягу верности лишь такому монарху, который будет избран нацией на законном основании и при соблюдении требуемых законом формальностей. Это «столь справедливое и столь патриотическое» заявление привело Наполеона в такую ярость, что он немедленно приказал арестовать инквизиторов и отправить их в Байонну, а также изъять все бумаги, документы и архивы. Этот рассказ, однако, сильно противоречит тому, что делал и говорил в Байонне инквизитор Этенард-и-Салинас, и распоряжениям Супремы во время французской оккупации.

Представляется, что все обстояло иначе. Когда 30 июля Иосиф I Наполеон покинул Мадрид, инквизиция, преклоняющаяся перед любой силой, сразу поступила на службу к хунте, возглавлявшей повстанцев, и четыре месяца верой и правдой действовала на пользу национальной независимости. Этого было достаточно, чтобы Наполеон подписал ей смертный приговор.

Следует между тем заметить, что 4 декабря 1808 года инквизиция была отменена не на всей территории Испании, а только в тех областях, которые занимали французы. Хунта, перебравшаяся из Мадрида в Севилью, весьма лояльно относилась к инквизиции, и во многих городах продолжали действовать инквизиционные трибуналы. Когда французы овладели 1 февраля 1810 года Севильей, они нашли там трибунал с полностью укомплектованным штатом. В Валенсии деятельность трибунала прекратилась лишь в 1811 году, когда в город вступил французский генерал Сюше; в это же приблизительно время барселонский трибунал перенес свой центр в Тарагону, которой не угрожала опасность со стороны французов.

Само собой разумеется, что в дни величайшего кризиса, когда на карту был поставлен вопрос о самом существовании Испании, инквизиция не могла проявлять особой энергии в преследовании еретиков, и число ее жертв становилось тем меньше, чем дальше продвигались к югу французы. В 1808 году испанские трибуналы рассмотрели 67 дел, в 1809 году — 22, в 1810 году — 17, в 1811 году — 25, в 1812 году — 1 и в 1813 году — 6. Смягчению репрессий способствовало то, что трибуналы опасались безмерной суровостью вызвать против инквизиции народное недовольство. Всегда мстительная, инквизиция старалась теперь подавить в себе это чувство, как об этом свидетельствует случай, происшедший в 1809 году в Сантьяго. Когда французы овладели Сантьяго, профессор местного университета Фелипе Собрино Табоада, назначенный начальником местной полиции, издал эдикт, в котором упразднение инквизиции называлось спасительной мерой. Но вскоре французы из Сантьяго ушли, и Табоада был арестован инквизицией. Все наказание его, однако, ограничилось пятимесячным заключением и запрещением занимать посты на государственной и общественной службе, тогда как в прежние времена он вполне мог угодить на костер.

31 января 1810 года хунта повстанцев уступила место регентству. Его возглавил епископ Кеведо, которого совсем недавно прочили на должность великого инквизитора. Он и другие члены регентства видели пусть к спасению страны в восстановлении учреждений государства, сметенных бурей последнего десятилетия. Как только эта политика проявилась в полной мере, Этенард-и-Салинас обратился к Кеведо с просьбой распорядиться о созыве Супремы, фактически прекратившей свое существование в последние два года. Это было сделано, но рассеянные по всей стране члены Супремы не откликнулись на призыв. Вскоре, правда, сторонники устройства Испании в духе прежних времен испытали разочарование: большинством 68 голосов против 32 собранные в Кадисе так называемые «чрезвычайные кортесы» приняли 18 октября резолюцию о свободе печати в политических вопросах. В отношении книг религиозного характера за духовенством было сохранено право цензуры, но тем не менее именно этот день считается началом борьбы не только со старым режимом в целом, но и непосредственно с инквизицией.